बायोरूबी
 | |
 A BioRuby shell on Rails | |
| Stable release | 2.0.2
/ 31 December 2020 |
|---|---|
| Written in | Ruby |
| Type | Bioinformatics |
| License | GPL |
| Website | bioruby |
बायोरूबी संवृत स्रोत सॉफ्टवेयर रूबी (प्रोग्रामिंग भाषा) कोड का संग्रह है, जिसमें कम्प्यूटेशनल आणविक जीव विज्ञान और जैव सूचना विज्ञान के लिए कक्षाएं शामिल हैं। इसमें डीएनए और प्रोटीन अनुक्रम विश्लेषण, अनुक्रम संरेखण, जैविक डेटाबेस पार्सिंग, संरचनात्मक जीव विज्ञान और अन्य जैव सूचना विज्ञान कार्यों के लिए कक्षाएं शामिल हैं।[1] बायोरूबी को जीएनयू जीपीएल संस्करण 2 या रूबी लाइसेंस के तहत जारी किया गया है[2] और कोड दोहराव को कम करने के लिए डिज़ाइन की गई कई बायो* परियोजनाओं में से है।[3] 2011 में, बायोरूबी प्रोजेक्ट ने बायोजेम सॉफ्टवेयर प्लगइन सिस्टम पेश किया,[4] हर महीने दो या तीन नए प्लगइन्स जोड़े जाते हैं।
BioRuby को BioRuby वेबसाइट और GitHub रिपॉजिटरी के माध्यम से प्रबंधित किया जाता है।[5][6]
इतिहास
बायोरूबी
बायोरूबी परियोजना पहली बार 2000 में तोशियाकी कात्यामा द्वारा बायोपर्ल और बायोपिथॉन जैसे समान जैव सूचना विज्ञान पैकेजों के रूबी कार्यान्वयन के रूप में शुरू की गई थी। संस्करण 0.1 की प्रारंभिक रिलीज़ को योगदानकर्ताओं द्वारा अनौपचारिक रूप से और आयोजित "हैकथॉन" कार्यक्रमों में अक्सर अद्यतन किया गया था; जून 2005 में, बायोरूबी को आईपीए द्वारा खोजपूर्ण सॉफ्टवेयर प्रोजेक्ट के रूप में वित्त पोषित किया गया था,[7] फरवरी 2006 में संस्करण 1.0.0 के रिलीज़ के साथ इसका समापन हुआ।[8] 2009 और 2012 के बीच, बायोरूबी कोडबेस को बेहतर बनाने के लिए कई Google समर ऑफ़ कोड परियोजनाओं का फोकस था।[9] बायोरूबी संस्करण 2.0.0 2019 में जारी किया गया था।[6]
बायोजेम
बायोजेम उन जैव सूचना विज्ञानियों के लिए उपकरणों का सेट प्रदान करता है जो किसी एप्लिकेशन या लाइब्रेरी को कोड करना चाहते हैं जो बायोरूबी की मुख्य लाइब्रेरी का उपयोग या विस्तार करता है, साथ ही कोड को रूबीगेम्स.ओआरजी पर रत्न के रूप में साझा करता है।[10] बायोजेम फ्रेमवर्क के माध्यम से प्रकाशित कोई भी रत्न भी बायोजेम्स.इन्फो पर सूचीबद्ध है।[11] बायोजेम का उद्देश्य बायोरूबी पैकेज के लिए मॉड्यूलर दृष्टिकोण को बढ़ावा देना और निर्देशिका/फ़ाइल मचान, गिट रिपॉजिटरी स्थापित करने और ऑनलाइन पैकेज डेटाबेस जारी करने की प्रक्रिया को स्वचालित करके मॉड्यूल के निर्माण को सरल बनाना है।[12]
लोकप्रिय बायोजेम्स
| # | Biogem | Description | Version |
|---|---|---|---|
| 1 | bio | Bioinformatics Library | 1.4.3.0001 |
| 2 | biodiversity | Parser of scientific names | 3.1.5 |
| 3 | Simple Spreadsheet extractor | Basic spreadsheet content extraction using Apache poi | 0.13.3 |
| 4 | Bio gem | Software generator for Ruby | 1.36 |
| 5 | Bio samtools | Binder of samtools for Ruby | 2.1.0 |
| 6 | t2 server | Support for interacting with the taverna 2 server | 1.1.0 |
| 7 | bio ucsc api | The Ruby ucsc api | 0.6.2 |
| 8 | entrez | http request to entrez e-utilities | 0.5.8.1 |
| 9 | bio gadget | Gadget for bioinformatics | 0.4.8 |
| 10 | sequenceserver | Blast search made easy! | 0.8.7 |
यह भी देखें
जैव सूचना विज्ञान फाउंडेशन खोलें खोलें
- बायोपर्ल
- बायोपायथॉन
- बायोजावा
- बायोजेएस
संदर्भ
- ↑ Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T (October 2010). "BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language". Bioinformatics. 26 (20): 2617–9. doi:10.1093/bioinformatics/btq475. PMC 2951089. PMID 20739307.
- ↑ "bioruby/README.rdoc at master · bioruby/bioruby". 2014-05-08. Retrieved 2014-11-09.
- ↑ Mangalam H (2002). "बायो* टूलकिट--एक संक्षिप्त अवलोकन।". Brief Bioinform. 3 (3): 296–302. doi:10.1093/bib/3.3.296. PMID 12230038.
- ↑ Bonnal R, Aerts J, Githinji G, Goto N, MacLean D, Miller C, Mishima H, Pagani M, Ramirez-Gonzalez R, Smant G, Strozzi F, Syme R, Vos R, Wennblom T, Woodcroft B, Katayama T, Prins P (April 2012). "Biogem: an effective tool-based approach for scaling up open source software development in bioinformatics". Bioinformatics. 28 (7): 1035–7. doi:10.1093/bioinformatics/bts080. PMC 3315718. PMID 22332238.
- ↑ "bioruby/bioruby". BioRuby Project. 2021-05-15. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ 6.0 6.1 "बायोरूबी". bioruby.org. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "IPA Information-technology Promotion Agency, Japan : IPA:Exploratory IT Human Resources Project (The MITOH Program)".
- ↑ "[BioRuby] BioRuby 1.0.0 released". 2006-02-27. Retrieved 2014-09-10.
- ↑ "bioruby/documents". GitHub (in English). Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "RubyGems.org | your community gem host". rubygems.org. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "Biogems.info - जैव सूचना विज्ञान के लिए रत्न". biogems.info. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "Plugins - BioRuby".
