फाइलोजेनेटिक ट्री

आरआरएनए जीनएस,^{[citation needed]} पर आधारित एक फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ जो तीन जीवन डोमेन दिखा रहा है: बैक्टीरिया, आर्किया, और यूकेरियोटा। फाइलोजेनेटिक पेड़ के नीचे की काली शाखा जीवित जीवों की तीन शाखाओं को अंतिम सार्वभौमिक सामान्य पूर्वज से जोड़ती है। बाह्यसमूह की अनुपस्थिति में, मूल सट्टा है।

पूरी तरह से अनुक्रमित जीनोम पर आधारित अत्यधिक सुलझा हुआ, स्वचालित रूप से उत्पन्न जीवन वृक्ष (जीव विज्ञान)।^[1]^[2]

एक फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष (फ़ाइलोजेनी या विकासवादी वृक्ष भी) ^[3] शाखा आरेख या पेड़ (ग्राफ़ सिद्धांत) है जो विभिन्न जैविक प्रजातियों या अन्य संस्थाओं के बीच उनकी भौतिक या आनुवंशिक विशेषताओं में समानता और अंतर के आधार पर विकासवादी संबंधों को दर्शाता है। पृथ्वी पर सारा जीवन ही फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष का भाग है, जो सामान्य वंश का संकेत देता है।

जड़ वाले फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ में, वंशजों वाला प्रत्येक नोड उन वंशजों के अनुमानित सबसे वर्तमान के सामान्य पूर्वज का प्रतिनिधित्व करता है,^[4] और कुछ पेड़ों में किनारे की लंबाई की व्याख्या समय अनुमान के रूप में की जा सकती है। प्रत्येक नोड को वर्गीकरण इकाई कहा जाता है। आंतरिक नोड्स को सामान्यतः काल्पनिक टैक्सोनोमिक इकाइयाँ कहा जाता है, क्योंकि उन्हें सामान्यतः नहीं देखा जा सकता है। पेड़ जीव विज्ञान के क्षेत्रों जैसे जैव सूचना विज्ञान, सिस्टमैटिक्स और फाइलोजेनेटिक्स में उपयोगी हैं। बिना जड़ वाले पेड़ केवल पत्ती की गांठों की संबद्धता को दर्शाते हैं और पैतृक जड़ को जानने या अनुमान लगाने की आवश्यकता नहीं होती है।

इतिहास

जीवन के वृक्ष (जीव विज्ञान) का विचार जीवन के निचले से उच्चतर रूपों (जैसे अस्तित्व की महान श्रृंखला) में सीढ़ी जैसी प्रगति की प्राचीन धारणाओं से उत्पन्न हुआ था। शाखाओं वाले फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों के प्रारंभिक अभ्यावेदन में एडवर्ड हिचकॉक (प्रथम संस्करण: 1840) की पुस्तक एलीमेंट्री जियोलॉजी में पौधों और जानवरों के बीच भूवैज्ञानिक संबंधों को दर्शाने वाला जीवाश्मिकीय चार्ट सम्मिलित है।

चार्ल्स डार्विन ने अपनी 1859 की पुस्तक ऑन द ओरिजिन ऑफ स्पीशीज़ में आरेखीय जीवन वृक्ष (जीव विज्ञान) विकासवादी वृक्ष चित्रित किया था। सदी से भी अधिक समय के बाद, विकासवादी जीवविज्ञान अभी भी विकास को चित्रित करने के लिए वृक्ष संरचनाओं का उपयोग करते हैं क्योंकि ऐसे चित्र इस अवधारणा को प्रभावी विधि से व्यक्त करते हैं कि प्रजाति अनुकूलन और वंशावली के अर्ध-यादृच्छिक विभाजन के माध्यम से होती है।

फाइलोजेनेटिक या फाइलोजेनी शब्द दो प्राचीन ग्रीक शब्दों φῦλον (phûlon) से निकला है, जाति, वंश, और γένεσις (génesis), जिसका अर्थ उत्पत्ति, स्रोत है । ^[5]^[6]

गुण

जड़ वाला पेड़

अंधे लोगों के लिए अनुकूलित जड़युक्त फ़ाइलोजेनेटिक पेड़। पेड़ का सबसे निचला बिंदु जड़ है, जो सभी जीवित प्राणियों के सार्वभौमिक सामान्य पूर्वज का प्रतीक है। पेड़ की शाखाएँ तीन मुख्य समूहों में विभाजित होती हैं: बैक्टीरिया (बाईं शाखा, अक्षर a से i), आर्किया (मध्य शाखा, अक्षर j से p) और यूकेरियोटा (दाहिनी शाखा, अक्षर q से z)। प्रत्येक अक्षर इस विवरण के नीचे सूचीबद्ध जीवों के समूह से मेल खाता है। इन अक्षरों और विवरण को ब्रेल फ़ॉन्ट में परिवर्तित किया जाना चाहिए, और ब्रेल प्रिंटर का उपयोग करके मुद्रित किया जाना चाहिए। पीएनजी फ़ाइल की प्रतिलिपि बनाकर और 3डी प्रिंटिंग के लिए जीकोड उत्पन्न करने के लिए क्यूरा या अन्य सॉफ़्टवेयर का उपयोग करके चित्र को 3डी प्रिंट किया जा सकता है।

एक जड़ित फाइलोजेनेटिक पेड़ (शीर्ष पर दो ग्राफिक्स देखें) अद्वितीय नोड के साथ निर्देशित ग्राफ पेड़ (डेटा संरचना) है रूट लसीका नोड पर सभी संस्थाओं के सबसे वर्तमान के सामान्य पूर्वज (सामान्यतः प्रतिरूपण (सांख्यिकी)) के अनुरूप है। पेड़ का. रूट नोड में पैरेंट नोड नहीं होता है, किन्तु पेड़ में अन्य सभी नोड्स के पैरेंट के रूप में कार्य करता है। इसलिए रूट नोड (कंप्यूटर विज्ञान) नोड्स और पेड़ 2 का नोड है, जबकि अन्य आंतरिक नोड्स की न्यूनतम डिग्री 3 है (जहां डिग्री यहां आने वाले और बाहर जाने वाले किनारों की कुल संख्या को संदर्भित करती है)।

पेड़ों को जड़ से उखाड़ने का सबसे सामान्य विधि गैर-विवादास्पद आउटग्रुप (क्लैडिस्टिक्स) का उपयोग है - विशेषता डेटा या आणविक अनुक्रमण से अनुमान लगाने के लिए पर्याप्त निकट, किन्तु स्पष्ट आउटग्रुप होने के लिए अधिक दूर है। अन्य विधि मिडपॉइंट रूटिंग है, या पेड़ को गैर-स्थिर प्रतिस्थापन मॉडल का उपयोग करके भी रूट किया जा सकता है।^[7]

बिना जड़ वाला पेड़

प्रोटीन के जीन वर्ग, मायोसिन के लिए बिना जड़ वाला फ़ाइलोजेनेटिक पेड़।^[8]

बिना जड़ वाले पेड़ वंशावली के बारे में कोई धारणा बनाए बिना पत्ती की गांठों की संबद्धता को दर्शाते हैं। उन्हें पैतृक मूल को जानने या अनुमान लगाने की आवश्यकता नहीं है।^[9] केवल जड़ को हटाकर बिना जड़ वाले पेड़ों को सदैव जड़ वाले पेड़ों से ही उत्पन्न किया जा सकता है। इसके विपरीत, बिना जड़ वाले पेड़ की जड़ का अनुमान लगाने के लिए वंश की पहचान करने के कुछ साधनों की आवश्यकता होती है। यह सामान्यतः इनपुट डेटा में आउटग्रुप को सम्मिलित करके किया जाता है जिससे जड़ आवश्यक रूप से आउटग्रुप और पेड़ के बाकी टैक्सा के बीच हो, या प्रत्येक शाखा पर विकास की सापेक्ष दरों के बारे में अतिरिक्त धारणाएं पेश करके, जैसे कि एप्लिकेशन आणविक घड़ी परिकल्पना की थी.^[10]

द्विभाजित बनाम बहुविभाजित

जड़ वाले और बिना जड़ वाले दोनों पेड़ या तो द्विभाजन सिद्धांत या बहुविभाजन सिद्धांत वाले हो सकते हैं। जड़ वाले द्विभाजित वृक्ष के प्रत्येक आंतरिक नोड से ठीक दो वंशज उत्पन्न होते हैं (अर्थात, यह बाइनरी वृक्ष बनाता है), और बिना जड़ वाला द्विभाजित वृक्ष अनियंत्रित द्विभाजित वृक्ष का रूप लेता है, प्रत्येक आंतरिक नोड पर ठीक तीन पड़ोसियों के साथ स्वतंत्र वृक्ष इसके विपरीत, जड़ वाले मल्टीफ़र्केटिंग पेड़ के कुछ नोड्स पर दो से अधिक बच्चे हो सकते हैं और बिना जड़ वाले मल्टीफ़र्केटिंग पेड़ के कुछ नोड्स पर तीन से अधिक निकट हो सकते हैं।

लेबल बनाम गैर लेबल

जड़ वाले और बिना जड़ वाले दोनों पेड़ों को या तो लेबल किया जा सकता है या बिना लेबल किया जा सकता है। लेबल वाले पेड़ में उसकी पत्तियों को निर्दिष्ट विशिष्ट मान होते हैं, जबकि बिना लेबल वाला पेड़, जिसे कभी-कभी पेड़ का आकार भी कहा जाता है, केवल टोपोलॉजी को परिभाषित करता है। छोटे जीनोमिक लोकस से निर्मित कुछ अनुक्रम-आधारित पेड़, जैसे फ़ाइलोट्री,^[11] आंतरिक नोड्स को अनुमानित पैतृक हैप्लोटाइप के साथ लेबल किया गया है।

पेड़ों की गणना

लेबल वाली पत्तियों की संख्या के फलन के रूप में फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों की कुल संख्या में वृद्धि: बिना जड़ वाले बाइनरी पेड़ (नीले हीरे), जड़ वाले बाइनरी पेड़ (लाल वृत्त), और जड़ वाले मल्टीफ़र्केटिंग या बाइनरी पेड़ (हरा: त्रिकोण)। Y-अक्ष पैमाना लघुगणकीय पैमाना है।

लीफ नोड्स की दी गई संख्या के लिए संभावित पेड़ों की संख्या विशिष्ट प्रकार के पेड़ पर निर्भर करती है, किन्तु सदैव बिना लेबल वाले पेड़ों की तुलना में अधिक लेबल वाले पेड़ होते हैं, दो भागों में बंटे पेड़ों की तुलना में अधिक बहु-फंसे हुए पेड़ होते हैं, और बिना जड़ वाले पेड़ों की तुलना में अधिक जड़ वाले पेड़ होते हैं। अंतिम भेद जैविक रूप से सर्वाधिक प्रासंगिक है; यह इसलिए उत्पन्न होता है क्योंकि बिना जड़ वाले पेड़ पर जड़ डालने के लिए कई स्थान होते हैं। लेबल वाले पेड़ों को द्विभाजित करने के लिए, जड़ वाले पेड़ों की कुल संख्या है:

(2n-3)!!={\frac {(2n-3)!}{2^{n-2}(n-2)!}}

के लिए

n\geq 2

,

n

पत्ती नोड्स की संख्या का प्रतिनिधित्व करता है।^[12]

लेबल वाले पेड़ों को विभाजित करने के लिए, बिना जड़ वाले पेड़ों की कुल संख्या है:^[12]

(2n-5)!!={\frac {(2n-5)!}{2^{n-3}(n-3)!}}

के लिए

n\geq 3

.

लेबल किए गए द्विभाजित वृक्षों में, बिना जड़ वाले वृक्षों की संख्या $n$ पत्तियों की संख्या जड़ वाले पेड़ों की संख्या के बराबर है $n-1$ पत्तियाँ ^[3] युक्तियों की संख्या के आधार पर जड़ वाले पेड़ों की संख्या तेज़ी से बढ़ती है। 10 युक्तियों के लिए, से अधिक हैं $34\times 10^{6}$ संभावित द्विभाजित वृक्ष, और बहुविभाजित वृक्षों की संख्या तेजी से बढ़ती है। पहले की तुलना में बाद वाले की संख्या 7 गुना अधिक है।

पेड़ों की गिनती।^[12]! लेबल
पत्तियाँ !! बाइनरी
बिना जड़ वाले पेड़ !! बाइनरी
जड़ वाले पेड़ !! मल्टीफ़र्केटिंग
जड़ वाले पेड़ !! सभी संभव
जड़ वाले पेड़
1	1	1	0	1
2	1	1	0	1
3	1	3	1	4
4	3	15	11	26
5	15	105	131	236
6	105	945	1,807	2,752
7	945	10,395	28,813	39,208
8	10,395	135,135	524,897	660,032
9	135,135	2,027,025	10,791,887	12,818,912
10	2,027,025	34,459,425	247,678,399	282,137,824

विशेष वृक्ष प्रकार

कुछ कुत्तों की नस्लों के फाइलोजेनी का डेंड्रोग्राम

डेंड्रोग्राम

डेंड्रोग्राम पेड़ का सामान्य नाम है, चाहे फ़ाइलोजेनेटिक हो या नहीं, और इसलिए फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ के आरेखीय प्रतिनिधित्व के लिए भी उपयुक्त होता है।^[13]

क्लैडोग्राम

एक क्लैडोग्राम केवल शाखा पैटर्न का प्रतिनिधित्व करता है; अर्थात, इसकी शाखा की लंबाई समय या चरित्र परिवर्तन की सापेक्ष मात्रा का प्रतिनिधित्व नहीं करती है, और इसके आंतरिक नोड्स उत्पादक का प्रतिनिधित्व नहीं करते हैं।^[14]

लेपिडोप्टेरा का कालक्रम।^[15] इस फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष प्रकार में, शाखा की लंबाई भूवैज्ञानिक समय के समानुपाती होती है।

फ़ाइलोग्राम

फ़ाइलोग्राम फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ है जिसकी शाखाओं की लंबाई चरित्र परिवर्तन की मात्रा के अनुपात में होती है।^[16] क्रोनोग्राम फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ है जो स्पष्ट रूप से अपनी शाखा की लंबाई के माध्यम से समय का प्रतिनिधित्व करता है।^[17]

डहलग्रेनोग्राम

रॉल्फ डहलग्रेन फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ के क्रॉस सेक्शन का प्रतिनिधित्व करने वाला आरेख है।

फाइलोजेनेटिक नेटवर्क

एक फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क वास्तव में पेड़ नहीं है, किन्तु अधिक सामान्य ग्राफ़ (अलग गणित), या रूट किए गए नेटवर्क के स्थिति में निर्देशित एसाइक्लिक ग्राफ़ है। इनका उपयोग पेड़ों में निहित फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण की कुछ सीमाओं को दूर करने के लिए किया जाता है।

स्पिंडल आरेख

एक स्पिंडल आरेख, जो वर्ग स्तर पर कशेरुकियों के विकास को दर्शाता है, स्पिंडल की चौड़ाई परिवारों की संख्या दर्शाती है। स्पिंडल आरेखों का उपयोग अधिकांशतः विकासवादी वर्गीकरण में किया जाता है।

अमेरिकी जीवाश्म विज्ञानी अल्फ्रेड रोमर द्वारा लोकप्रिय बनाए जाने के बाद स्पिंडल आरेख या बबल आरेख को अधिकांशतः रोमेरोग्राम कहा जाता है।^[18]

यह समय के माध्यम से विभिन्न टैक्सों की प्रचुरता में भिन्नता को प्रतिबिंबित करने के लिए भूगर्भिक समय मापदंड (ऊर्ध्वाधर अक्ष) के विरुद्ध वर्गीकरण विविधता (क्षैतिज चौड़ाई) का प्रतिनिधित्व करता है। चूँकि, स्पिंडल आरेख विकासवादी वृक्ष नहीं है:^[19] टैक्सोनोमिक स्पिंडल मूल टैक्सोन और बेटी टैक्सोन के वास्तविक संबंधों को अस्पष्ट करते हैं ^[18] और इसमें मूल समूह के पैराफिली को सम्मिलित करने का हानि है।^[20] इस प्रकार का आरेख अब मूल रूप से प्रस्तावित रूप में उपयोग नहीं किया जाता है।^[20]

जीवन का मूंगा

डार्विन ^[21] यह भी उल्लेख किया गया है कि मूंगा पेड़ की तुलना में अधिक उपयुक्त रूपक हो सकता है। वास्तव में, जीवन के मूंगे अतीत और वर्तमान जीवन को चित्रित करने के लिए उपयोगी हैं, और पेड़ों की तुलना में उनके कुछ लाभ हैं (एनास्टोमोसेस की अनुमति है, आदि)।^[20]

निर्माण

गैर-तुच्छ संख्या में इनपुट अनुक्रमों से बने फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों का निर्माण कम्प्यूटेशनल फाइलोजेनेटिक्स विधियों का उपयोग करके किया जाता है। निकट-ज्वाइनिंग या यूपीजीएमए जैसी दूरी-मैट्रिक्स विधियां, जो कई अनुक्रम संरेखण से आनुवंशिक दूरी की गणना करती हैं, प्रयुक्त करने में सबसे सरल हैं, किन्तु विकासवादी मॉडल का आह्वान नहीं करती हैं। कई अनुक्रम संरेखण विधियाँ जैसे क्लस्टलडब्ल्यू भी वृक्ष निर्माण के सरल एल्गोरिदम (अर्थात दूरी पर आधारित) का उपयोग करके पेड़ बनाती हैं। अधिकतम पारसीमोनी फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों का अनुमान लगाने का और सरल विधि है, किन्तु इसका तात्पर्य विकास के अंतर्निहित मॉडल (अर्थात पार्सिमनी) से है। अधिक उन्नत विधियाँ अधिकतम संभावना की इष्टतमता मानदंड का उपयोग करती हैं, अधिकांशतः बायेसियन अनुमान के अन्दर, और फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष अनुमान के लिए विकास का स्पष्ट मॉडल प्रयुक्त करती हैं।^[3] इनमें से कई तकनीकों का उपयोग करके इष्टतम पेड़ की पहचान करना एनपी कठिन है,^[3] इसलिए अनुमानी खोज और अनुकूलन (गणित) विधियों का उपयोग डेटा को फिट करने वाले उचित रूप से अच्छे पेड़ की पहचान करने के लिए पेड़-स्कोरिंग फ़ंक्शन के साथ संयोजन में किया जाता है।

वृक्ष-निर्माण विधियों का मूल्यांकन कई मानदंडों के आधार पर किया जा सकता है:^[22]

दक्षता (उत्तर की गणना करने में कितना समय लगता है, कितनी मेमोरी की आवश्यकता है?)
शक्ति (क्या इससे डेटा का अच्छा उपयोग होता है, या जानकारी व्यर्थ हो रही है?)
संगति (यदि हर बार ही मॉडल समस्या के लिए अलग-अलग डेटा दिया जाए तो क्या यह बार-बार ही उत्तर पर केंद्रित होगा?)
मजबूती (क्या यह अंतर्निहित मॉडल की मान्यताओं के उल्लंघन से अच्छी तरह निपटती है?)
मिथ्याकरणीयता (क्या यह हमें सचेत करता है जब इसका उपयोग करना अच्छा नहीं होता है, अर्थात जब मान्यताओं का उल्लंघन किया जाता है?)

वृक्ष-निर्माण तकनीकों ने भी गणितज्ञों का ध्यान आकर्षित किया है। टी-सिद्धांत का उपयोग करके भी पेड़ बनाए जा सकते हैं।^[23]

फ़ाइल स्वरूप

पेड़ों को कई अलग-अलग प्रारूपों में एन्कोड किया जा सकता है, जिनमें से सभी को पेड़ की नेस्टेड संरचना का प्रतिनिधित्व करना चाहिए। वे शाखा की लंबाई और अन्य विशेषताओं को एन्कोड कर भी सकते हैं और नहीं भी। ग्राफ़िक्स आउटपुट पर भरोसा किए बिना पेड़ों को वितरित करने और साझा करने के लिए मानकीकृत प्रारूप महत्वपूर्ण हैं, जिन्हें वर्तमान सॉफ़्टवेयर में आयात करना कठिन है। सामान्यतः उपयोग किए जाने वाले प्रारूप हैं

फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण की सीमाएँ

चूँकि विभिन्न प्रजातियों में अनुक्रमित जीन या जीनोम डेटा के आधार पर उत्पादित फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ विकासवादी अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकते हैं, इन विश्लेषणों की महत्वपूर्ण सीमाएँ हैं। सबसे महत्वपूर्ण बात यह है कि वे जो पेड़ उत्पन्न करते हैं, वे आवश्यक नहीं कि सही हों - आवश्यक नहीं कि वे सम्मिलित टैक्सा के विकासवादी इतिहास का स्पष्ट प्रतिनिधित्व करते हों। किसी भी वैज्ञानिक परिणाम की तरह, वे आगे के अध्ययन द्वारा मिथ्याकरणीयता के अधीन हैं (उदाहरण के लिए, अतिरिक्त डेटा एकत्र करना, उत्तम विधियों से वर्तमान डेटा का विश्लेषण करना)। जिस डेटा पर वे आधारित हैं वह संकेत ध्वनि हो सकता है;^[24] आनुवंशिक पुनर्संयोजन द्वारा विश्लेषण को भ्रमित किया जा सकता है,^[25] क्षैतिज जीन स्थानांतरण,^[26] उन प्रजातियों के बीच संकर (जीव विज्ञान)करण जो संकरण होने से पहले पेड़ पर निकटतम निकट नहीं थे, अभिसरण विकास और संरक्षित अनुक्रम है।

इसके अतिरिक्त, विश्लेषण को ही प्रकार के चरित्र, जैसे कि जीन या प्रोटीन या केवल रूपात्मक विश्लेषण पर आधारित करने में भी समस्याएं होती हैं, क्योंकि किसी अन्य असंबंधित डेटा स्रोत से निर्मित ऐसे पेड़ अधिकांशतः पहले से भिन्न होते हैं, और इसलिए बहुत सावधानी की आवश्यकता होती है प्रजातियों के बीच फ़ाइलोजेनेटिक संबंधों का अनुमान लगाने में। यह आनुवंशिक पदार्थ के बारे में सबसे सच है जो पार्श्व जीन स्थानांतरण और आनुवंशिक पुनर्संयोजन के अधीन है, जहां विभिन्न हैप्लोटाइप ब्लॉकों का अलग-अलग इतिहास हो सकता है। इस प्रकार के विश्लेषण में, एकल जीन के फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण का आउटपुट पेड़ जीन की फ़ाइलोजेनी (अर्थात जीन पेड़) का अनुमान है, न कि टैक्सा (अर्थात प्रजाति वृक्ष) की फ़ाइलोजेनी, जहां से इन लक्षणों का प्रतिरूप लिया गया था, चूँकि आदर्श रूप से, दोनों को बहुत निकट होना चाहिए। इस कारण से, गंभीर फ़ाइलोजेनेटिक अध्ययन सामान्यतः जीन के संयोजन का उपयोग करते हैं जो विभिन्न जीनोमिक स्रोतों से आते हैं (उदाहरण के लिए, माइटोकॉन्ड्रियल या प्लास्टिड बनाम परमाणु जीनोम से), ^[27] या ऐसे जीन जिनके अलग-अलग चयनात्मक व्यवस्थाओं के अनुसार विकसित होती है, जिससे प्राकृतिक चयन के परिणामस्वरूप होमोप्लासी होमोलॉजी (जीव विज्ञान) की संभावना नही होती है।

जब विलुप्त प्रजातियों को किसी विश्लेषण में पत्ती नोड्स के रूप में सम्मिलित किया जाता है (उदाहरण के लिए, आंतरिक नोड्स को बाधित करने के अतिरिक्त), तो उन्हें किसी भी वर्तमान प्रजाति के प्रत्यक्ष उत्पादक का प्रतिनिधित्व नहीं करने वाला माना जाता है। विलुप्त प्रजातियों में सामान्यतः उच्च गुणवत्ता वाले प्राचीन डीएनए नहीं होते हैं।

निष्कर्षण और अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों में प्रगति के साथ उपयोगी डीएनए पदार्थो की श्रृंखला का विस्तार हुआ है। छोटे टुकड़ों से, या डीएनए क्षरण उत्पादों के स्थानिक पैटर्न से अनुक्रमों का अनुमान लगाने में सक्षम प्रौद्योगिकियों का विकास, उपयोगी माने जाने वाले डीएनए की सीमा का और विस्तार करता है।

फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों का अनुमान अन्य डेटा प्रकारों की श्रृंखला से भी लगाया जा सकता है, जिसमें आकृति विज्ञान, विशेष प्रकार के जीनों की उपस्थिति या अनुपस्थिति, सम्मिलन और विलोपन की घटनाएं और किसी भी अन्य अवलोकन में विकासवादी संकेत सम्मिलित माना जाता है।

फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क का उपयोग तब किया जाता है जब द्विभाजित पेड़ उपयुक्त नहीं होते हैं, इन जटिलताओं के कारण जो प्रतिरूपों वाले जीवों के अधिक जालीदार विकासवादी इतिहास का सुझाव देते हैं।

यह भी देखें

क्लेड
क्लैडिस्टिक्स
कम्प्यूटेशनल फाइलोजेनेटिक्स
विकासवादी जीव विज्ञान
विकासवादी वर्गीकरण
सामान्यीकृत वृक्ष संरेखण
फ़ाइलोजेनेटिक्स सॉफ़्टवेयर की सूची
फ़ाइलोजेनेटिक ट्री विज़ुअलाइज़ेशन सॉफ़्टवेयर की सूची
पंडित (डेटाबेस), प्रोटीन डोमेन को कवर करने वाला एक जैविक डेटाबेस
फाइलोजेनेटिक तुलनात्मक विधि
फाइलोजेनेटिक सुलह
टैक्सोनॉमिक रैंक

संदर्भ

↑ Letunic, Ivica; Bork, Peer (1 January 2007). "Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation" (PDF). Bioinformatics. 23 (1): 127–128. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. ISSN 1367-4803. PMID 17050570. Archived (PDF) from the original on November 29, 2015. Retrieved 2015-07-21.
↑ Ciccarelli, F. D.; Doerks, T.; Von Mering, C.; Creevey, C. J.; Snel, B.; Bork, P. (2006). "जीवन के अत्यधिक सुलझे हुए वृक्ष के स्वचालित पुनर्निर्माण की ओर" (PDF). Science. 311 (5765): 1283–1287. Bibcode:2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514. doi:10.1126/science.1123061. PMID 16513982. S2CID 1615592.
↑ ^3.0 ^3.1 ^3.2 ^3.3 Felsenstein J. (2004). Inferring Phylogenies Sinauer Associates: Sunderland, MA.
↑ Kinene, T.; Wainaina, J.; Maina, S.; Boykin, L. (21 April 2016). "पेड़ों को जड़ से उखाड़ने की विधियाँ". Encyclopedia of Evolutionary Biology: 489–493. doi:10.1016/B978-0-12-800049-6.00215-8. ISBN 9780128004265. PMC 7149615.
↑ Bailly, Anatole (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 978-2010035289. OCLC 461974285.
↑ Bailly, Anatole. "ग्रीक-फ़्रेंच शब्दकोश ऑनलाइन". www.tabularium.be. Archived from the original on April 21, 2014. Retrieved March 2, 2018.
↑ Dang, Cuong Cao; Minh, Bui Quang; McShea, Hanon; Masel, Joanna; James, Jennifer Eleanor; Vinh, Le Sy; Lanfear, Robert (9 February 2022). "nQMaker: Estimating Time Nonreversible Amino Acid Substitution Models". Systematic Biology. 71 (5): 1110–1123. doi:10.1093/sysbio/syac007. PMC 9366462. PMID 35139203.
↑ Hodge T, Cope M (1 October 2000). "एक मायोसिन वंश वृक्ष". J Cell Sci. 113 (19): 3353–4. doi:10.1242/jcs.113.19.3353. PMID 10984423. Archived from the original on 30 September 2007.
↑ ""Tree" Facts: Rooted versus Unrooted Trees". Archived from the original on 2014-04-14. Retrieved 2014-05-26.
↑ Maher BA (2002). "जीवन के वृक्ष को उखाड़ना". The Scientist. 16 (2): 90–95. Bibcode:2000SciAm.282b..90D. doi:10.1038/scientificamerican0200-90. PMID 10710791. Archived from the original on 2003-10-02.
↑ van Oven, Mannis; Kayser, Manfred (2009). "वैश्विक मानव माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए भिन्नता का अद्यतन व्यापक फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष". Human Mutation. 30 (2): E386–E394. doi:10.1002/humu.20921. PMID 18853457. S2CID 27566749.
↑ ^12.0 ^12.1 ^12.2 Felsenstein, Joseph (1978-03-01). "विकासवादी पेड़ों की संख्या". Systematic Biology (in English). 27 (1): 27–33. doi:10.2307/2412810. ISSN 1063-5157. JSTOR 2412810.
↑ Fox, Emily. "डेंड्रोग्राम". coursea. coursea. Archived from the original on 28 September 2017. Retrieved 28 September 2017.
↑ Mayr, Ernst (1974)"Cladistic analysis or cladistic classification?". Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. 12: 94–128. doi:10.1111/j.1439-0469.1974.tb00160.x.
↑ Labandeira, C. C.; Dilcher, D. L.; Davis, D. R.; Wagner, D. L. (1994-12-06). "Ninety-seven million years of angiosperm-insect association: paleobiological insights into the meaning of coevolution". Proceedings of the National Academy of Sciences (in English). 91 (25): 12278–12282. Bibcode:1994PNAS...9112278L. doi:10.1073/pnas.91.25.12278. ISSN 0027-8424. PMC 45420. PMID 11607501.
↑ Soares, Antonio; Râbelo, Ricardo; Delbem, Alexandre (2017). "फ़ाइलोग्राम विश्लेषण पर आधारित अनुकूलन". Expert Systems with Applications. 78: 32–50. doi:10.1016/j.eswa.2017.02.012. ISSN 0957-4174.
↑ Santamaria, R.; Theron, R. (2009-05-26). "Treevolution: visual analysis of phylogenetic trees". Bioinformatics. 25 (15): 1970–1971. doi:10.1093/bioinformatics/btp333. PMID 19470585.
↑ ^18.0 ^18.1 "Evolutionary systematics: Spindle Diagrams". Palaeos.com. 2014-11-10. Retrieved 2019-11-07.
↑ "पेड़, बुलबुले और खुर". A Three-Pound Monkey Brain — Biology, programming, linguistics, phylogeny, systematics …. 2007-11-21. Retrieved 2019-11-07.
↑ ^20.0 ^20.1 ^20.2 Podani, János (2019-06-01). "जीवन का मूंगा". Evolutionary Biology (in English). 46 (2): 123–144. doi:10.1007/s11692-019-09474-w. ISSN 1934-2845.
↑ Lua error: not enough memory.
↑ Lua error: not enough memory.
↑ A. Dress, K. T. Huber, and V. Moulton. 2001. Metric Spaces in Pure and Applied Mathematics. Documenta Mathematica LSU 2001: 121-139
↑ Lua error: not enough memory.
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अग्रिम पठन

Schuh, R. T. and A. V. Z. Brower. 2009. Biological Systematics: principles and applications (2nd edn.) Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.
Manuel Lima, The Book of Trees: Visualizing Branches of Knowledge, 2014, Princeton Architectural Press, New York.
MEGA, a free software to draw phylogenetic trees.
Gontier, N. 2011. "Depicting the Tree of Life: the Philosophical and Historical Roots of Evolutionary Tree Diagrams." Evolution, Education, Outreach 4: 515–538.

बाहरी संबंध

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छवियाँ

सामान्य

पेड़ विज़ुअलाइज़ेशन के विभिन्न विधियों का अवलोकन यहां उपलब्ध है Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.
वनज़ूम: पेड़ ऑफ लाइफ - सभी जीवित प्रजातियाँ सहज और ज़ूम करने योग्य फ्रैक्टल एक्सप्लोरर (उत्तरदायी डिज़ाइन)
डिस्कवर लाइफ यू.एस. नेशनल साइंस फाउंडेशन के असेम्बलिंग द पेड़ ऑफ लाइफ प्रोजेक्ट पर आधारित इंटरैक्टिव पेड़
PhyloCode
139 मायोसिन अनुक्रमों और फाइलोजेनेटिक पेड़ का एकाधिक संरेखण
पेड़ ऑफ लाइफ वेब प्रोजेक्ट
टी-रेक्स सर्वर पर फाइलोजेनेटिक अनुमान
एनसीबीआई का वर्गीकरण डेटाबेस [1]
ETE: वृक्ष अन्वेषण के लिए पायथन पर्यावरण यह फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों का विश्लेषण, हेरफेर और कल्पना करने के लिए प्रोग्रामिंग लाइब्रेरी है। संदर्भ
(अनुक्रमित) जीवन का दैनिक अद्यतन वृक्ष Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.

श्रेणी:फाइलोजेनेटिक्स श्रेणी:जीवन का वृक्ष (जीव विज्ञान) श्रेणी:पेड़ (डेटा संरचनाएं)

[1] Letunic, Ivica; Bork, Peer (1 January 2007). "Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation" (PDF). Bioinformatics. 23 (1): 127–128. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. ISSN 1367-4803. PMID 17050570. Archived (PDF) from the original on November 29, 2015. Retrieved 2015-07-21.

[2] Ciccarelli, F. D.; Doerks, T.; Von Mering, C.; Creevey, C. J.; Snel, B.; Bork, P. (2006). "जीवन के अत्यधिक सुलझे हुए वृक्ष के स्वचालित पुनर्निर्माण की ओर" (PDF). Science. 311 (5765): 1283–1287. Bibcode:2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514. doi:10.1126/science.1123061. PMID 16513982. S2CID 1615592.

[Felsenstein-3] 3.0 ^3.1 ^3.2 ^3.3 Felsenstein J. (2004). Inferring Phylogenies Sinauer Associates: Sunderland, MA.

[4] Kinene, T.; Wainaina, J.; Maina, S.; Boykin, L. (21 April 2016). "पेड़ों को जड़ से उखाड़ने की विधियाँ". Encyclopedia of Evolutionary Biology: 489–493. doi:10.1016/B978-0-12-800049-6.00215-8. ISBN 9780128004265. PMC 7149615.

[5] Bailly, Anatole (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 978-2010035289. OCLC 461974285.

[6] Bailly, Anatole. "ग्रीक-फ़्रेंच शब्दकोश ऑनलाइन". www.tabularium.be. Archived from the original on April 21, 2014. Retrieved March 2, 2018.

[7] Dang, Cuong Cao; Minh, Bui Quang; McShea, Hanon; Masel, Joanna; James, Jennifer Eleanor; Vinh, Le Sy; Lanfear, Robert (9 February 2022). "nQMaker: Estimating Time Nonreversible Amino Acid Substitution Models". Systematic Biology. 71 (5): 1110–1123. doi:10.1093/sysbio/syac007. PMC 9366462. PMID 35139203.

[Hodge_2000-8] Hodge T, Cope M (1 October 2000). "एक मायोसिन वंश वृक्ष". J Cell Sci. 113 (19): 3353–4. doi:10.1242/jcs.113.19.3353. PMID 10984423. Archived from the original on 30 September 2007.

[9] ""Tree" Facts: Rooted versus Unrooted Trees". Archived from the original on 2014-04-14. Retrieved 2014-05-26.

[Maher_2002-10] Maher BA (2002). "जीवन के वृक्ष को उखाड़ना". The Scientist. 16 (2): 90–95. Bibcode:2000SciAm.282b..90D. doi:10.1038/scientificamerican0200-90. PMID 10710791. Archived from the original on 2003-10-02.

[11] van Oven, Mannis; Kayser, Manfred (2009). "वैश्विक मानव माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए भिन्नता का अद्यतन व्यापक फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष". Human Mutation. 30 (2): E386–E394. doi:10.1002/humu.20921. PMID 18853457. S2CID 27566749.

[Felsenstein1978-12] 12.0 ^12.1 ^12.2 Felsenstein, Joseph (1978-03-01). "विकासवादी पेड़ों की संख्या". Systematic Biology (in English). 27 (1): 27–33. doi:10.2307/2412810. ISSN 1063-5157. JSTOR 2412810.

[13] Fox, Emily. "डेंड्रोग्राम". coursea. coursea. Archived from the original on 28 September 2017. Retrieved 28 September 2017.

[14] Mayr, Ernst (1974)"Cladistic analysis or cladistic classification?". Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. 12: 94–128. doi:10.1111/j.1439-0469.1974.tb00160.x.

[15] Labandeira, C. C.; Dilcher, D. L.; Davis, D. R.; Wagner, D. L. (1994-12-06). "Ninety-seven million years of angiosperm-insect association: paleobiological insights into the meaning of coevolution". Proceedings of the National Academy of Sciences (in English). 91 (25): 12278–12282. Bibcode:1994PNAS...9112278L. doi:10.1073/pnas.91.25.12278. ISSN 0027-8424. PMC 45420. PMID 11607501.

[16] Soares, Antonio; Râbelo, Ricardo; Delbem, Alexandre (2017). "फ़ाइलोग्राम विश्लेषण पर आधारित अनुकूलन". Expert Systems with Applications. 78: 32–50. doi:10.1016/j.eswa.2017.02.012. ISSN 0957-4174.

[Santamaria2009-17] Santamaria, R.; Theron, R. (2009-05-26). "Treevolution: visual analysis of phylogenetic trees". Bioinformatics. 25 (15): 1970–1971. doi:10.1093/bioinformatics/btp333. PMID 19470585.

[palaeos-18] 18.0 ^18.1 "Evolutionary systematics: Spindle Diagrams". Palaeos.com. 2014-11-10. Retrieved 2019-11-07.

[3lbmonkeybrain-19] "पेड़, बुलबुले और खुर". A Three-Pound Monkey Brain — Biology, programming, linguistics, phylogeny, systematics …. 2007-11-21. Retrieved 2019-11-07.

[Podani2019-20] 20.0 ^20.1 ^20.2 Podani, János (2019-06-01). "जीवन का मूंगा". Evolutionary Biology (in English). 46 (2): 123–144. doi:10.1007/s11692-019-09474-w. ISSN 1934-2845.

[notebook-21] Lua error: not enough memory.

[22] Lua error: not enough memory.

[23] A. Dress, K. T. Huber, and V. Moulton. 2001. Metric Spaces in Pure and Applied Mathematics. Documenta Mathematica LSU 2001: 121-139

[Townsend_2012-24] Lua error: not enough memory.

[Arenas_2010-25] Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.

[Woese_2002-26] Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.

[27] Lua error: Internal error: The interpreter exited with status 1.

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