यूनीप्रोट: Difference between revisions
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'''यूनीप्रोट''' [[प्रोटीन अनुक्रम]] और कार्यात्मक जानकारी का एक स्वतंत्र रूप से सुलभ डेटाबेस है, कई प्रविष्टियाँ [[जीनोम अनुक्रमण परियोजना]]ओं से प्राप्त की जा रही हैं। इसमें शोध साहित्य से प्राप्त प्रोटीन के जैविक कार्य के बारे में बड़ी मात्रा में जानकारी सम्मिलित | '''यूनीप्रोट''' [[प्रोटीन अनुक्रम]] और कार्यात्मक जानकारी का एक स्वतंत्र रूप से सुलभ डेटाबेस है, कई प्रविष्टियाँ [[जीनोम अनुक्रमण परियोजना]]ओं से प्राप्त की जा रही हैं। इसमें शोध साहित्य से प्राप्त प्रोटीन के जैविक कार्य के बारे में बड़ी मात्रा में जानकारी सम्मिलित है। इसका अनुरक्षित यूनीप्रोट कंसोर्टियम द्वारा किया जाता है, जिसमें कई यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संगठन और वाशिंगटन, डीसी, संयुक्त राज्य अमेरिका का एक फाउंडेशन सम्मिलित है। | ||
==यूनिप्रोट कंसोर्टियम== | ==यूनिप्रोट कंसोर्टियम== | ||
यूनीप्रोट कंसोर्टियम में [[यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान]] (ईबीआई), [[स्विस इंस्टीट्यूट ऑफ बायोइनफॉरमैटिक्स]] (एसआईबी), और [[प्रोटीन सूचना संसाधन]] (पीआईआर) सम्मिलित | यूनीप्रोट कंसोर्टियम में [[यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान]] (ईबीआई), [[स्विस इंस्टीट्यूट ऑफ बायोइनफॉरमैटिक्स]] (एसआईबी), और [[प्रोटीन सूचना संसाधन]] (पीआईआर) सम्मिलित हैं। यूके के हिन्क्सटन में [[वेलकम ट्रस्ट जीनोम कैंपस]] में स्थित ईबीआई, जैव सूचना विज्ञान डेटाबेस और सेवाओं के एक बड़े संसाधन की होस्ट करता है। स्विट्जरलैंड के जिनेवा में स्थित एसआईबी, [[एक्सपेसी]] (विशेषज्ञ प्रोटीन विश्लेषण प्रणाली) सर्वर का रखरखाव करता है जो प्रोटिओमिक्स उपकरण और डेटाबेस के लिए एक केंद्रीय संसाधन हैं। वाशिंगटन, डीसी, यूएस में जॉर्जटाउन यूनिवर्सिटी मेडिकल सेंटर में नेशनल बायोमेडिकल रिसर्च फाउंडेशन (एनबीआरएफ) द्वारा होस्ट किया गया पीआईआर, सबसे पुराने प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस, [[ मार्गरेट ओकले डेहॉफ़ |मार्गरेट ओकले डेहॉफ़]] के एटलस ऑफ प्रोटीन सीक्वेंस एंड स्ट्रक्चर का उत्तराधिकारी है, जो पहली बार 1965 में प्रकाशित हुआ था।<ref name="dayhoff">{{cite book |author=Dayhoff, Margaret O. |title=प्रोटीन अनुक्रम और संरचना का एटलस|publisher=National Biomedical Research Foundation |location=Silver Spring, Md |year=1965 }}</ref> 2002 में, ईबीआई, एसआईबी और पीर यूनीप्रोट कंसोर्टियम के रूप में सम्मिलित हुए।<ref>{{cite web|url=http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10005283|title=2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database|website=National Human Genome Research Institute (NHGRI)|access-date=14 April 2018|archive-date=24 September 2015|archive-url=https://web.archive.org/web/20150924040602/http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10005283|url-status=dead}}</ref> | ||
==यूनिप्रोट डेटाबेस की जड़ें== | ==यूनिप्रोट डेटाबेस की जड़ें== | ||
प्रत्येक कंसोर्टियम सदस्य प्रोटीन डेटाबेस रखरखाव और एनोटेशन में भारी रूप से सम्मिलित | प्रत्येक कंसोर्टियम सदस्य प्रोटीन डेटाबेस रखरखाव और एनोटेशन में भारी रूप से सम्मिलित है। वर्तमान तक, ईबीआई और एसआईबीने मिलकर स्विस-प्रोट और ट्रेमबीएल डेटाबेस का उत्पादन किया गया था जबकि पीआईआर ने प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस (पीआईआर-पीएसडी) का उत्पादन किया था।<ref name="pmid12230036">{{Cite journal | ||
| doi = 10.1093/bib/3.3.275 | | doi = 10.1093/bib/3.3.275 | ||
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}}</ref><ref name=Bairoch2000>{{Cite journal | last1 = Bairoch | first1 = A. | title = जैव सूचना विज्ञान में आकस्मिकता, रोमांचक समय के दौरान एक स्विस जैव सूचना विज्ञानी की कठिनाइयाँ!| doi = 10.1093/bioinformatics/16.1.48 | journal = Bioinformatics | volume = 16 | issue = 1 | pages = 48–64 | year = 2000 | pmid = 10812477| doi-access = free }}</ref><ref>Séverine Altairac, "[http://expasy.org/prolune/pdf/prolune018_fr.pdf Naissance d’une banque de données: Interview du prof. Amos Bairoch]". ''[http://expasy.org/prolune/ Protéines à la Une]'', August 2006. {{ISSN|1660-9824}}.</ref> स्विस-प्रोट का उद्देश्य उच्च स्तर के एनोटेशन (जैसे प्रोटीन के कार्य का विवरण, इसकी [[प्रोटीन डोमेन]] संरचना, [[अनुवाद के बाद का संशोधन]] या पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन, वेरिएंट इत्यादि) से जुड़े विश्वसनीय प्रोटीन अनुक्रम प्रदान करना है। डेटा अतिरेक का स्तर और अन्य डेटाबेस के साथ उच्च स्तर का एकीकरण यह मानते हुए कि अनुक्रम डेटा स्विस-प्रोट की क्षमता से अधिक गति से उत्पन्न हो रहा था, उन प्रोटीनों के लिए स्वचालित एनोटेशन प्रदान करने के लिए ट्रेमबीएल (अनुवादित ईएमबीएल न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटा लाइब्रेरी) बनाया गया था जो स्विस-प्रोट में नहीं हैं। इस बीच, पीआईआर ने पीआईआर-पीएसडी और संबंधित डेटाबेस बनाए रखा, जिसमें [[आईप्रोक्लास]], प्रोटीन अनुक्रमों और क्यूरेटेड वर्गों का डेटाबेस सम्मिलित | }}</ref><ref name=Bairoch2000>{{Cite journal | last1 = Bairoch | first1 = A. | title = जैव सूचना विज्ञान में आकस्मिकता, रोमांचक समय के दौरान एक स्विस जैव सूचना विज्ञानी की कठिनाइयाँ!| doi = 10.1093/bioinformatics/16.1.48 | journal = Bioinformatics | volume = 16 | issue = 1 | pages = 48–64 | year = 2000 | pmid = 10812477| doi-access = free }}</ref><ref>Séverine Altairac, "[http://expasy.org/prolune/pdf/prolune018_fr.pdf Naissance d’une banque de données: Interview du prof. Amos Bairoch]". ''[http://expasy.org/prolune/ Protéines à la Une]'', August 2006. {{ISSN|1660-9824}}.</ref> स्विस-प्रोट का उद्देश्य उच्च स्तर के एनोटेशन (जैसे प्रोटीन के कार्य का विवरण, इसकी [[प्रोटीन डोमेन]] संरचना, [[अनुवाद के बाद का संशोधन]] या पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन, वेरिएंट इत्यादि) से जुड़े विश्वसनीय प्रोटीन अनुक्रम प्रदान करना है। डेटा अतिरेक का स्तर और अन्य डेटाबेस के साथ उच्च स्तर का एकीकरण यह मानते हुए कि अनुक्रम डेटा स्विस-प्रोट की क्षमता से अधिक गति से उत्पन्न हो रहा था, उन प्रोटीनों के लिए स्वचालित एनोटेशन प्रदान करने के लिए ट्रेमबीएल (अनुवादित ईएमबीएल न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटा लाइब्रेरी) बनाया गया था जो स्विस-प्रोट में नहीं हैं। इस बीच, पीआईआर ने पीआईआर-पीएसडी और संबंधित डेटाबेस बनाए रखा, जिसमें [[आईप्रोक्लास]], प्रोटीन अनुक्रमों और क्यूरेटेड वर्गों का डेटाबेस सम्मिलित है। | ||
कंसोर्टियम के सदस्यों ने अपने ओवरलैपिंग संसाधनों और विशेषज्ञता को एकत्रित किया गया था और दिसंबर 2003 में यूनीप्रोट लॉन्च किया था।<ref name="pmid15036160" /> | कंसोर्टियम के सदस्यों ने अपने ओवरलैपिंग संसाधनों और विशेषज्ञता को एकत्रित किया गया था और दिसंबर 2003 में यूनीप्रोट लॉन्च किया था।<ref name="pmid15036160" /> | ||
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===यूनीप्रोटकेबी=== | ===यूनीप्रोटकेबी=== | ||
यूनीप्रोट नॉलेजबेस (यूनीप्रोटकेबी) एक प्रोटीन डेटाबेस है जिसे आंशिक रूप से विशेषज्ञों द्वारा तैयार किया गया है, जिसमें दो खंड सम्मिलित | यूनीप्रोट नॉलेजबेस (यूनीप्रोटकेबी) एक प्रोटीन डेटाबेस है जिसे आंशिक रूप से विशेषज्ञों द्वारा तैयार किया गया है, जिसमें दो खंड सम्मिलित हैं: यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट (जिसमें समीक्षा की गई, मैन्युअल रूप से एनोटेटेड प्रविष्टियाँ सम्मिलित हैं) और यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल (बिना समीक्षा की गई, स्वचालित रूप से एनोटेटेड प्रविष्टियाँ सम्मिलित हैं)।<ref name="pmid19843607">{{Cite journal | ||
| last1 = Uniprot | first1 = C. | | last1 = Uniprot | first1 = C. | ||
| title = The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010 | | title = The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010 | ||
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}}</ref> {{As of|2023|02|22}}, यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट की रिलीज 2023_01 में 569,213 अनुक्रम प्रविष्टियां सम्मिलित | }}</ref> {{As of|2023|02|22}}, यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट की रिलीज 2023_01 में 569,213 अनुक्रम प्रविष्टियां सम्मिलित हैं (291,046 संदर्भों से निकाले गए 205,728,242 अमीनो अम्ल सम्मिलित हैं) और यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल की रिलीज 2023_01 में 245,871,724 अनुक्रम प्रविष्टियां सम्मिलित हैं ((85,739,380,194 अमीनो अम्ल से युक्त है )।<ref name=SPstats>{{cite web|url=https://web.expasy.org/docs/relnotes/relstat.html|title=UniProtKB/Swiss-Prot Release 2023_01 statistics|website=web.expasy.org|access-date=31 March 2023}}</ref> | ||
====यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट==== | ====यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट==== | ||
यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट एक मैन्युअल रूप से एनोटेटेड, गैर-अनावश्यक प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस है। यह वैज्ञानिक साहित्य और [[बायोक्यूरेटर]]-मूल्यांकन कम्प्यूटेशनल विश्लेषण से निकाली गई जानकारी को जोड़ती है। यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट का उद्देश्य एक विशेष प्रोटीन के बारे में सभी ज्ञात प्रासंगिक जानकारी प्रदान करना है। वर्तमान वैज्ञानिक निष्कर्षों को ध्यान में रखने के लिए एनोटेशन की नियमित रूप से समीक्षा की जाती है। किसी प्रविष्टि के मैनुअल एनोटेशन में प्रोटीन अनुक्रम और वैज्ञानिक साहित्य का विस्तृत विश्लेषण सम्मिलित | यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट एक मैन्युअल रूप से एनोटेटेड, गैर-अनावश्यक प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस है। यह वैज्ञानिक साहित्य और [[बायोक्यूरेटर]]-मूल्यांकन कम्प्यूटेशनल विश्लेषण से निकाली गई जानकारी को जोड़ती है। यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट का उद्देश्य एक विशेष प्रोटीन के बारे में सभी ज्ञात प्रासंगिक जानकारी प्रदान करना है। वर्तमान वैज्ञानिक निष्कर्षों को ध्यान में रखने के लिए एनोटेशन की नियमित रूप से समीक्षा की जाती है। किसी प्रविष्टि के मैनुअल एनोटेशन में प्रोटीन अनुक्रम और वैज्ञानिक साहित्य का विस्तृत विश्लेषण सम्मिलित होता है।<ref name="faq45">{{cite web|url=https://www.uniprot.org/faq/45|title=How do we manually annotate a UniProtKB entry?|website=www.uniprot.org|access-date=14 April 2018}}</ref> | ||
एक ही [[जीन]] और एक ही प्रजाति के अनुक्रमों को एक ही डेटाबेस प्रविष्टि में मिला दिया जाता है। अनुक्रमों के बीच अंतर की पहचान की जाती है, और उनके कारण का डॉक्यूमेंटेड | एक ही [[जीन]] और एक ही प्रजाति के अनुक्रमों को एक ही डेटाबेस प्रविष्टि में मिला दिया जाता है। अनुक्रमों के बीच अंतर की पहचान की जाती है, और उनके कारण का डॉक्यूमेंटेड किया जाता है (उदाहरण के लिए वैकल्पिक स्प्लिसिंग, [[आनुवंशिक विविधता|अल्टरनेटिव स्प्लिसिंग]], इन्कोर्रेक्ट यूकेरियोटिक अनुवाद या दीक्षा स्थल, इन्कोर्रेक्ट [[एक्सॉन]] सीमाएँ, फ़्रेमशिफ्ट उत्परिवर्तन, अज्ञात संघर्ष)। यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट प्रविष्टियों के एनोटेशन में अनुक्रम विश्लेषण उपकरणों की एक श्रृंखला का उपयोग किया जाता है। कंप्यूटर-पूर्वानुमान का मैन्युअल रूप से मूल्यांकन किया जाता है, और प्रासंगिक परिणामों को प्रविष्टि में सम्मिलित करने के लिए चुना जाता है। इन पूर्वानुमान में पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन, [[ट्रांसमेम्ब्रेन डोमेन]] और [[ झिल्ली टोपोलॉजी |मेम्ब्रेन टोपोलॉजी]] , [[सिग्नल पेप्टाइड]], डोमेन पहचान और [[प्रोटीन परिवार|प्रोटीन वर्ग]] वर्गीकरण सम्मिलित हैं।<ref name="faq45" /><ref name="pmid14681372">{{Cite journal | ||
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}}</ref> | }}</ref> | ||
[[PubMed|पबमेड]] जैसे डेटाबेस खोजकर प्रासंगिक प्रकाशनों की पहचान की जाती है। प्रत्येक पेपर का पूरा पाठ पढ़ा जाता है, और जानकारी निकालकर प्रविष्टि में जोड़ दी जाती है। वैज्ञानिक साहित्य से उत्पन्न होने वाली टिप्पणियों में निम्नलिखित सम्मिलित | [[PubMed|पबमेड]] जैसे डेटाबेस खोजकर प्रासंगिक प्रकाशनों की पहचान की जाती है। प्रत्येक पेपर का पूरा पाठ पढ़ा जाता है, और जानकारी निकालकर प्रविष्टि में जोड़ दी जाती है। वैज्ञानिक साहित्य से उत्पन्न होने वाली टिप्पणियों में निम्नलिखित सम्मिलित हैं, किंतु यह इन्हीं तक सीमित नहीं हैं:<ref name="pmid15036160">{{Cite journal | last1 = Apweiler | first1 = R. | last2 = Bairoch | first2 = A. | last3 = Wu | first3 = C. H. | doi = 10.1016/j.cbpa.2003.12.004 | title = प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस| journal = Current Opinion in Chemical Biology | volume = 8 | issue = 1 | pages = 76–80 | year = 2004 | pmid = 15036160}}</ref><ref name="faq45" /><ref name="pmid14681372" /> | ||
*प्रोटीन और जीन के नाम | *प्रोटीन और जीन के नाम | ||
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*प्राकृतिक आनुवंशिक भिन्नता, [[आरएनए संपादन]], वैकल्पिक स्प्लिसिंग, [[प्रोटियोलिटिक]] प्रसंस्करण और पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन द्वारा उत्पादित प्रोटीन प्रकार के रूप | *प्राकृतिक आनुवंशिक भिन्नता, [[आरएनए संपादन]], वैकल्पिक स्प्लिसिंग, [[प्रोटियोलिटिक]] प्रसंस्करण और पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन द्वारा उत्पादित प्रोटीन प्रकार के रूप | ||
एनोटेटेड प्रविष्टियाँ यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट में सम्मिलित | एनोटेटेड प्रविष्टियाँ यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट में सम्मिलित करने से पहले गुणवत्ता आश्वासन से गुजरती हैं। जब नया डेटा उपलब्ध हो जाता है, तो प्रविष्टियाँ अपडेट की जाती हैं। | ||
====यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल==== | ====यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल==== | ||
यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल में उच्च गुणवत्ता वाले कम्प्यूटेशनल रूप से विश्लेषण किए गए रिकॉर्ड सम्मिलित | यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल में उच्च गुणवत्ता वाले कम्प्यूटेशनल रूप से विश्लेषण किए गए रिकॉर्ड सम्मिलित हैं, जो स्वचालित एनोटेशन से समृद्ध हैं। इसे जीनोम परियोजनाओं के परिणामस्वरूप बढ़े हुए डेटा प्रवाह के जवाब में पेश किया गया था, क्योंकि यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट की समय और श्रम लेने वाली मैनुअल एनोटेशन प्रक्रिया को सभी उपलब्ध प्रोटीन अनुक्रमों को सम्मिलित करने के लिए विस्तृत नहीं किया जा सकता है।<ref name="pmid15036160" /> एनएसडीसी या ईएमबीएल-बैंक/जेनबैंक/डीडीबीजे न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटाबेस में एनोटेटेड कोडिंग अनुक्रमों के अनुवाद स्वचालित रूप से संसाधित होते हैं और यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल में अंकित किए जाते हैं।यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल में [[प्रोटीन डाटा बैंक]] और जीन पूर्वानुमान से अनुक्रम भी सम्मिलित हैं, जिसमें [[साथ में]], [[RefSeq|रेफरसेक]] और [[सर्वसम्मति सीडीएस परियोजना]] सम्मिलित है।<ref name="faq37">{{cite web|url=https://www.uniprot.org/faq/37|title=Where do the UniProtKB protein sequences come from?|website=www.uniprot.org|access-date=14 April 2018}}</ref> 22 जुलाई 2021 से इसमें [[ अल्फ़ाफ़ोल्ड |अल्फ़ाफ़ोल्ड]] तृतीयक के साथ पूर्वानुमान भी सम्मिलित है और अल्फाफोल्ड-मल्टीमर चतुर्धातुक संरचनाएँ भी कर सकता है<ref>{{Cite journal|last1=Humphreys|first1=Ian R.|last2=Pei|first2=Jimin|last3=Baek|first3=Minkyung|last4=Krishnakumar|first4=Aditya|last5=Anishchenko|first5=Ivan|last6=Ovchinnikov|first6=Sergey|last7=Zhang|first7=Jing|last8=Ness|first8=Travis J.|last9=Banjade|first9=Sudeep|last10=Bagde|first10=Saket R.|last11=Stancheva|first11=Viktoriya G.|title=कोर यूकेरियोटिक प्रोटीन कॉम्प्लेक्स की गणना की गई संरचनाएं|journal=Science|year=2021|volume=374|issue=6573|pages=eabm4805|doi=10.1126/science.abm4805|pmid=34762488|pmc=7612107}}</ref><ref>{{cite web |title=अल्फाफोल्ड की शक्ति को दुनिया के हाथों में सौंपना|url=https://deepmind.com/blog/article/putting-the-power-of-alphafold-into-the-worlds-hands |website=Deepmind |access-date=24 July 2021}}</ref> | ||
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===यूनीपार्क=== | ===यूनीपार्क=== | ||
यूनीप्रोट संग्रह (यूनीपार्क) एक व्यापक और गैर-अनावश्यक डेटाबेस है, जिसमें मुख्य, सार्वजनिक रूप से उपलब्ध प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस से सभी प्रोटीन अनुक्रम सम्मिलित | यूनीप्रोट संग्रह (यूनीपार्क) एक व्यापक और गैर-अनावश्यक डेटाबेस है, जिसमें मुख्य, सार्वजनिक रूप से उपलब्ध प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस से सभी प्रोटीन अनुक्रम सम्मिलित हैं।<ref name="pmid15044231">{{Cite journal | ||
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}}</ref> प्रोटीन कई अलग-अलग स्रोत डेटाबेस में और एक ही डेटाबेस में कई प्रतियों में उपस्थित हो सकते हैं। अतिरेक से बचने के लिए, यूनीपार्क प्रत्येक अद्वितीय अनुक्रम को केवल एक बार संग्रहीत करता है। समान अनुक्रमों को मिला दिया जाता है, तथापि | }}</ref> प्रोटीन कई अलग-अलग स्रोत डेटाबेस में और एक ही डेटाबेस में कई प्रतियों में उपस्थित हो सकते हैं। अतिरेक से बचने के लिए, यूनीपार्क प्रत्येक अद्वितीय अनुक्रम को केवल एक बार संग्रहीत करता है। समान अनुक्रमों को मिला दिया जाता है, तथापि वे एक ही या अलग-अलग प्रजातियों से हों सकती है । प्रत्येक अनुक्रम को एक स्थिर और विशिष्ट पहचानकर्ता (यूपीआई) दिया जाता है, जिससे विभिन्न स्रोत डेटाबेस से एक ही प्रोटीन की पहचान करना संभव हो जाता है। यूनीपार्क में केवल प्रोटीन अनुक्रम होते हैं, बिना किसी एनोटेशन के यूनीपार्क प्रविष्टियों में डेटाबेस क्रॉस-रेफरेंस स्रोत डेटाबेस से प्रोटीन के बारे में अधिक जानकारी प्राप्त करने की अनुमति देता है। जब स्रोत डेटाबेस में अनुक्रम बदलते हैं, तो इन परिवर्तनों को यूनीपार्क द्वारा ट्रैक किया जाता है और सभी परिवर्तनों का इतिहास संग्रहीत किया जाता है। | ||
====स्रोत डेटाबेस==== | ====स्रोत डेटाबेस==== | ||
वर्तमान में यूनीपार्क में निम्नलिखित सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटाबेस से प्रोटीन अनुक्रम सम्मिलित | वर्तमान में यूनीपार्क में निम्नलिखित सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटाबेस से प्रोटीन अनुक्रम सम्मिलित हैं: | ||
* [[आईएनएसडीसी]] [[ईएमबीएल]]-बैंक/[[डीडीबीजे]]/[[ GenBank | जेनबैंक]] न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटाबेस | * [[आईएनएसडीसी]] [[ईएमबीएल]]-बैंक/[[डीडीबीजे]]/[[ GenBank | जेनबैंक]] न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटाबेस | ||
* एन्सेम्बल | * एन्सेम्बल | ||
*[[यूरोपीय पेटेंट कार्यालय]] (ईपीओ) | *[[यूरोपीय पेटेंट कार्यालय]] (ईपीओ) | ||
* फ्लाईबेस: कीट वर्ग ड्रोसोफिलिडे (फ्लाईबेस) के लिए आनुवंशिक और आणविक डेटा का प्राथमिक संचयन | * फ्लाईबेस: कीट वर्ग ड्रोसोफिलिडे (फ्लाईबेस) के लिए आनुवंशिक और आणविक डेटा का प्राथमिक संचयन | ||
* [[एच-आमंत्रण]] | * [[एच-आमंत्रण]] डेटाबेस (एच-आमंत्रण) | ||
* [[अंतर्राष्ट्रीय प्रोटीन सूचकांक]] (आईपीआई) | * [[अंतर्राष्ट्रीय प्रोटीन सूचकांक]] (आईपीआई) | ||
* [[जापान पेटेंट कार्यालय]] (जेपीओ) | * [[जापान पेटेंट कार्यालय]] (जेपीओ) | ||
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===यूनीरेफ़=== | ===यूनीरेफ़=== | ||
यूनीप्रोट रेफरेंस क्लस्टर्स (यूनीरेफ़) में यूनीप्रोटकेबी और चयनित यूनीपार्क रिकॉर्ड से प्रोटीन अनुक्रमों के क्लस्टर सेट के तीन डेटाबेस सम्मिलित | यूनीप्रोट रेफरेंस क्लस्टर्स (यूनीरेफ़) में यूनीप्रोटकेबी और चयनित यूनीपार्क रिकॉर्ड से प्रोटीन अनुक्रमों के क्लस्टर सेट के तीन डेटाबेस सम्मिलित हैं।<ref name="pmid17379688">{{Cite journal | ||
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*[https://www.uniprot.org UniProt] | *[https://www.uniprot.org UniProt] | ||
[[Category: जैविक डेटाबेस]] [[Category: ऑनलाइन डेटाबेस]] [[Category: प्रोटिओमिक्स]] [[Category: कैम्ब्रिजशायर में विज्ञान और प्रौद्योगिकी]] [[Category: दक्षिण कैंब्रिजशायर जिला]] [[Category: बायोइनफॉरमैटिक्स]] [[Category: कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी]] | |||
Revision as of 11:18, 23 July 2023
| File:UPlogo1.png | |
| Content | |
|---|---|
| Description | UniProt is the Universal Protein resource, a central repository of protein data created by combining the Swiss-Prot, TrEMBL and PIR-PSD databases. |
| Data types captured | Protein annotation |
| Organisms | All |
| Contact | |
| Research center | EMBL-EBI, UK; SIB, Switzerland; PIR, US. |
| Primary citation | UniProt Consortium[1] |
| Access | |
| Data format | Custom flat file, FASTA, GFF, RDF, XML. |
| Website | www www |
| Download URL | www |
| Web service URL | Yes – JAVA API see info here & REST see info here |
| Tools | |
| Web | Advanced search, BLAST, ClustalO, bulk retrieval/download, ID mapping |
| Miscellaneous | |
| License | Creative Commons Attribution-NoDerivs |
| Versioning | Yes |
| Data release frequency | 8 weeks |
| Curation policy | Yes – manual and automatic. Rules for automatic annotation generated by database curators and computational algorithms. |
| Bookmarkable entities | Yes – both individual protein entries and searches |
यूनीप्रोट प्रोटीन अनुक्रम और कार्यात्मक जानकारी का एक स्वतंत्र रूप से सुलभ डेटाबेस है, कई प्रविष्टियाँ जीनोम अनुक्रमण परियोजनाओं से प्राप्त की जा रही हैं। इसमें शोध साहित्य से प्राप्त प्रोटीन के जैविक कार्य के बारे में बड़ी मात्रा में जानकारी सम्मिलित है। इसका अनुरक्षित यूनीप्रोट कंसोर्टियम द्वारा किया जाता है, जिसमें कई यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संगठन और वाशिंगटन, डीसी, संयुक्त राज्य अमेरिका का एक फाउंडेशन सम्मिलित है।
यूनिप्रोट कंसोर्टियम
यूनीप्रोट कंसोर्टियम में यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान (ईबीआई), स्विस इंस्टीट्यूट ऑफ बायोइनफॉरमैटिक्स (एसआईबी), और प्रोटीन सूचना संसाधन (पीआईआर) सम्मिलित हैं। यूके के हिन्क्सटन में वेलकम ट्रस्ट जीनोम कैंपस में स्थित ईबीआई, जैव सूचना विज्ञान डेटाबेस और सेवाओं के एक बड़े संसाधन की होस्ट करता है। स्विट्जरलैंड के जिनेवा में स्थित एसआईबी, एक्सपेसी (विशेषज्ञ प्रोटीन विश्लेषण प्रणाली) सर्वर का रखरखाव करता है जो प्रोटिओमिक्स उपकरण और डेटाबेस के लिए एक केंद्रीय संसाधन हैं। वाशिंगटन, डीसी, यूएस में जॉर्जटाउन यूनिवर्सिटी मेडिकल सेंटर में नेशनल बायोमेडिकल रिसर्च फाउंडेशन (एनबीआरएफ) द्वारा होस्ट किया गया पीआईआर, सबसे पुराने प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस, मार्गरेट ओकले डेहॉफ़ के एटलस ऑफ प्रोटीन सीक्वेंस एंड स्ट्रक्चर का उत्तराधिकारी है, जो पहली बार 1965 में प्रकाशित हुआ था।[2] 2002 में, ईबीआई, एसआईबी और पीर यूनीप्रोट कंसोर्टियम के रूप में सम्मिलित हुए।[3]
यूनिप्रोट डेटाबेस की जड़ें
प्रत्येक कंसोर्टियम सदस्य प्रोटीन डेटाबेस रखरखाव और एनोटेशन में भारी रूप से सम्मिलित है। वर्तमान तक, ईबीआई और एसआईबीने मिलकर स्विस-प्रोट और ट्रेमबीएल डेटाबेस का उत्पादन किया गया था जबकि पीआईआर ने प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस (पीआईआर-पीएसडी) का उत्पादन किया था।[4][5][6] ये डेटाबेस अलग-अलग पेप्टाइड अनुक्रम कवरेज और एनोटेशन प्राथमिकताओं के साथ सह-अस्तित्व में थे।
स्विस-प्रोट को 1986 में अमोस बैरोच द्वारा अपनी पीएचडी के समय बनाया गया था और स्विस इंस्टीट्यूट ऑफ बायोइनफॉरमैटिक्स द्वारा विकसित किया गया था और बाद में यूरोपीय बायोइनफॉरमैटिक्स इंस्टीट्यूट में रॉल्फ अप्वेइलर द्वारा विकसित किया गया था।[7][8][9] स्विस-प्रोट का उद्देश्य उच्च स्तर के एनोटेशन (जैसे प्रोटीन के कार्य का विवरण, इसकी प्रोटीन डोमेन संरचना, अनुवाद के बाद का संशोधन या पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन, वेरिएंट इत्यादि) से जुड़े विश्वसनीय प्रोटीन अनुक्रम प्रदान करना है। डेटा अतिरेक का स्तर और अन्य डेटाबेस के साथ उच्च स्तर का एकीकरण यह मानते हुए कि अनुक्रम डेटा स्विस-प्रोट की क्षमता से अधिक गति से उत्पन्न हो रहा था, उन प्रोटीनों के लिए स्वचालित एनोटेशन प्रदान करने के लिए ट्रेमबीएल (अनुवादित ईएमबीएल न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम डेटा लाइब्रेरी) बनाया गया था जो स्विस-प्रोट में नहीं हैं। इस बीच, पीआईआर ने पीआईआर-पीएसडी और संबंधित डेटाबेस बनाए रखा, जिसमें आईप्रोक्लास, प्रोटीन अनुक्रमों और क्यूरेटेड वर्गों का डेटाबेस सम्मिलित है।
कंसोर्टियम के सदस्यों ने अपने ओवरलैपिंग संसाधनों और विशेषज्ञता को एकत्रित किया गया था और दिसंबर 2003 में यूनीप्रोट लॉन्च किया था।[10]
यूनीप्रोट डेटाबेस का संगठन
यूनीप्रोट चार मुख्य डेटाबेस प्रदान करता है: यूनीप्रोटकेबी (उप-भागों स्विस-प्रोट और ट्रेमबीएल के साथ), यूनीपार्क, यूनीरेफ और प्रोटिओम है।
यूनीप्रोटकेबी
यूनीप्रोट नॉलेजबेस (यूनीप्रोटकेबी) एक प्रोटीन डेटाबेस है जिसे आंशिक रूप से विशेषज्ञों द्वारा तैयार किया गया है, जिसमें दो खंड सम्मिलित हैं: यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट (जिसमें समीक्षा की गई, मैन्युअल रूप से एनोटेटेड प्रविष्टियाँ सम्मिलित हैं) और यूनीप्रोटकेबी/ट्रेमबीएल (बिना समीक्षा की गई, स्वचालित रूप से एनोटेटेड प्रविष्टियाँ सम्मिलित हैं)।[11] As of 22 February 2023[update], यूनीप्रोटकेबी/स्विस-प्रोट की रिलीज 2023_01 में 569,213 अनुक्रम प्रविष्टियां सम्मिलित हैं (291,046 संदर्भों से निकाले गए 205,728,242 अमीनो अम्ल सम्मिलित हैं) और यूनीप्रोटकेबी/ट्रेम