के-मेर - Revision history

Manidh at 06:58, 28 July 2023

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	=== जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में ===		=== जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में ===
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	* [http://biorxiv.org/search/k-mer bioXriv:k-mer]		* [http://biorxiv.org/search/k-mer bioXriv:k-mer]
	* [https://arxiv.org/find/all/1/all:+k%2dmer/0/1/0/all/0/1 arXiv: k-mer]		* [https://arxiv.org/find/all/1/all:+k%2dmer/0/1/0/all/0/1 arXiv: k-mer]
	[[Category: न्यूक्लिक एसिड]] [[Category: व्यावहारिक गणित]] [[Category: जीव पदाथ-विद्य]] [[Category: कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी]] [[Category: बायोइनफॉरमैटिक्स]] [[Category: अमीनो अम्ल]]

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alpha>PragatiNayak: /* जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में */

2023-07-19T16:59:35Z

जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में

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	=== जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में ===		=== जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में ===
	क्योंकि k के मान के लिए के-मर की संख्या गणनात्मक रूप से बढ़ती है, इसलिए बड़े k के लिए (~~आमतौर पर~~ >10) के-मर की गणना एक ~~कम्प्यूटेशनली~~ कठिन कार्य है। जबकि छोटे k मानों के लिए उपरोक्त ~~प्सेडोकोड~~ जैसे सरल अमलन कार्यों का कार्य करते हैं, उन्हें उच्च-प्रवाह अनुप्रयोगों या जब k बड़ा होता है, तों उसके लिए अनुकूलित करना चाहिए। इस समस्या को हल करने के लिए, विभिन्न उपकरणों का विकास किया गया है:		क्योंकि k के मान के लिए के-मर की संख्या गणनात्मक रूप से बढ़ती है, इसलिए बड़े k के लिए (सामान्यतः >10) के-मर की गणना एक संगणनीय रूप से कठिन कार्य है। जबकि छोटे k मानों के लिए उपरोक्त छद्मकोड जैसे सरल अमलन कार्यों का कार्य करते हैं, उन्हें उच्च-प्रवाह अनुप्रयोगों या जब k बड़ा होता है, तों उसके लिए अनुकूलित करना चाहिए। इस समस्या को हल करने के लिए, विभिन्न उपकरणों का विकास किया गया है:

	* [https://github.com/gmarcais/Jellyfish/ जेलीफ़िश] के-मर गणना के लिए एक मल्टीथ्रेडेड, लॉक-फ्री [[ हैश तालिका ]] का उपयोग करता है और इसमें [[पायथन (प्रोग्रामिंग भाषा)\|पायथन]] , [[रूबी (प्रोग्रामिंग भाषा)\|रूबी]] , और [[पर्ल]] बाइंडिंग है।<ref>{{Cite journal\|last1=Marçais\|first1=Guillaume\|last2=Kingsford\|first2=Carl\|date=2011-03-15\|title=के-मर्स की घटनाओं की कुशल समानांतर गणना के लिए एक तेज़, लॉक-मुक्त दृष्टिकोण\|journal=Bioinformatics\|language=en\|volume=27\|issue=6\|pages=764–770\|doi=10.1093/bioinformatics/btr011\|pmid=21217122\|pmc=3051319\|issn=1460-2059}}</ref>		* [https://github.com/gmarcais/Jellyfish/ जेलीफ़िश] के-मर गणना के लिए एक मल्टीथ्रेडेड, लॉक-फ्री [[ हैश तालिका ]]का उपयोग करता है और इसमें [[पायथन (प्रोग्रामिंग भाषा)\|पायथन]] , [[रूबी (प्रोग्रामिंग भाषा)\|रूबी]] , और [[पर्ल]] बाइंडिंग है।<ref>{{Cite journal\|last1=Marçais\|first1=Guillaume\|last2=Kingsford\|first2=Carl\|date=2011-03-15\|title=के-मर्स की घटनाओं की कुशल समानांतर गणना के लिए एक तेज़, लॉक-मुक्त दृष्टिकोण\|journal=Bioinformatics\|language=en\|volume=27\|issue=6\|pages=764–770\|doi=10.1093/bioinformatics/btr011\|pmid=21217122\|pmc=3051319\|issn=1460-2059}}</ref>
	* [https://github.com/refresh-bio/KMC केएमसी] के-मर गणना के लिए एक उपकरण है जो अनुकूलित गति के लिए मल्टीडिस्क आर्किटेक्चर का उपयोग करने वाला उपकरण है<ref>{{Cite journal\|last1=Deorowicz\|first1=Sebastian\|last2=Kokot\|first2=Marek\|last3=Grabowski\|first3=Szymon\|last4=Debudaj-Grabysz\|first4=Agnieszka\|date=2015-05-15\|title=KMC 2: fast and resource-frugal k-mer counting\|journal=Bioinformatics\|language=en\|volume=31\|issue=10\|pages=1569–1576\|doi=10.1093/bioinformatics/btv022\|pmid=25609798\|issn=1460-2059\|doi-access=free}}</ref>		* [https://github.com/refresh-bio/KMC केएमसी] के-मर गणना के लिए एक उपकरण है जो अनुकूलित गति के लिए मल्टीडिस्क आर्किटेक्चर का उपयोग करने वाला उपकरण है<ref>{{Cite journal\|last1=Deorowicz\|first1=Sebastian\|last2=Kokot\|first2=Marek\|last3=Grabowski\|first3=Szymon\|last4=Debudaj-Grabysz\|first4=Agnieszka\|date=2015-05-15\|title=KMC 2: fast and resource-frugal k-mer counting\|journal=Bioinformatics\|language=en\|volume=31\|issue=10\|pages=1569–1576\|doi=10.1093/bioinformatics/btv022\|pmid=25609798\|issn=1460-2059\|doi-access=free}}</ref>
	* [https://github.com/uni-halle/gerbil जरबिल] हैश तालिका दृष्टिकोण का उपयोग करता है परंतु जीपीयू त्वरण के लिए अतिरिक्त समर्थन के साथ जोड़ा गया है।<ref>{{Cite journal\|last1=Erbert\|first1=Marius\|last2=Rechner\|first2=Steffen\|last3=Müller-Hannemann\|first3=Matthias\|date=2017\|title=Gerbil: a fast and memory-efficient k-mer counter with GPU-support\|journal=Algorithms for Molecular Biology\|language=en\|volume=12\|issue=1\|pages=9\|doi=10.1186/s13015-017-0097-9\|pmid=28373894\|pmc=5374613\|issn=1748-7188}}</ref>		* [https://github.com/uni-halle/gerbil जरबिल] हैश तालिका दृष्टिकोण का उपयोग करता है परंतु जीपीयू त्वरण के लिए अतिरिक्त समर्थन के साथ जोड़ा गया है।<ref>{{Cite journal\|last1=Erbert\|first1=Marius\|last2=Rechner\|first2=Steffen\|last3=Müller-Hannemann\|first3=Matthias\|date=2017\|title=Gerbil: a fast and memory-efficient k-mer counter with GPU-support\|journal=Algorithms for Molecular Biology\|language=en\|volume=12\|issue=1\|pages=9\|doi=10.1186/s13015-017-0097-9\|pmid=28373894\|pmc=5374613\|issn=1748-7188}}</ref>
	* [https://github.com/TGAC/KAT के-मर विश्लेषण टूलकिट (के-एटी)] के-मर गणना का विश्लेषण करने के लिए जेलिफ़िश के एक संशोधित संस्करण करके के-मर गणना का विश्लेषण करने के लिए उपयोग होता है।<ref name=":7" />		* [https://github.com/TGAC/KAT के-मर विश्लेषण टूलकिट (के-एटी)] के-मर गणना का विश्लेषण करने के लिए जेलिफ़िश के एक संशोधित संस्करण करके के-मर गणना का विश्लेषण करने के लिए उपयोग होता है।<ref name=":7" />
	== यह भी देखें ==		== यह भी देखें ==

alpha>PragatiNayak: /* स्यूडोकोड */

2023-07-19T16:57:24Z

स्यूडोकोड

@@ Line 141: / Line 141: @@
 === स्यूडोकोड ===
 किसी रीड के संभावित के-मर  का निर्धारण केवल स्ट्रिंग की लंबाई पर एक-एक करके साइकिल चलाकर और लंबाई <math>k</math> के प्रत्येक सबस्ट्रिंग को निकालकर किया जा सकता है। इसे प्राप्त करने के लिए छद्मकोड इस प्रकार है:
 === जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में ===

alpha>PragatiNayak: /* परिचय */

2023-07-19T16:56:24Z

परिचय

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alpha>PragatiNayak at 16:31, 19 July 2023

2023-07-19T16:31:03Z

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	{{broader\|एन-ग्राम}}		{{broader\|एन-ग्राम}}
	{{DISPLAYTITLE:''k''-mer}}		{{DISPLAYTITLE:''k''-mer}}
	[[File:K-mer diagram.svg\|thumb\|अनुक्रम ATGG में दो 3-मेर हैं: ATG और TGG ity।]]जैव सूचना विज्ञान के अंतर्गत, '''के-मर''' जीववैज्ञानिक अनुक्रम में सम्मिलित होने वाले <math>k</math> लंबाई के [[सबस्ट्रिंग\|उपरज्जु]] को कहते हैं। प्रमुख रूप से [[कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स\|संगणनात्मक जीनोमिक्स]] और [[अनुक्रम विश्लेषण]] के संदर्भ में ~~उपयोग होते हैं,~~ जहां के-~~अधिक्स~~ [[न्यूक्लियोटाइड\|आणविकों]] (अर्थात् A, T, G और C) से मिलकर बने होते हैं।<ref>{{Cite journal\|last1=Compeau\|first1=Phillip E C\|last2=Pevzner\|first2=Pavel A\|last3=Tesler\|first3=Glenn\|date=November 2011\|title=जीनोम असेंबली में डी ब्रुइज़ ग्राफ़ कैसे लागू करें\|journal=Nature Biotechnology\|language=en\|volume=29\|issue=11\|pages=987–991\|doi=10.1038/nbt.2023\|pmid=22068540\|pmc=5531759\|issn=1087-0156}}</ref> के-~~अधिक्स~~ का उपयोग डीएनए संकलन, परजीवी जीन<ref name=":4">{{Cite journal\|last1=Welch\|first1=Mark\|last2=Govindarajan\|first2=Sridhar\|last3=Ness\|first3=Jon E.\|last4=Villalobos\|first4=Alan\|last5=Gurney\|first5=Austin\|last6=Minshull\|first6=Jeremy\|last7=Gustafsson\|first7=Claes\|date=2009-09-14\|editor-last=Kudla\|editor-first=Grzegorz\|title=एस्चेरिचिया कोलाई में सिंथेटिक जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करने के लिए डिज़ाइन पैरामीटर\|journal=PLOS ONE\|language=en\|volume=4\|issue=9\|pages=e7002\|doi=10.1371/journal.pone.0007002\|pmid=19759823\|pmc=2736378\|issn=1932-6203\|bibcode=2009PLoSO...4.7002W\|doi-access=free}}</ref><ref name=":6">{{Cite journal\|last1=Gustafsson\|first1=Claes\|last2=Govindarajan\|first2=Sridhar\|last3=Minshull\|first3=Jeremy\|date=July 2004\|title=कोडन पूर्वाग्रह और विषम प्रोटीन अभिव्यक्ति\|journal=Trends in Biotechnology\|language=en\|volume=22\|issue=7\|pages=346–353\|doi=10.1016/j.tibtech.2004.04.006\|pmid=15245907}}</ref> अभिव्यक्ति को सुधारने, मेटाजेनोमिक<ref name=":0">{{Cite journal\|last1=Perry\|first1=Scott C.\|last2=Beiko\|first2=Robert G.\|date=2010-01-01\|title=Distinguishing Microbial Genome Fragments Based on Their Composition: Evolutionary and Comparative Genomic Perspectives\|journal=Genome Biology and Evolution\|language=en\|volume=2\|pages=117–131\|doi=10.1093/gbe/evq004\|pmid=20333228\|pmc=2839357\|issn=1759-6653}}</ref> सैंपल में प्रजातियों की पहचान, और [[क्षीण टीका]]~~करण~~<ref>{{Cite journal\|last1=Eschke\|first1=Kathrin\|last2=Trimpert\|first2=Jakob\|last3=Osterrieder\|first3=Nikolaus\|last4=Kunec\|first4=Dusan\|date=2018-01-29\|editor-last=Mocarski\|editor-first=Edward\|title=कोडन जोड़ी पूर्वाग्रह डीऑप्टिमाइजेशन द्वारा एक बहुत ही विषैले मारेक रोग हर्पीसवायरस (एमडीवी) का क्षीणन\|journal=PLOS Pathogens\|language=en\|volume=14\|issue=1\|pages=e1006857\|doi=10.1371/journal.ppat.1006857\|pmid=29377958\|issn=1553-7374\|pmc=5805365}}</ref> बनाने के लिए किया जाता है। ~~सामान्यतया~~, के-~~अधिक्स~~ शब्द का उपयोग ~~लंबाई L के~~ एक अनुक्रम के सभी ~~उपस्त्रिंशों~~ के लिए किया जाता है, ~~जिसका अर्थ होता~~ है ~~कि एक~~ अनुक्रम AGAT के चार ~~[[मोनोमर]]~~ (A, G, A और T), तीन 2-~~मर्स~~ (AG, GA, AT), दो 3-~~मर्स~~ (AGA और GAT) और एक 4-~~मर्स~~ (AGAT) होंगे। और अधिक व्यापक रूप से, लंबाई <math>L</math> वाले एक अनुक्रम में <math>L - k + 1</math> के-~~अधिक्स~~ होंगे और <math>n^{k}</math> कुल संभव के-~~अधिक्स~~ होंगे, यहां <math>n</math> संभावित मोनोमरों की संख्या है।		[[File:K-mer diagram.svg\|thumb\|अनुक्रम ATGG में दो 3-मेर हैं: ATG और TGG ity।]]जैव सूचना विज्ञान के अंतर्गत, '''के-मर''' जीववैज्ञानिक अनुक्रम में सम्मिलित होने वाले <math>k</math> लंबाई के [[सबस्ट्रिंग\|उपरज्जु]] को कहते हैं। इनका उपयोग प्रमुख रूप से [[कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स\|संगणनात्मक जीनोमिक्स]] और [[अनुक्रम विश्लेषण]] के संदर्भ में किया जाता है जहां के-मर, [[न्यूक्लियोटाइड\|आणविकों]] (अर्थात् A, T, G और C) से मिलकर बने होते हैं।<ref>{{Cite journal\|last1=Compeau\|first1=Phillip E C\|last2=Pevzner\|first2=Pavel A\|last3=Tesler\|first3=Glenn\|date=November 2011\|title=जीनोम असेंबली में डी ब्रुइज़ ग्राफ़ कैसे लागू करें\|journal=Nature Biotechnology\|language=en\|volume=29\|issue=11\|pages=987–991\|doi=10.1038/nbt.2023\|pmid=22068540\|pmc=5531759\|issn=1087-0156}}</ref> के-मर का उपयोग डीएनए संकलन, परजीवी जीन<ref name=":4">{{Cite journal\|last1=Welch\|first1=Mark\|last2=Govindarajan\|first2=Sridhar\|last3=Ness\|first3=Jon E.\|last4=Villalobos\|first4=Alan\|last5=Gurney\|first5=Austin\|last6=Minshull\|first6=Jeremy\|last7=Gustafsson\|first7=Claes\|date=2009-09-14\|editor-last=Kudla\|editor-first=Grzegorz\|title=एस्चेरिचिया कोलाई में सिंथेटिक जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करने के लिए डिज़ाइन पैरामीटर\|journal=PLOS ONE\|language=en\|volume=4\|issue=9\|pages=e7002\|doi=10.1371/journal.pone.0007002\|pmid=19759823\|pmc=2736378\|issn=1932-6203\|bibcode=2009PLoSO...4.7002W\|doi-access=free}}</ref><ref name=":6">{{Cite journal\|last1=Gustafsson\|first1=Claes\|last2=Govindarajan\|first2=Sridhar\|last3=Minshull\|first3=Jeremy\|date=July 2004\|title=कोडन पूर्वाग्रह और विषम प्रोटीन अभिव्यक्ति\|journal=Trends in Biotechnology\|language=en\|volume=22\|issue=7\|pages=346–353\|doi=10.1016/j.tibtech.2004.04.006\|pmid=15245907}}</ref> अभिव्यक्ति को सुधारने, मेटाजेनोमिक<ref name=":0">{{Cite journal\|last1=Perry\|first1=Scott C.\|last2=Beiko\|first2=Robert G.\|date=2010-01-01\|title=Distinguishing Microbial Genome Fragments Based on Their Composition: Evolutionary and Comparative Genomic Perspectives\|journal=Genome Biology and Evolution\|language=en\|volume=2\|pages=117–131\|doi=10.1093/gbe/evq004\|pmid=20333228\|pmc=2839357\|issn=1759-6653}}</ref> सैंपल में प्रजातियों की पहचान, और [[क्षीण टीका]]<ref>{{Cite journal\|last1=Eschke\|first1=Kathrin\|last2=Trimpert\|first2=Jakob\|last3=Osterrieder\|first3=Nikolaus\|last4=Kunec\|first4=Dusan\|date=2018-01-29\|editor-last=Mocarski\|editor-first=Edward\|title=कोडन जोड़ी पूर्वाग्रह डीऑप्टिमाइजेशन द्वारा एक बहुत ही विषैले मारेक रोग हर्पीसवायरस (एमडीवी) का क्षीणन\|journal=PLOS Pathogens\|language=en\|volume=14\|issue=1\|pages=e1006857\|doi=10.1371/journal.ppat.1006857\|pmid=29377958\|issn=1553-7374\|pmc=5805365}}</ref> बनाने के लिए किया जाता है। सामान्यतः, 'k-मर' शब्द का उपयोग एक अनुक्रम के सभी उप-अनुक्रमों को संदर्भित करने के लिए किया जाता है, जिनकी लंबाई k होती है, इस प्रकार अनुक्रम AGAT में चार मोनोमर्स (A, G, A और T), तीन 2-मर (AG, GA, AT), दो 3-मर (AGA और GAT) और एक 4-मर (AGAT) होंगे। और अधिक व्यापक रूप से, लंबाई <math>L</math> वाले एक अनुक्रम में <math>L - k + 1</math> के-मर होंगे और <math>n^{k}</math> कुल संभव के-मर होंगे, यहां <math>n</math> संभावित मोनोमरों की संख्या है।

	== परिचय ==		== परिचय ==
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	=== जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में ===		=== जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइनों में ===
	क्योंकि k के मान के लिए के-~~अधिक्स~~ की संख्या गणनात्मक रूप से बढ़ती है, इसलिए बड़े k के लिए (आमतौर पर >10) के-~~अधिक्स~~ की गणना एक कम्प्यूटेशनली कठिन कार्य है। जबकि छोटे k मानों के लिए उपरोक्त प्सेडोकोड जैसे सरल अमलन कार्यों का कार्य करते हैं, उन्हें उच्च-प्रवाह अनुप्रयोगों या जब k बड़ा होता है, तों उसके लिए अनुकूलित करना चाहिए। इस समस्या को हल करने के लिए, विभिन्न उपकरणों का विकास किया गया है:		क्योंकि k के मान के लिए के-मर की संख्या गणनात्मक रूप से बढ़ती है, इसलिए बड़े k के लिए (आमतौर पर >10) के-मर की गणना एक कम्प्यूटेशनली कठिन कार्य है। जबकि छोटे k मानों के लिए उपरोक्त प्सेडोकोड जैसे सरल अमलन कार्यों का कार्य करते हैं, उन्हें उच्च-प्रवाह अनुप्रयोगों या जब k बड़ा होता है, तों उसके लिए अनुकूलित करना चाहिए। इस समस्या को हल करने के लिए, विभिन्न उपकरणों का विकास किया गया है:

	* [https://github.com/gmarcais/Jellyfish/ जेलीफ़िश] के-मेर गणना के लिए एक मल्टीथ्रेडेड, लॉक-फ्री [[ हैश तालिका ]] का उपयोग करता है और इसमें [[पायथन (प्रोग्रामिंग भाषा)\|पायथन]] , [[रूबी (प्रोग्रामिंग भाषा)\|रूबी]] , और [[पर्ल]] बाइंडिंग है।<ref>{{Cite journal\|last1=Marçais\|first1=Guillaume\|last2=Kingsford\|first2=Carl\|date=2011-03-15\|title=के-मर्स की घटनाओं की कुशल समानांतर गणना के लिए एक तेज़, लॉक-मुक्त दृष्टिकोण\|journal=Bioinformatics\|language=en\|volume=27\|issue=6\|pages=764–770\|doi=10.1093/bioinformatics/btr011\|pmid=21217122\|pmc=3051319\|issn=1460-2059}}</ref>		* [https://github.com/gmarcais/Jellyfish/ जेलीफ़िश] के-मेर गणना के लिए एक मल्टीथ्रेडेड, लॉक-फ्री [[ हैश तालिका ]] का उपयोग करता है और इसमें [[पायथन (प्रोग्रामिंग भाषा)\|पायथन]] , [[रूबी (प्रोग्रामिंग भाषा)\|रूबी]] , और [[पर्ल]] बाइंडिंग है।<ref>{{Cite journal\|last1=Marçais\|first1=Guillaume\|last2=Kingsford\|first2=Carl\|date=2011-03-15\|title=के-मर्स की घटनाओं की कुशल समानांतर गणना के लिए एक तेज़, लॉक-मुक्त दृष्टिकोण\|journal=Bioinformatics\|language=en\|volume=27\|issue=6\|pages=764–770\|doi=10.1093/bioinformatics/btr011\|pmid=21217122\|pmc=3051319\|issn=1460-2059}}</ref>

alpha>PragatiNayak at 16:16, 19 July 2023

2023-07-19T16:16:16Z

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