न्यूक्लिक एसिड डिजाइन

न्यूक्लिक अम्ल डिजाइन न्यूक्लिक एसिड बेस अनुक्रमों का एक सेट उत्पन्न करने की प्रक्रिया है जो वांछित संरचना में संबद्ध होगा। न्यूक्लिक एसिड डिजाइन डीएनए नैनो टेक्नोलॉजी और डीएनए कंप्यूटिंग के क्षेत्र में केंद्रीय है। यह आवश्यक है क्योंकि न्यूक्लिक एसिड स्ट्रैंड्स के कई संभावित न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम हैं जो एक दिए गए न्यूक्लिक एसिड माध्यमिक संरचना में बदल जाएंगे, लेकिन इनमें से कई अनुक्रमों में अवांछित अतिरिक्त इंटरैक्शन होंगे जिनसे बचा जाना चाहिए। इसके अलावा, कई न्यूक्लिक एसिड तृतीयक संरचना विचार हैं जो किसी दिए गए डिज़ाइन के लिए द्वितीयक संरचना की पसंद को प्रभावित करते हैं।

न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन के प्रोटीन डिजाइन के समान लक्ष्य हैं: दोनों में, मोनोमर्स का क्रम वांछित तह या संबंधित संरचना के पक्ष में और वैकल्पिक संरचनाओं को नापसंद करने के लिए तर्कसंगत डिज़ाइन है। हालांकि, न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन का एक बहुत कम्प्यूटेशनल रूप से सरल समस्या होने का लाभ है, क्योंकि वाटसन-क्रिक बेस पेयरिंग नियमों की सादगी सरल अनुमानी विधियों की ओर ले जाती है जो प्रयोगात्मक रूप से मजबूत डिज़ाइन उत्पन्न करती हैं। प्रोटीन तह के लिए कम्प्यूटेशनल मॉडल में प्रोटीन तृतीयक संरचना की जानकारी की आवश्यकता होती है जबकि न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन न्यूक्लिक एसिड माध्यमिक संरचना के स्तर पर बड़े पैमाने पर काम कर सकता है। हालांकि, न्यूक्लिक एसिड संरचनाएं प्रोटीन की तुलना में उनकी कार्यक्षमता में कम बहुमुखी हैं।

न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन को न्यूक्लिक एसिड संरचना की भविष्यवाणी का विलोम माना जा सकता है। संरचना की भविष्यवाणी में, संरचना एक ज्ञात अनुक्रम से निर्धारित होती है, जबकि न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन में, एक अनुक्रम उत्पन्न होता है जो वांछित संरचना का निर्माण करेगा।

मौलिक अवधारणाएँ
न्यूक्लिक एसिड संरचना में न्यूक्लियोटाइड्स का एक क्रम होता है। चार प्रकार के न्यूक्लियोटाइड होते हैं, जिनमें चार न्यूक्लियोबेस होते हैं: डीएनए में ये एडेनिन (ए), साइटोसिन (सी), गुआनिन (जी), और थाइमिन (टी) हैं। न्यूक्लिक एसिड में यह गुण होता है कि दो अणु एक दूसरे से जुड़कर एक दोहरी कुंडली बनाते हैं, यदि दो अनुक्रम पूरकता (आणविक जीव विज्ञान) हैं, अर्थात वे आधार जोड़े के मिलान क्रम बना सकते हैं। इस प्रकार, न्यूक्लिक एसिड में अनुक्रम बंधन के पैटर्न और इस प्रकार समग्र संरचना को निर्धारित करता है। न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन वह प्रक्रिया है जिसके द्वारा वांछित लक्ष्य संरचना या कार्यक्षमता दी जाती है, न्यूक्लिक एसिड स्ट्रैंड्स के लिए अनुक्रम उत्पन्न होते हैं जो उस लक्ष्य संरचना में स्वयं को इकट्ठा करेंगे। न्यूक्लिक एसिड डिजाइन डीएनए संरचना के सभी स्तरों को शामिल करता है:


 * न्यूक्लिक एसिड प्राथमिक संरचना- प्रत्येक घटक न्यूक्लिक एसिड स्ट्रैंड्स के न्यूक्लियोबेस का कच्चा अनुक्रम;
 * न्यूक्लिक एसिड माध्यमिक संरचना - आधारों के बीच बातचीत का सेट, यानी, कौन से हिस्से एक दूसरे से बंधे हैं; तथा
 * न्यूक्लिक एसिड तृतीयक संरचना - तीन आयामी अंतरिक्ष में परमाणुओं के स्थान, ज्यामितीय और स्टेरिक प्रभाव बाधाओं को ध्यान में रखते हुए।

न्यूक्लिक एसिड डिजाइन में सबसे बड़ी चिंताओं में से एक यह सुनिश्चित करना है कि लक्ष्य संरचना में सबसे कम मुक्त ऊर्जा है (यानी सबसे thermodynamic रूप से अनुकूल है) जबकि विकृत संरचनाओं में मुक्त ऊर्जा के उच्च मूल्य हैं और इस प्रकार प्रतिकूल हैं। इन लक्ष्यों को कई दृष्टिकोणों के उपयोग के माध्यम से प्राप्त किया जा सकता है, जिनमें ह्यूरिस्टिक, थर्मोडायनामिक और ज्यामितीय शामिल हैं। लगभग सभी न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन कार्य कंप्यूटर द्वारा सहायता प्राप्त होते हैं, और इनमें से कई कार्यों के लिए कई सॉफ्टवेयर पैकेज उपलब्ध हैं।

न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन में दो विचार यह हैं कि वांछित संकरण में एक संकीर्ण सीमा में पिघलने का तापमान होना चाहिए, और किसी भी नकली बातचीत में बहुत कम पिघलने का तापमान होना चाहिए (यानी वे बहुत कमजोर होना चाहिए)। आत्मीयता-अनुकूलन सकारात्मक डिजाइन के बीच एक अंतर भी है, वांछित संरचना की ऊर्जा को पूर्ण रूप से कम करने का प्रयास करता है, और विशिष्टता-अनुकूलन नकारात्मक डिजाइन, जो अवांछित संरचनाओं के सापेक्ष लक्ष्य संरचना की ऊर्जा पर विचार करता है। एल्गोरिदम जो दोनों प्रकार के डिज़ाइन को लागू करते हैं, उन लोगों की तुलना में बेहतर प्रदर्शन करते हैं जो केवल एक प्रकार पर विचार करते हैं।

अनुमानी तरीके
अनुमानी पद्धतियाँ सरल मानदंडों का उपयोग करती हैं जिनका किसी दिए गए माध्यमिक संरचना के लिए विभिन्न अनुक्रमों की उपयुक्तता का न्याय करने के लिए शीघ्रता से मूल्यांकन किया जा सकता है। उनके पास थर्मोडायनामिक या ज्यामितीय मॉडलिंग के लिए आवश्यक ऊर्जा न्यूनीकरण एल्गोरिदम की तुलना में बहुत कम कम्प्यूटेशनल रूप से महंगा होने और लागू करने में आसान होने का लाभ है, लेकिन इन मॉडलों की तुलना में कम कठोर होने की कीमत पर।

अनुक्रम समरूपता न्यूनीकरण न्यूक्लिक एसिड डिजाइन का सबसे पुराना तरीका है और इसका उपयोग सबसे पहले शाखित डीएनए संरचनाओं के स्थिर संस्करणों को डिजाइन करने के लिए किया गया था। अनुक्रम समरूपता न्यूनीकरण न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम को एक निश्चित लंबाई के अतिव्यापी बाद में विभाजित करता है, जिसे कसौटी की लंबाई कहा जाता है। 4 में से प्रत्येकN लंबाई N के संभावित अनुवर्ती अनुक्रम में केवल एक बार प्रकट होने की अनुमति है। यह सुनिश्चित करता है कि कोई भी अवांछित संकरण नहीं हो सकता है जिसकी लंबाई कसौटी की लंबाई से अधिक या उसके बराबर हो। एक संबंधित हेयुरिस्टिक दृष्टिकोण बेमेल दूरी पर विचार करना है, जिसका अर्थ है एक निश्चित फ्रेम में पदों की संख्या जहां आधार पूरकता (आणविक जीव विज्ञान) नहीं हैं। एक बड़ी बेमेल दूरी इस संभावना को कम करती है कि एक मजबूत नकली बातचीत हो सकती है। यह सूचना सिद्धांत में हैमिंग दूरी की अवधारणा से संबंधित है। एक और संबंधित लेकिन अधिक शामिल दृष्टिकोण वांछित गुणों के साथ न्यूक्लिक एसिड डिजाइन के लिए कोडिंग सिद्धांत से कोडिंग सिद्धांत के तरीकों का उपयोग करना है।

थर्मोडायनामिक मॉडल
न्यूक्लिक एसिड कॉम्प्लेक्स की न्यूक्लिक एसिड माध्यमिक संरचना के बारे में जानकारी के साथ-साथ इसके अनुक्रम का उपयोग कॉम्प्लेक्स के ऊष्मप्रवैगिकी गुणों की भविष्यवाणी करने के लिए किया जा सकता है।

जब न्यूक्लिक एसिड डिजाइन में थर्मोडायनामिक मॉडल का उपयोग किया जाता है, तो आमतौर पर दो विचार होते हैं: वांछित संकरण में एक संकीर्ण सीमा में पिघलने का तापमान होना चाहिए, और किसी भी नकली बातचीत में बहुत कम पिघलने का तापमान होना चाहिए (यानी वे बहुत कमजोर होना चाहिए)। निकटतम-पड़ोसी थर्मोडायनामिक मापदंडों का उपयोग करके पूरी तरह से मेल खाने वाले न्यूक्लिक एसिड डुप्लेक्स की गिब्स मुक्त ऊर्जा की भविष्यवाणी की जा सकती है। यह मॉडल डुप्लेक्स के अतिव्यापी दो-न्यूक्लियोटाइड सबवर्ड्स में से प्रत्येक की मुक्त ऊर्जा को जोड़कर, न्यूक्लिक एसिड स्ट्रैंड पर केवल एक न्यूक्लियोटाइड और उसके निकटतम पड़ोसियों के बीच बातचीत पर विचार करता है। इसके बाद इसे स्व-पूरक मोनोमर्स और जीसी-सामग्री के लिए ठीक किया जाता है। एक बार मुक्त ऊर्जा ज्ञात हो जाने के बाद, डुप्लेक्स का गलनांक निर्धारित किया जा सकता है। न्यूक्लिक एसिड डुप्लेक्स की मुक्त ऊर्जा और पिघलने के तापमान का अनुमान लगाने के लिए अकेले जीसी-सामग्री का भी उपयोग किया जा सकता है। यह कम सटीक है लेकिन कम्प्यूटेशनल रूप से कम खर्चीला भी है।

न्यूक्लिक एसिड के थर्मोडायनामिक मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर में नूपैक शामिल है, mfold/UNAFold, और वियना. एक संबंधित दृष्टिकोण, व्युत्क्रम माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी, स्टोकेस्टिक स्थानीय खोज का उपयोग करता है जो न्यूक्लिक एसिड संरचना भविष्यवाणी एल्गोरिदम चलाकर और अवांछित सुविधाओं को खत्म करने के लिए अनुक्रम को संशोधित करके न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम में सुधार करता है।

ज्यामितीय मॉडल
न्यूक्लिक एसिड तृतीयक संरचना की भविष्यवाणी करने के लिए न्यूक्लिक एसिड के ज्यामितीय मॉडल का उपयोग किया जाता है। यह महत्वपूर्ण है क्योंकि डिज़ाइन किए गए न्यूक्लिक एसिड कॉम्प्लेक्स में आमतौर पर कई जंक्शन बिंदु होते हैं, जो सिस्टम में ज्यामितीय बाधाओं का परिचय देते हैं। ये बाधाएँ मूल न्यूक्लिक एसिड संरचना से उपजी हैं, मुख्य रूप से न्यूक्लिक एसिड डुप्लेक्स द्वारा गठित डबल हेलिक्स में लगभग 10.4 बेस जोड़े प्रति मोड़ की एक निश्चित हेलिकॉप्टर है, और दृढ़ता की लंबाई है। इन बाधाओं के कारण, न्यूक्लिक एसिड कॉम्प्लेक्स जंक्शन बिंदुओं पर डीएनए # खांचे के सापेक्ष अभिविन्यास के प्रति संवेदनशील हैं। ज्यामितीय मॉडलिंग संरचना में गलत संरेखण से उपजी तनाव (रसायन विज्ञान) का पता लगा सकता है, जिसे तब डिजाइनर द्वारा ठीक किया जा सकता है।

डीएनए नैनोटेक्नोलॉजी के लिए न्यूक्लिक एसिड के ज्यामितीय मॉडल आम तौर पर न्यूक्लिक एसिड के कम प्रतिनिधित्व का उपयोग करते हैं, क्योंकि इस तरह के बड़े सिस्टम के लिए हर परमाणु का अनुकरण करना बहुत कम्प्यूटेशनल रूप से महंगा होगा। प्रति आधार जोड़ी तीन छद्म-परमाणु वाले मॉडल, दो रीढ़ की हड्डी शर्करा और हेलिक्स अक्ष का प्रतिनिधित्व करते हुए, प्रयोगात्मक परिणामों की भविष्यवाणी करने के लिए पर्याप्त स्तर का विवरण होने की सूचना दी गई है। हालांकि, प्रति आधार जोड़ी पांच छद्म-परमाणु वाले मॉडल, स्पष्ट रूप से बैकबोन फॉस्फेट सहित, का भी उपयोग किया जाता है। न्यूक्लिक एसिड के ज्यामितीय मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर में शामिल हैं GIDEON, तियामत, Nanoengineer-1, और UNIQUIMER 3D. डीएनए उत्पत्ति के डिजाइन में ज्यामितीय चिंताएं विशेष रूप से रुचि रखती हैं, क्योंकि मचान स्ट्रैंड की पसंद से अनुक्रम पूर्व निर्धारित होता है। सहित डीएनए ओरिगेमी डिजाइन के लिए विशेष रूप से सॉफ्टवेयर बनाया गया है। एंड [एचटीटीपी://ववव.चढ़ना.डीके/इंडेक्स.पहप/सॉफ्टवेयर.हटम्ल सरसे].

अनुप्रयोग
न्यूक्लिक एसिड डिज़ाइन का उपयोग डीएनए नैनोटेक्नोलॉजी में स्ट्रैंड्स को डिज़ाइन करने के लिए किया जाता है जो एक वांछित लक्ष्य संरचना में स्व-इकट्ठा हो जाएगा। इनमें डीएनए मशीन, आवधिक दो- और त्रि-आयामी लैटिस, पॉलीहेड्रा और डीएनए ओरिगेमी जैसे उदाहरण शामिल हैं। इसका उपयोग न्यूक्लिक एसिड स्ट्रैंड्स के सेट बनाने के लिए भी किया जा सकता है जो ऑर्थोगोनल हैं, या एक-दूसरे के साथ गैर-बातचीत नहीं करते हैं, ताकि नकली बातचीत को कम या खत्म किया जा सके। यह डीएनए कंप्यूटिंग के साथ-साथ रासायनिक जीव विज्ञान और जैव प्रौद्योगिकी में आणविक बारकोडिंग अनुप्रयोगों के लिए उपयोगी है।

यह भी देखें

 * न्यूक्लिक एसिड एनालॉग्स
 * संश्लेषित जीव विज्ञान

इस पेज में लापता आंतरिक लिंक की सूची

 * आधार जोड़ी
 * तर्कसंगत डिजाइन
 * प्रोटीन की तह
 * न्यूक्लिक एसिड संरचना भविष्यवाणी
 * पूरकता (आण्विक जीव विज्ञान)
 * कोडिंग सिद्धांत न्यूक्लिक एसिड डिजाइन के लिए दृष्टिकोण
 * जीसी सामग्री
 * निकटतम-पड़ोसी थर्मोडायनामिक पैरामीटर
 * दृढ़ता लंबाई

अग्रिम पठन

 * &mdash;A review of approaches to nucleic acid primary structure design.
 * &mdash;A comparison and evaluation of a number of heuristic and thermodynamic methods for nucleic acid design.
 * &mdash;One of the earliest papers on nucleic acid design, describing the use of sequence symmetry minimization to construct immoble branched junctions.
 * &mdash;A review comparing the capabilities of available nucleic acid design software.