जीवाणु जीनोम

यूकेरियोट्स के जीनोम की तुलना में जीवाणु जीनोम आमतौर पर प्रजातियों के बीच आकार में छोटे और कम भिन्न होते हैं। बैक्टीरियल जीनोम आकार में लगभग 130 बेस_पेयर#लम्बाई_माप से लेकर कहीं भी हो सकते हैं 14 से अधिक बेस_पेयर#लम्बाई_माप। एक अध्ययन जिसमें 478 जीवाणु जीनोम शामिल थे, लेकिन यह सीमित नहीं था, ने निष्कर्ष निकाला कि जैसे-जैसे जीनोम का आकार बढ़ता है, गैर-यूकेरियोट्स की तुलना में यूकेरियोट्स में जीनों की संख्या असमान रूप से धीमी गति से बढ़ती है। इस प्रकार, बैक्टीरिया की तुलना में गैर-बैक्टीरिया में गैर-कोडिंग डीएनए का अनुपात जीनोम के आकार के साथ अधिक तेज़ी से बढ़ता है। यह इस तथ्य के अनुरूप है कि अधिकांश यूकेरियोटिक परमाणु डीएनए गैर-जीन कोडिंग है, जबकि अधिकांश प्रोकैरियोटिक, वायरल और ऑर्गेनेल जीन कोडिंग हैं। अभी, हमारे पास 50 अलग-अलग बैक्टीरियल फ़ाइला और 11 अलग-अलग पुरातन फ़ाइला से जीनोम अनुक्रम हैं। दूसरी पीढ़ी के अनुक्रमण से कई ड्राफ्ट जीनोम प्राप्त हुए हैं (जेनबैंक में लगभग 90% जीवाणु जीनोम वर्तमान में पूर्ण नहीं हैं); तीसरी पीढ़ी के अनुक्रमण से अंततः कुछ घंटों में एक पूर्ण जीनोम प्राप्त हो सकता है। जीनोम अनुक्रम बैक्टीरिया में बहुत विविधता प्रकट करते हैं। 2000 से अधिक एस्चेरिचिया कोली जीनोम के विश्लेषण से लगभग 3100 जीन परिवारों के एक ई. कोलाई कोर जीनोम और कुल लगभग 89,000 विभिन्न जीन परिवारों का पता चलता है। जीनोम क्रम से पता चलता है कि परजीवी बैक्टीरिया में 500-1200 जीन होते हैं, मुक्त रहने वाले बैक्टीरिया में 1500-7500 जीन होते हैं, और आर्किया में 1500-2700 जीन होते हैं। कोल एट अल द्वारा एक आश्चर्यजनक खोज। कुष्ठ बेसिलस की तुलना पैतृक जीवाणुओं से करने पर भारी मात्रा में जीन क्षय का वर्णन किया। अध्ययनों से पता चला है कि कई जीवाणुओं के जीनोम आकार उनके पूर्वजों की तुलना में छोटे होते हैं। वर्षों से, शोधकर्ताओं ने जीवाणु जीनोम क्षय की सामान्य प्रवृत्ति और जीवाणु जीनोम के अपेक्षाकृत छोटे आकार की व्याख्या करने के लिए कई सिद्धांत प्रस्तावित किए हैं। सम्मोहक साक्ष्य इंगित करता है कि जीवाणु जीनोम का स्पष्ट क्षरण विलोपन पूर्वाग्रह के कारण होता है।

तरीके और तकनीक
2014 तक, 30,000 से अधिक अनुक्रमित जीवाणु जीनोम सार्वजनिक रूप से उपलब्ध हैं और हजारों मेटागेनोम  परियोजनाएं हैं। जीनोमिक एनसाइक्लोपीडिया ऑफ बैक्टीरिया एंड आर्किया (जीईबीए) जैसी परियोजनाओं में और जीनोम जोड़ने का इरादा है।

एकल जीन तुलना को अब अधिक सामान्य विधियों द्वारा प्रतिस्थापित किया जा रहा है। इन तरीकों के परिणामस्वरूप आनुवंशिक संबंधों पर नए दृष्टिकोण सामने आए हैं जिनका पहले केवल अनुमान लगाया गया था।

बैक्टीरियल जीनोम अनुक्रमण  के दूसरे दशक में एक महत्वपूर्ण उपलब्धि मेटागेनोमिक डेटा का उत्पादन था, जो एक नमूने में मौजूद सभी डीएनए को कवर करता है। पहले, केवल दो मेटागेनोमिक प्रोजेक्ट प्रकाशित हुए थे।

बैक्टीरियल जीनोम
बैक्टीरिया में दो महत्वपूर्ण तरीकों से यूकेरियोट्स से अलग एक कॉम्पैक्ट जीनोम आर्किटेक्चर होता है: बैक्टीरिया जीनोम के आकार और जीनोम में कार्यात्मक जीनों की संख्या के बीच एक मजबूत सहसंबंध दिखाते हैं, और उन जीनों को ऑपेरॉन में संरचित किया जाता है। यूकेरियोटिक जीनोम (विशेष रूप से बहुकोशिकीय यूकेरियोट्स) की तुलना में बैक्टीरियल जीनोम के सापेक्ष घनत्व का मुख्य कारण इंटरजेनिक क्षेत्रों और इंट्रोन्स के रूप में नॉनकोडिंग डीएनए की उपस्थिति है।  कुछ उल्लेखनीय अपवादों में हाल ही में बने रोगजनक बैक्टीरिया शामिल हैं। यह शुरू में कोल एट अल द्वारा एक अध्ययन में वर्णित किया गया था। जिसमें माइकोबैक्टीरियम लेप्री की खोज की गई थी कि उसके मुक्त-जीवित पूर्वजों की तुलना में कार्यात्मक जीनों (~40%) में स्यूडोजीन का काफी अधिक प्रतिशत है।

इसके अलावा, जीवाणुओं की प्रजातियों में, जीवन के अन्य प्रमुख समूहों के जीनोम के आकार की तुलना में जीनोम के आकार में अपेक्षाकृत कम भिन्नता होती है। यूकेरियोटिक प्रजातियों में कार्यात्मक जीनों की संख्या पर विचार करते समय जीनोम का आकार थोड़ा प्रासंगिक होता है। जीवाणुओं में, हालांकि, जीनों की संख्या और जीनोम के आकार के बीच मजबूत सहसंबंध जीवाणु जीनोम के आकार को अनुसंधान और चर्चा के लिए एक दिलचस्प विषय बनाता है। बैक्टीरिया के विकास की सामान्य प्रवृत्तियों से संकेत मिलता है कि बैक्टीरिया की शुरुआत मुक्त-जीवित जीवों के रूप में हुई थी। विकासवादी रास्तों ने कुछ जीवाणुओं को रोगजनक और सीबम बनने के लिए प्रेरित किया। बैक्टीरिया की जीवन शैली उनके संबंधित जीनोम आकार में एक अभिन्न भूमिका निभाती है। मुक्त-जीवित जीवाणुओं में तीन प्रकार के जीवाणुओं में से सबसे बड़ा जीनोम होता है; हालाँकि, उनके पास बैक्टीरिया की तुलना में कम स्यूडोजेन हैं जिन्होंने हाल ही में रोगजनकता हासिल की है।

WIKT: ऐच्छिक और हाल ही में विकसित रोगजनक जीवाणु मुक्त-जीवित जीवाणुओं की तुलना में एक छोटे जीनोम आकार का प्रदर्शन करते हैं, फिर भी उनके पास जीवाणुओं के किसी भी अन्य रूप की तुलना में अधिक स्यूडोजेन होते हैं।

बाध्यकारी जीवाणु सीबम या रोगजनकों में सबसे छोटे जीनोम और तीन समूहों के सबसे कम स्यूडोजेन होते हैं। जीवाणुओं की जीवन-शैलियों और जीनोम के आकार के बीच संबंध जीवाणु जीनोम विकास के तंत्र के रूप में प्रश्न उठाता है। जीवाणुओं के बीच जीनोम के आकार के विकास के पैटर्न की व्याख्या करने के लिए शोधकर्ताओं ने कई सिद्धांत विकसित किए हैं।

जीनोम तुलना और फाइलोजेनी
चूंकि एकल-जीन तुलनाओं ने काफी हद तक जीनोम तुलनाओं को रास्ता दे दिया है, जीवाणु जीनोमों के फाइलोजेनी ने सटीकता में सुधार किया है। औसत न्यूक्लियोटाइड आइडेंटिटी (एएनआई) विधि लगभग 10,000 बीपी के क्षेत्रों का लाभ उठाकर पूरे जीनोम के बीच आनुवंशिक दूरी की मात्रा निर्धारित करती है। एक जीनस के जीनोम से पर्याप्त डेटा के साथ, एल्गोरिदम को प्रजातियों को वर्गीकृत करने के लिए निष्पादित किया जाता है। यह 2013 में स्यूडोमोनास एवेलाना प्रजाति के लिए किया गया है और 2020 से सभी अनुक्रमित बैक्टीरिया और आर्किया के लिए। बैक्टीरियल जीनोम के बारे में जानकारी निकालने के लिए, बैक्टीरिया के कई उपभेदों के लिए कोर- और पैन-जीनोम आकार का मूल्यांकन किया गया है। 2012 में, कोर जीन परिवारों की संख्या लगभग 3000 थी। हालांकि, 2015 तक, उपलब्ध जीनोम में दस गुना से अधिक की वृद्धि के साथ, पैन-जीनोम में भी वृद्धि हुई है। जोड़े गए जीनोम की संख्या और पैन-जीनोम की वृद्धि के बीच मोटे तौर पर एक सकारात्मक संबंध है। दूसरी ओर, कोर जीनोम 2012 से स्थिर बना हुआ है। वर्तमान में, ई. कोलाई पैन-जीनोम लगभग 90,000 जीन परिवारों से बना है। इनमें से लगभग एक-तिहाई केवल एक जीनोम में मौजूद हैं। इनमें से कई, हालांकि, केवल जीन के टुकड़े हैं और कॉलिंग त्रुटियों का परिणाम हैं। फिर भी, ई. कोलाई में संभवतः 60,000 से अधिक अद्वितीय जीन परिवार हैं।

बैक्टीरियल जीनोम इवोल्यूशन के सिद्धांत
बैक्टीरिया बड़ी मात्रा में जीन खो देते हैं क्योंकि वे मुक्त-जीवित या वैकल्पिक रूप से परजीवी जीवन चक्र से स्थायी मेजबान-निर्भर जीवन में संक्रमण करते हैं। बैक्टीरियल जीनोम आकार के पैमाने के निचले सिरे की ओर माइकोप्लाज्मा और संबंधित बैक्टीरिया हैं। प्रारंभिक आणविक फिलेजेनेटिक अध्ययनों से पता चला है कि माइकोप्लास्मास एक विकासवादी व्युत्पन्न अवस्था का प्रतिनिधित्व करता है, जो पूर्व परिकल्पनाओं के विपरीत है। इसके अलावा, अब यह ज्ञात हो गया है कि माइकोप्लाज़्मा अनिवार्य रूप से मेजबान से जुड़े बैक्टीरिया में कई जीनोम संकोचन का एक उदाहरण है। अन्य उदाहरण रिकेटसिआ, बुचनेरा एफिडिकोला और बोरेलिया बर्गडोरफेरी हैं। ऐसी प्रजातियों में छोटे जीनोम का आकार कुछ विशिष्टताओं से जुड़ा होता है, जैसे पॉलीपेप्टाइड अनुक्रमों का तेजी से विकास और जीनोम में कम जीसी सामग्री। असंबंधित जीवाणुओं में इन गुणों के अभिसारी विकास से पता चलता है कि एक मेजबान के साथ एक बाध्यकारी जुड़ाव जीनोम में कमी को बढ़ावा देता है।

यह देखते हुए कि लगभग सभी पूरी तरह से अनुक्रमित बैक्टीरियल जीनोमों में से 80% से अधिक में बरकरार ओआरएफ होते हैं, और जीन की लंबाई ~ 1 केबी प्रति जीन पर लगभग स्थिर होती है, यह अनुमान लगाया जाता है कि छोटे जीनोम में कुछ चयापचय क्षमताएं होती हैं। जबकि मुक्त-जीवित बैक्टीरिया, जैसे कि ई. कोलाई, साल्मोनेला प्रजाति, या बेसिलस प्रजाति, आमतौर पर उनके डीएनए में 1500 से 6000 प्रोटीन एन्कोडेड होते हैं, अनिवार्य रूप से रोगजनक बैक्टीरिया में अक्सर 500 से 1000 ऐसे प्रोटीन होते हैं।

एक उम्मीदवार स्पष्टीकरण यह है कि कम जीनोम उन जीनों को बनाए रखता है जो सेलुलर विकास और डीएनए प्रतिकृति से संबंधित महत्वपूर्ण प्रक्रियाओं के लिए आवश्यक हैं, इसके अलावा उन जीनों के अलावा जो बैक्टीरिया के पारिस्थितिक स्थान में जीवित रहने के लिए आवश्यक हैं। हालाँकि, अनुक्रम डेटा इस परिकल्पना का खंडन करता है। यूबैक्टीरिया के बीच सार्वभौमिक ऑर्थोलॉग के सेट में प्रत्येक जीनोम का केवल 15% शामिल है। इस प्रकार, प्रत्येक वंश ने छोटे आकार के लिए एक अलग विकासवादी मार्ग अपनाया है। क्योंकि सार्वभौमिक सेलुलर प्रक्रियाओं के लिए 80 से अधिक जीनों की आवश्यकता होती है, जीनों में भिन्नता का अर्थ है कि समान कार्यों को गैर-समरूप जीनों के शोषण से प्राप्त किया जा सकता है।

मेजबान पर निर्भर बैक्टीरिया मेजबान के कोशिका द्रव्य  या ऊतक से चयापचय के लिए आवश्यक कई यौगिकों को सुरक्षित करने में सक्षम हैं। बदले में, वे अपने स्वयं के बायोसिंथेटिक रास्ते और संबंधित जीनों को त्याग सकते हैं। यह निष्कासन कई विशिष्ट जीन हानियों की व्याख्या करता है। उदाहरण के लिए, रिकेट्सिया प्रजाति, जो अपने मेजबान से विशिष्ट ऊर्जा सब्सट्रेट पर निर्भर करती है, ने अपने कई मूल ऊर्जा चयापचय जीनों को खो दिया है। इसी तरह, अधिकांश छोटे जीनोमों ने अपने अमीनो एसिड जैवसंश्लेषण जीन खो दिए हैं, क्योंकि ये इसके बजाय मेजबान में पाए जाते हैं। एक अपवाद बुचनरा है, जो एफिड्स का एक बाध्यकारी मातृ संचरित सहजीवन है। यह महत्वपूर्ण अमीनो एसिड के जैवसंश्लेषण के लिए 54 जीनों को बरकरार रखता है, लेकिन अब उन अमीनो एसिड के लिए रास्ते नहीं हैं जो मेजबान संश्लेषित कर सकते हैं। न्यूक्लियोटाइड  जैव संश्लेषण  के रास्ते कई कम जीनोम से चले गए हैं। विशिष्ट अनुकूलन के माध्यम से विकसित होने वाले उपचय मार्ग विशेष जीनोम में बने रहते हैं।

परिकल्पना है कि अप्रयुक्त जीन को अंततः हटा दिया जाता है, यह स्पष्ट नहीं करता है कि हटाए गए जीनों में से कई वास्तव में रोगज़नक़ों को बाध्य करने में सहायक क्यों रहेंगे। उदाहरण के लिए, प्रतिकृति, प्रतिलेखन (आनुवांशिकी), और अनुवाद (आनुवांशिकी) सहित सार्वभौमिक सेलुलर प्रक्रियाओं में शामिल उत्पादों के लिए कई जीन कोडोन समाप्त हो गए हैं। यहां तक ​​कि आनुवंशिक पुनर्संयोजन और मरम्मत का समर्थन करने वाले जीन भी हर छोटे जीनोम से हटा दिए जाते हैं। इसके अलावा, छोटे जीनोम में कम टीआरएनए होते हैं, जो कई अमीनो एसिड के लिए एक का उपयोग करते हैं। तो, एक एकल कोडन जोड़े कई कोडन के साथ, जो संभावित रूप से कम-से-इष्टतम अनुवाद मशीनरी का उत्पादन करता है। यह अज्ञात है कि बाध्य इंट्रासेल्युलर रोगजनकों को कम टीआरएनए और कम डीएनए मरम्मत एंजाइमों को बनाए रखने से लाभ होगा।

विचार करने के लिए एक अन्य कारक जनसंख्या में परिवर्तन है जो एक अनिवार्य रूप से रोगजनक जीवन के विकास के अनुरूप है। जीवन शैली में इस तरह के बदलाव के परिणामस्वरूप वंश के आनुवंशिक आबादी के आकार में कमी आती है, क्योंकि कब्जे के लिए यजमानों की एक सीमित संख्या होती है। इस अनुवांशिक बहाव के परिणामस्वरूप उत्परिवर्तनों का निर्धारण हो सकता है जो अन्यथा फायदेमंद जीन को निष्क्रिय कर देते हैं, या अन्यथा जीन उत्पादों की दक्षता कम कर सकते हैं। इसलिए, न केवल अनुपयोगी जीन नष्ट हो जाएंगे (जैसा कि एक बार बैक्टीरिया मेजबान निर्भरता में बसने के बाद म्यूटेशन उन्हें बाधित कर देता है), लेकिन यदि अनुवांशिक बहाव अप्रभावी शुद्धिकरण चयन को लागू करता है तो लाभकारी जीन भी खो सकते हैं।

स्वतंत्र सेलुलर विकास और प्रतिकृति के लिए सार्वभौमिक रूप से बनाए गए जीनों की संख्या छोटी और अपर्याप्त है, ताकि छोटी जीनोम प्रजातियों को अलग-अलग जीनों के माध्यम से इस तरह की उपलब्धि हासिल करनी पड़े। यह आंशिक रूप से गैर-ऑर्थोलॉगस जीन विस्थापन के माध्यम से किया जाता है। अर्थात्, एक जीन की भूमिका को दूसरे जीन द्वारा प्रतिस्थापित किया जाता है जो समान कार्य करता है। पैतृक, बड़े जीनोम के भीतर अतिरेक समाप्त हो जाता है। वंशज छोटी जीनोम सामग्री क्रोमोसोमल विलोपन की सामग्री पर निर्भर करती है जो जीनोम में कमी के शुरुआती चरणों में होती है।

एम. जननांग के बहुत छोटे जीनोम में डिस्पेंसेबल जीन होते हैं। एक अध्ययन में जिसमें इस जीव के एकल जीन को ट्रांसपोज़न-मध्यस्थ उत्परिवर्तन का उपयोग करके निष्क्रिय किया गया था, इसके 484 ओआरजी में से कम से कम 129 को विकास के लिए आवश्यक नहीं था। एम. जननांग की तुलना में बहुत छोटा जीनोम इसलिए संभव है।

दोहरीकरण समय
एक सिद्धांत भविष्यवाणी करता है कि तेजी से प्रतिकृति सुनिश्चित करने के लिए जीनोम के आकार पर एक चयनात्मक दबाव के कारण जीवाणुओं के छोटे जीनोम होते हैं। सिद्धांत तार्किक आधार पर आधारित है कि छोटे जीवाणु जीनोम को दोहराने में कम समय लगेगा। इसके बाद, बेहतर फिटनेस के कारण छोटे जीनोम को प्राथमिकता से चुना जाएगा। मीरा एट अल द्वारा किया गया एक अध्ययन। जीनोम आकार और दोहरीकरण समय के बीच कोई संबंध नहीं होने का संकेत दिया। डेटा इंगित करता है कि जीवाणु जीनोम के छोटे आकार के लिए चयन एक उपयुक्त स्पष्टीकरण नहीं है। फिर भी, कई शोधकर्ता मानते हैं कि छोटे जीनोम आकार को बनाए रखने के लिए बैक्टीरिया पर कुछ चयनात्मक दबाव होता है।

विलोपन पूर्वाग्रह
चयन (जीव विज्ञान) विकास में शामिल एक प्रक्रिया है। दो अन्य प्रमुख प्रक्रियाएं (म्यूटेशन और जेनेटिक बहाव) विभिन्न प्रकार के जीवाणुओं के जीनोम आकार के लिए जिम्मेदार हो सकती हैं। मीरा एट अल द्वारा किया गया एक अध्ययन। बैक्टीरियल स्यूडोजेन में सम्मिलन और विलोपन के आकार की जांच की। परिणामों ने संकेत दिया कि उत्परिवर्तन विलोपन जीन स्थानांतरण या जीन दोहराव के अभाव में बैक्टीरिया में सम्मिलन से बड़ा होता है। क्षैतिज या पार्श्व जीन स्थानांतरण और जीन दोहराव के कारण सम्मिलन में बड़ी मात्रा में आनुवंशिक सामग्री का स्थानांतरण शामिल होता है। इन प्रक्रियाओं की कमी को मानते हुए, चयनात्मक बाधा के अभाव में जीनोम आकार में कम हो जाएगा। एक विलोपन पूर्वाग्रह के साक्ष्य मुक्त-जीवित बैक्टीरिया, वैकल्पिक परजीवी और हाल ही में व्युत्पन्न परजीवी और परजीवी और सहजीवन के संबंधित जीनोम आकार में मौजूद हैं।

मुक्त-जीवित बैक्टीरिया में बड़े जनसंख्या-आकार होते हैं और जीन स्थानांतरण के लिए अधिक अवसर के अधीन होते हैं। इस प्रकार, चयन हानिकारक अनुक्रमों को हटाने के लिए मुक्त-जीवित जीवाणुओं पर प्रभावी ढंग से काम कर सकता है जिसके परिणामस्वरूप अपेक्षाकृत कम संख्या में स्यूडोजेन होते हैं। लगातार, आगे चयनात्मक दबाव स्पष्ट है क्योंकि मुक्त रहने वाले जीवाणुओं को एक मेजबान से स्वतंत्र सभी जीन-उत्पादों का उत्पादन करना चाहिए। यह देखते हुए कि जीन स्थानांतरण के पर्याप्त अवसर हैं और थोड़े से हानिकारक विलोपन के खिलाफ चयनात्मक दबाव हैं, यह सहज है कि मुक्त रहने वाले जीवाणुओं में सभी प्रकार के जीवाणुओं का सबसे बड़ा जीवाणु जीनोम होना चाहिए।

हाल ही में बने परजीवी गंभीर अड़चनों से गुजरते हैं और जीन उत्पाद प्रदान करने के लिए मेजबान वातावरण पर भरोसा कर सकते हैं। जैसे, हाल ही में बने और ऐच्छिक परजीवियों में, विलोपन के खिलाफ चयनात्मक दबाव की कमी के कारण स्यूडोजेन और ट्रांसपोजेबल तत्वों का संचय होता है। जनसंख्या की अड़चनें जीन स्थानांतरण को कम करती हैं और इस तरह, विलोपन पूर्वाग्रह परजीवी बैक्टीरिया में जीनोम के आकार में कमी सुनिश्चित करता है।

विलोपन पूर्वाग्रह के लंबे समय तक प्रभाव के कारण अप्रचलित परजीवी और सहजीवन में सबसे छोटे जीनोम आकार होते हैं। परजीवी जो विशिष्ट निचे पर कब्जा करने के लिए विकसित हुए हैं, वे बहुत अधिक चयनात्मक दबाव के संपर्क में नहीं आते हैं। जैसे, विशिष्ट-विशिष्ट बैक्टीरिया के विकास में आनुवंशिक बहाव हावी है। विलोपन पूर्वाग्रह के लिए विस्तारित एक्सपोजर सबसे अनावश्यक अनुक्रमों को हटाने को सुनिश्चित करता है। सहजीवन बहुत कम संख्या में होते हैं और किसी भी जीवाणु प्रकार की सबसे गंभीर बाधाओं से गुजरते हैं। एंडोसिम्बायोटिक बैक्टीरिया के लिए जीन स्थानांतरण का लगभग कोई अवसर नहीं है, और इस प्रकार जीनोम संघनन अत्यधिक हो सकता है। अब तक अनुक्रमित किए जाने वाले सबसे छोटे जीवाणु जीनोमों में से एक endosymbiont कार्सोनेला रुडी  है। 160 केबीपी पर, कार्सोनेला का जीनोम आज तक जांचे गए जीनोम के सबसे सुव्यवस्थित उदाहरणों में से एक है।

जीनोमिक कमी
आणविक फाईलोजेनेटिक्स ने खुलासा किया है कि 2 एमबी से कम जीनोम के आकार वाले जीवाणुओं का प्रत्येक क्लैड पूर्वजों से बहुत बड़े जीनोम के साथ प्राप्त किया गया था, इस प्रकार इस परिकल्पना का खंडन किया गया है कि बैक्टीरिया छोटे-जीनोम वाले पूर्वजों के क्रमिक दोहरीकरण से विकसित हुए हैं। निल्सन एट अल द्वारा किए गए हाल के अध्ययन। बाध्य जीवाणुओं के जीवाणु जीनोम में कमी की दरों की जांच की। बैक्टीरिया को जीन स्थानांतरण को कम करने के लिए क्रमिक मार्ग में लगातार बाधाओं और बढ़ती कोशिकाओं को पेश करने के लिए सुसंस्कृत किया गया था ताकि एंडोसिम्बायोटिक बैक्टीरिया की स्थितियों की नकल की जा सके। डेटा ने भविष्यवाणी की कि एक दिन की पीढ़ी का समय प्रदर्शित करने वाले बैक्टीरिया 50,000 वर्षों (अपेक्षाकृत कम विकासवादी समय अवधि) में 1,000 केबीपी तक खो देते हैं। इसके अलावा, मिथाइल-निर्देशित डीएनए बेमेल मरम्मत (एमएमआर) प्रणाली के लिए आवश्यक जीन को हटाने के बाद, यह दिखाया गया था कि जीवाणु जीनोम आकार में कमी की दर में 50 गुना तक की वृद्धि हुई है। इन परिणामों से संकेत मिलता है कि जीनोम के आकार में कमी अपेक्षाकृत तेजी से हो सकती है, और कुछ जीनों की हानि जीवाणु जीनोम संघनन की प्रक्रिया को तेज कर सकती है।

इसका मतलब यह नहीं है कि सभी जीवाणु जीनोम आकार और जटिलता में कमी कर रहे हैं। जबकि कई प्रकार के बैक्टीरिया पैतृक अवस्था से जीनोम के आकार में कम हो गए हैं, फिर भी बड़ी संख्या में बैक्टीरिया हैं जो पैतृक राज्यों में जीनोम के आकार को बनाए रखते हैं या बढ़ाते हैं। मुक्त-जीवित बैक्टीरिया विशाल जनसंख्या आकार, तेजी से पीढ़ी के समय और जीन स्थानांतरण के लिए अपेक्षाकृत उच्च क्षमता का अनुभव करते हैं। जबकि विलोपन पूर्वाग्रह अनावश्यक अनुक्रमों को हटाने के लिए जाता है, चयन मुक्त-जीवित जीवाणुओं के बीच महत्वपूर्ण रूप से कार्य कर सकता है जिसके परिणामस्वरूप नए जीन और प्रक्रियाओं का विकास होता है।

क्षैतिज जीन स्थानांतरण
यूकेरियोट्स के विपरीत, जो मुख्य रूप से मौजूदा आनुवंशिक जानकारी के संशोधन के माध्यम से विकसित होते हैं, बैक्टीरिया ने क्षैतिज जीन स्थानांतरण द्वारा अपनी आनुवंशिक विविधता का एक बड़ा प्रतिशत हासिल कर लिया है। यह काफी गतिशील जीनोम बनाता है, जिसमें डीएनए को क्रोमोसोम में डाला और हटाया जा सकता है। बैक्टीरिया में उनके चयापचय गुणों, सेलुलर संरचनाओं और जीवन शैली में अधिक भिन्नता होती है, जिसे केवल बिंदु उत्परिवर्तन के कारण ही माना जा सकता है। उदाहरण के लिए, साल्मोनेला एंटरिका से ई. कोलाई को अलग करने वाले किसी भी फेनोटाइपिक लक्षण को बिंदु उत्परिवर्तन के लिए जिम्मेदार नहीं ठहराया जा सकता है। इसके विपरीत, सबूत बताते हैं कि क्षैतिज जीन स्थानांतरण ने कई जीवाणुओं के विविधीकरण और जाति उद्भवन को बढ़ावा दिया है।

डीएनए अनुक्रम सूचना के माध्यम से क्षैतिज जीन स्थानांतरण का अक्सर पता लगाया जाता है। इस तंत्र द्वारा प्राप्त डीएनए खंड अक्सर संबंधित प्रजातियों के बीच एक संकीर्ण फ़ाइलोजेनेटिक वितरण प्रकट करते हैं। इसके अलावा, ये क्षेत्र कभी-कभी कर से जीनों के लिए एक अप्रत्याशित स्तर की समानता प्रदर्शित करते हैं जिन्हें काफी भिन्न माना जाता है।

यद्यपि जीन की तुलना और फाईलोजेनेटिक अध्ययन क्षैतिज जीन स्थानांतरण की जांच करने में सहायक होते हैं, जीन के डीएनए अनुक्रम एक जीनोम के भीतर उनके मूल और वंश के और भी रहस्योद्घाटन करते हैं। समग्र जीसी सामग्री में जीवाणु प्रजातियां व्यापक रूप से भिन्न होती हैं, हालांकि किसी एक प्रजाति के जीनोम में जीन आधार संरचना, कोडन उपयोग के पैटर्न और डाय- और ट्राइन्यूक्लियोटाइड्स की आवृत्तियों के संबंध में लगभग समान हैं। नतीजतन, पार्श्व हस्तांतरण के माध्यम से प्राप्त किए गए अनुक्रमों को उनकी विशेषताओं के माध्यम से पहचाना जा सकता है, जो कि दाता के बने हुए हैं। उदाहरण के लिए, कई एस एंटरिका जीन जो ई. कोलाई में मौजूद नहीं हैं, उनकी आधार रचनाएं हैं जो पूरे गुणसूत्र की कुल 52% जीसी सामग्री से भिन्न हैं। इस प्रजाति के भीतर, कुछ वंशों में डीएनए के एक मेगाबेस से अधिक है जो अन्य वंशों में मौजूद नहीं है। इन वंशावली-विशिष्ट अनुक्रमों की आधार रचनाओं का अर्थ है कि इनमें से कम से कम आधे अनुक्रमों को पार्श्व हस्तांतरण के माध्यम से कैप्चर किया गया था। इसके अलावा, क्षैतिज रूप से प्राप्त जीनों से सटे क्षेत्रों में अक्सर ट्रांसलोकेबल तत्वों के अवशेष होते हैं, प्लाज्मिड के मूल स्थानान्तरण होते हैं, या फेज इंटिग्रेस के ज्ञात लगाव स्थल होते हैं।

कुछ प्रजातियों में, बाद में स्थानांतरित जीनों का एक बड़ा हिस्सा प्लास्मिड-, फेज- या ट्रांसपोसॉन-संबंधित अनुक्रमों से उत्पन्न होता है।

यद्यपि अनुक्रम-आधारित विधियाँ बैक्टीरिया में क्षैतिज जीन स्थानांतरण की व्यापकता को प्रकट करती हैं, परिणाम इस तंत्र की भयावहता को कम करके आंकते हैं, क्योंकि दाताओं से प्राप्त अनुक्रम जिनकी अनुक्रम विशेषताएँ प्राप्तकर्ता के समान हैं, पता लगाने से बचेंगे।

पूरी तरह से अनुक्रमित जीनोम की तुलना इस बात की पुष्टि करती है कि जीवाणु गुणसूत्र पैतृक और बाद में प्राप्त अनुक्रमों के मिश्रण हैं। हाइपरथर्मोफिलिक यूबैक्टीरिया एक्विफेक्स एओलिकस और थर्मोटोगा मैरिटिमा में से प्रत्येक में कई जीन हैं जो प्रोटीन अनुक्रम में थर्मोफिलिक आर्किया में होमोलॉग्स के समान हैं। थर्मोटोगा के 1,877 ओआरएफ में से 24% और एक्विफेक्स के 1,512 ओआरएफ में से 16% एक आर्कियल प्रोटीन से उच्च मेल दिखाते हैं, जबकि ई. कोलाई और बी. सबटिलिस जैसे मेसोफाइल में जीन का अनुपात बहुत कम होता है जो आर्कियल होमोलॉग की तरह होते हैं।

पार्श्व स्थानांतरण के तंत्र
क्षैतिज जीन स्थानांतरण के कारण नई क्षमताओं की उत्पत्ति की तीन आवश्यकताएं हैं। सबसे पहले, प्राप्तकर्ता सेल द्वारा दाता डीएनए को स्वीकार करने के लिए एक संभावित मार्ग मौजूद होना चाहिए। इसके अतिरिक्त, प्राप्त अनुक्रम को शेष जीनोम के साथ एकीकृत किया जाना चाहिए। अंत में, इन एकीकृत जीनों को प्राप्तकर्ता जीवाणु जीव को लाभ पहुंचाना चाहिए। पहले दो चरणों को तीन तंत्रों के माध्यम से प्राप्त किया जा सकता है: परिवर्तन, पारगमन और संयुग्मन।

परिवर्तन में पर्यावरण से नामित डीएनए का उत्थान शामिल है। परिवर्तन के माध्यम से, डीएनए को दूर से संबंधित जीवों के बीच संचरित किया जा सकता है। कुछ जीवाणु प्रजातियां, जैसे हेमोफिलस इन्फ्लुएंजा और नेइसेरिया गोनोरहोई, डीएनए को स्वीकार करने के लिए लगातार सक्षम हैं। बेसिलस सुबटिलिस  और  स्ट्रैपटोकोकस निमोनिया  जैसी अन्य प्रजातियां सक्षम हो जाती हैं, जब वे अपने जीवनचक्र में एक विशेष चरण में प्रवेश करती हैं। एन. गोनोरिया और एच. इन्फ्लुएंजा में रूपांतरण केवल तभी प्रभावी होता है जब प्राप्तकर्ता जीनोम (5'-GCCGTCTGAA-3' और 5'-AAGTGCGGT-3'. क्रमशः) में विशिष्ट मान्यता अनुक्रम पाए जाते हैं। हालांकि कुछ अपटेक सीक्वेंस के अस्तित्व से संबंधित प्रजातियों के बीच परिवर्तन क्षमता में सुधार होता है, कई स्वाभाविक रूप से सक्षम बैक्टीरिया प्रजातियां, जैसे कि बी। सबटिलिस और एस। निमोनिया, अनुक्रम वरीयता प्रदर्शित नहीं करते हैं।

एक बैक्टीरियोफेज द्वारा नए जीन को बैक्टीरिया में पेश किया जा सकता है जो सामान्यीकृत ट्रांसडक्शन या विशेष ट्रांसडक्शन के माध्यम से एक दाता के भीतर दोहराया गया है। एक घटना में प्रेषित किए जा सकने वाले डीएनए की मात्रा फेज कैप्सिड के आकार से विवश है (हालांकि ऊपरी सीमा लगभग 100 किलोबेस है)। जबकि फेज पर्यावरण में असंख्य हैं, सूक्ष्मजीवों की श्रेणी जिसे ट्रांसड्यूस किया जा सकता है, बैक्टीरियोफेज द्वारा रिसेप्टर मान्यता पर निर्भर करता है। ट्रांसडक्शन के लिए दाता और प्राप्तकर्ता दोनों कोशिकाओं को समय या स्थान में एक साथ उपस्थित होने की आवश्यकता नहीं होती है। फेज-एन्कोडेड प्रोटीन दोनों प्राप्तकर्ता साइटोप्लाज्म में डीएनए के हस्तांतरण में मध्यस्थता करते हैं और क्रोमोसोम में डीएनए के एकीकरण में सहायता करते हैं।

संयुग्मन में दाता और प्राप्तकर्ता कोशिकाओं के बीच शारीरिक संपर्क शामिल होता है और डोमेन के बीच जीन के हस्तांतरण में मध्यस्थता करने में सक्षम होता है, जैसे बैक्टीरिया और खमीर के बीच। डीएनए को दाता से प्राप्तकर्ता तक या तो स्व-संचारणीय या गतिशील प्लास्मिड द्वारा प्रेषित किया जाता है। संयुग्मन क्रोमोसोम में एकीकृत प्लास्मिड द्वारा क्रोमोसोमल अनुक्रमों के हस्तांतरण में मध्यस्थता कर सकता है।

बैक्टीरिया के बीच जीन स्थानांतरण में मध्यस्थता करने वाले तंत्रों की भीड़ के बावजूद, प्रक्रिया की सफलता की गारंटी नहीं है जब तक कि प्राप्तकर्ता में प्राप्त अनुक्रम को स्थिर रूप से बनाए नहीं रखा जाता है। कई प्रक्रियाओं में से एक के माध्यम से डीएनए एकीकरण को बनाए रखा जा सकता है। एक एपिसोड के रूप में दृढ़ता है, दूसरा सजातीय पुनर्संयोजन है, और फिर भी दूसरा लकी डबल-स्ट्रैंड ब्रेक रिपेयर के माध्यम से नाजायज निगमन है।

पार्श्व जीन स्थानांतरण के माध्यम से पेश किए गए लक्षण
रोगाणुरोधी प्रतिरोध जीन एक जीव को अपने पारिस्थितिक स्थान को विकसित करने की क्षमता प्रदान करते हैं, क्योंकि यह अब पहले के घातक यौगिकों की उपस्थिति में जीवित रह सकता है। ऐसे जीनों को प्राप्त करने से अर्जित बैक्टीरिया के लाभ के रूप में समय- और स्थान-स्वतंत्र होते हैं, जो अनुक्रम अत्यधिक मोबाइल होते हैं उन्हें चुना जाता है। टैक्सा के बीच प्लास्मिड काफी गतिमान होते हैं और सबसे लगातार तरीका है जिसके द्वारा बैक्टीरिया एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन प्राप्त करते हैं।

एक रोगजनक जीवन शैली को अपनाने से अक्सर एक जीव के पारिस्थितिक स्थान में एक मौलिक बदलाव होता है। रोगजनक जीवों के अनियमित फाइलोजेनेटिक वितरण का अर्थ है कि जीवाणु विषाणु उपस्थिति, या जीन की प्राप्ति का एक परिणाम है, जो अविरल रूपों में गायब हैं। इसके प्रमाण में रोगजनक शिगेला और यर्सिनिया में बड़े 'विषाक्तता' प्लास्मिड की खोज के साथ-साथ अन्य प्रजातियों के जीनों के प्रायोगिक जोखिम के माध्यम से ई. कोलाई पर रोगजनक गुण प्रदान करने की क्षमता शामिल है।

कम्प्यूटर निर्मित रूप
अप्रैल 2019 में, ETH ज्यूरिख के वैज्ञानिकों ने दुनिया के पहले जीवाणु जीनोम के निर्माण की सूचना दी, जिसका नाम Caulobacter crescentus|Caulobacter ethensis-2.0 है, जो पूरी तरह से एक कंप्यूटर द्वारा बनाया गया है, हालांकि C. एथेंसिस-2.0 का एक संबंधित व्यवहार्य रूप अभी तक मौजूद नहीं है।

यह भी देखें

 * तुलनात्मक जीनोमिक्स
 * कवक जीनोम