वंशावली नेटवर्क

एक फाइलोजेनेटिक नेटवर्क कोई भी ग्राफ (असतत गणित) है जिसका उपयोग विकासवादी संबंधों (या तो अमूर्त वस्तु या स्पष्ट रूप से) की कल्पना करने के लिए किया जाता है। न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों, जीनों, गुणसूत्रों, जीनोमों या प्रजातियों के बीच। वे नियोजित होते हैं जब हाइब्रिड (जीव विज्ञान), क्षैतिज जीन स्थानांतरण, आनुवंशिक पुनर्संयोजन, या जीन दोहराव और हानि जैसे रेटिक्यूलेशन घटनाओं को शामिल माना जाता है। वे केवल ट्री नोड्स (नोड्स का एक पदानुक्रम, प्रत्येक केवल एक माता-पिता के साथ) के बजाय हाइब्रिड नोड्स (दो माता-पिता के साथ नोड्स) के अतिरिक्त के माध्यम से समृद्ध रूप से जुड़े नेटवर्क के स्पष्ट मॉडलिंग द्वारा फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों से भिन्न होते हैं। फाइलोजेनेटिक पेड़ [[वंशावली वृक्ष]] का एक सबसेट हैं। Phylogenetic नेटवर्क का अनुमान लगाया जा सकता है और स्प्लिट्सट्री जैसे सॉफ़्टवेयर के साथ कल्पना की जा सकती है, रेफरी नाम = स्प्लिट्सट्री>{{cite journal | vauthors = Huson DH, Bryant D | title = विकासवादी अध्ययनों में वंशावली नेटवर्क का अनुप्रयोग| journal = Molecular Biology and Evolution | volume = 23 | issue = 2 | pages = 254–67 | date = February 2006 | pmid = 16221896 | doi = 10.1093/molbev/msj030 | doi-access = free } आर-पैकेज, फैंगॉर्न, रेफ नाम = स्लीपपोट्स2017> और, हाल ही में, डेंड्रोस्कोप। फाइलोजेनेटिक नेटवर्क का प्रतिनिधित्व करने के लिए एक मानक प्रारूप न्यूइक प्रारूप का एक प्रकार है जो समर्थन नेटवर्क के साथ-साथ पेड़ों के लिए भी विस्तारित है।

फाइलोजेनेटिक नेटवर्क के कई प्रकार और उपवर्गों को उन जैविक घटनाओं के आधार पर परिभाषित किया गया है जो वे प्रतिनिधित्व करते हैं या वे किस डेटा से बने हैं (संकरण नेटवर्क, आमतौर पर जड़ वाले पेड़ों से निर्मित, पैतृक पुनर्संयोजन ग्राफ (एआरजी) बाइनरी अनुक्रमों से, माध्यिका ग्राफ के एक सेट से स्प्लिट (फाइलोजेनेटिक्स), एक दूरी मैट्रिक्स से इष्टतम अहसास और रेटिकुलोग्राम), या कम्प्यूटेशनल रूप से ट्रैक्टेबल समस्याओं (गैल्ड ट्री, और उनके सामान्यीकरण लेवल-के फाइलोजेनेटिक नेटवर्क, ट्री-चाइल्ड या ट्री-सिबलिंग फाइलोजेनेटिक नेटवर्क) प्राप्त करने के लिए प्रतिबंध।

सूक्ष्म विकास
फाइलोजेनेटिक पेड़ों को सूक्ष्मविकासवादी घटनाओं को चित्रित करने में भी परेशानी होती है, उदाहरण के लिए नदी नेटवर्क के बीच कस्तूरी या मछली की आबादी का भौगोलिक वितरण, क्योंकि आबादी के बीच जीन प्रवाह को रोकने के लिए कोई प्रजाति सीमा नहीं है। इसलिए, एक अधिक सामान्य फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क इन स्थितियों को बेहतर ढंग से दर्शाता है।

रूटेड बनाम अनरूटेड

 * अनियंत्रित फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क
 * मान लीजिए कि X वर्गक का समुच्चय है। एक्स पर एक अनियंत्रित फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क एन कोई भी अप्रत्यक्ष ग्राफ है जिसकी पत्तियों को एक्स में टैक्सोन द्वारा विशिष्ट रूप से लेबल किया गया है।

विभाजित नेटवर्क और अर्ध-माध्यिका नेटवर्क जैसे कई अलग-अलग प्रकार के अनरोटेड फ़िलेजेनेटिक नेटवर्क उपयोग में हैं। ज्यादातर मामलों में, इस तरह के नेटवर्क विकासवादी इतिहास के बारे में जानकारी दिए बिना केवल टैक्सा के बीच संबंधों को दर्शाते हैं। हालांकि कुछ विधियाँ अनियंत्रित नेटवर्क का उत्पादन करती हैं, जिन्हें रूट किए गए नेटवर्क के अप्रत्यक्ष संस्करणों के रूप में व्याख्या किया जा सकता है, जो एक फाइलोजेनी का प्रतिनिधित्व करते हैं।

रूटेड फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क
 * मान लीजिए कि X वर्गकों का समुच्चय है। X पर रूटेड फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क N एक रूटेड निर्देशित अचक्रीय ग्राफ  है जहां पत्तियों के सेट को एक्स में टैक्सा द्वारा विशेष रूप से लेबल किया जाता है।

रूटेड फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क, रूटेड फ़ाइलोजेनेटिक ट्री की तरह, विकासवादी इतिहास का स्पष्ट प्रतिनिधित्व देते हैं। इसका मतलब यह है कि वे उस क्रम की कल्पना करते हैं जिसमें प्रजातियाँ अलग-अलग (जातिकृत), अभिसरण (संकरित), और स्थानांतरित आनुवंशिक सामग्री (क्षैतिज जीन स्थानांतरण) करती हैं।

नेटवर्क की कक्षाएं
कम्प्यूटेशनल उद्देश्यों के लिए, अध्ययन अक्सर नेटवर्क के वर्गों पर अपना ध्यान केंद्रित करते हैं: कुछ गुणों वाले सभी नेटवर्क के सबसेट। हालांकि कम्प्यूटेशनल सरलता मुख्य लक्ष्य है, इनमें से अधिकांश वर्गों का जैविक औचित्य भी है। गणितीय फाइलोजेनेटिक्स साहित्य में वर्तमान में उपयोग किए जाने वाले कुछ प्रमुख वर्ग ट्री-चाइल्ड नेटवर्क हैं, वृक्ष आधारित नेटवर्क, और लेवल-के नेटवर्क

फाइलोजेनेटिक नेटवर्क की गणना करने के लिए सॉफ्टवेयर

 * PhyloNet, एक जावा-आधारित सॉफ्टवेयर पैकेज जो आईएलएस, एचजीटी आदि को ध्यान में रखते हुए फाइलोजेनेटिक नेटवर्क बनाता है।
 * PhyloNetworks, एक जूलिया हेरफेर, विज़ुअलाइज़ेशन, फ़ाइलोजेनेटिक नेटवर्क के अनुमान और विशेषता विकास के लिए उनके उपयोग के लिए पैकेज.
 * Network, फ्री फाइलोजेनेटिक नेटवर्क सॉफ्टवेयर। नेटवर्क आनुवंशिक, भाषाई और अन्य डेटा से विकासवादी पेड़ और नेटवर्क उत्पन्न करता है।
 * फाइलोजेनी प्रोग्राम, जिनमें से कुछ फाइलोजेनेटिक नेटवर्क की गणना करते हैं
 * वंशावली नेटवर्क पुनर्निर्माण, मूल्यांकन, विज़ुअलाइज़ेशन के लिए कार्यक्रमों की सूची, वगैरह।
 * स्प्लिट्स ट्री
 * डेंड्रोस्कोप
 * नेटवर्क T-REX सर्वर का हवाला देते हुए
 * TCS, सांख्यिकीय पारसीमोनी का उपयोग करते हुए डीएनए अनुक्रमों या न्यूक्लियोटाइड दूरियों से फाइलोजेनेटिक नेटवर्क।
 * NetTest, वंशावली नेटवर्क की विशेषता।
 * phangorn: वंशावली पुनर्निर्माण और विश्लेषण
 * SimPlot++ अनुक्रम समानता नेटवर्क विश्लेषण।