एक्सॉन शफ़लिंग

एक्सॉन शफ़लिंग नए जीन के निर्माण के लिए एक आणविक तंत्र है। यह एक ऐसी प्रक्रिया है जिसके माध्यम से विभिन्न जीनों से दो या दो से अधिक एक्सॉन को एक साथ एक्टोपिक पुनर्संयोजन, या एक ही एक्सॉन दोहराव, एक नई एक्सॉन-इंट्रॉन संरचना बनाने के लिए लाया जा सकता है। ऐसे विभिन्न तंत्र हैं जिनके माध्यम से एक्सॉन शफलिंग होती है: transposon मध्यस्थता एक्सॉन शफलिंग, माता-पिता के जीनोम के यौन पुनर्संयोजन के दौरान क्रोमोसोमल क्रॉसओवर और अवैध पुनर्संयोजन।

एक्सॉन शफ़लिंग कुछ स्प्लिस फ़्रेम नियमों का पालन करता है। इंट्रोन्स दो लगातार कोडन (चरण 0 इंट्रॉन) के बीच, एक कोडन के पहले और दूसरे न्यूक्लियोटाइड (चरण 1 इंट्रॉन) के बीच, या एक कोडन के दूसरे और तीसरे न्यूक्लियोटाइड (चरण 2 इंट्रॉन) के बीच एक अनुक्रम डालकर जीन के रीडिंग फ्रेम को बाधित कर सकते हैं। इसके अतिरिक्त एक्सॉन को फ्लैंकिंग इंट्रॉन के चरण के आधार पर नौ अलग-अलग समूहों में वर्गीकृत किया जा सकता है (सममित: 0-0, 1-1, 2-2 और असममित: 0-1, 0-2, 1-0, 1-2, आदि) सममित एक्सॉन एकमात्र ऐसे हैं जिन्हें इंट्रॉन में डाला जा सकता है, दोहराव से गुजरना पड़ सकता है, या रीडिंग फ्रेम को बदले बिना हटाया जा सकता है।

इतिहास
एक्सॉन शफ़लिंग पहली बार 1978 में शुरू की गई थी जब वाल्टर गिल्बर्ट ने पाया कि इंट्रॉन का अस्तित्व प्रोटीन के विकास में एक प्रमुख भूमिका निभा सकता है। यह नोट किया गया था कि इंट्रोन्स के भीतर पुनर्संयोजन एक्सॉन को स्वतंत्र रूप से मिश्रित करने में मदद कर सकता है और इंट्रोन्स के बीच में दोहराए जाने वाले खंड एक्सोनिक अनुक्रमों में फेरबदल करने के लिए पुनर्संयोजन के लिए हॉटस्पॉट बना सकते हैं। हालाँकि, यूकैर्योसाइटों  में इन इंट्रोन्स की उपस्थिति और प्रोकैर्योसाइटों में अनुपस्थिति ने उस समय के बारे में बहस पैदा कर दी जिसमें ये इंट्रोन्स प्रकट हुए थे। दो सिद्धांत उभरे: इंट्रोन्स प्रारंभिक सिद्धांत और इंट्रोन्स देर सिद्धांत। इंट्रोन्स प्रारंभिक सिद्धांत के समर्थकों का मानना ​​था कि इंट्रोन्स और आरएनए स्प्लिसिंग आरएनए दुनिया के अवशेष थे और इसलिए शुरुआत में प्रोकैरियोट्स और यूकेरियोट्स दोनों में इंट्रोन्स थे। हालाँकि, प्रोकैरियोट्स ने उच्च दक्षता प्राप्त करने के लिए अपने इंट्रोन्स को समाप्त कर दिया, जबकि यूकेरियोट्स ने इंट्रोन्स और पूर्वजों की आनुवंशिक प्लास्टिसिटी को बरकरार रखा। दूसरी ओर, इंट्रोन्स लेट थ्योरी के समर्थकों का मानना ​​है कि प्रोकैरियोटिक जीन पैतृक जीन से मिलते जुलते हैं और यूकेरियोट्स के जीन में इंट्रोन्स को बाद में डाला गया था। अब जो स्पष्ट है वह यह है कि यूकेरियोटिक एक्सॉन-इंट्रॉन संरचना स्थिर नहीं है, इंट्रॉन को लगातार जीन से डाला और हटाया जाता है और इंट्रॉन का विकास एक्सॉन शफलिंग के समानांतर विकसित होता है।

प्रोटीन विकास में एक प्रमुख भूमिका निभाने के लिए एक्सॉन शफलिंग के लिए स्प्लिसोसोमल इंट्रोन्स की उपस्थिति होनी थी। यह इस तथ्य के कारण था कि आरएनए दुनिया के सेल्फ-स्प्लिसिंग इंट्रॉन, इंट्रोनिक पुनर्संयोजन द्वारा एक्सॉन-शफलिंग के लिए अनुपयुक्त थे। इन इंट्रोन्स का एक आवश्यक कार्य था और इसलिए इन्हें पुनः संयोजित नहीं किया जा सका। इसके अतिरिक्त इस बात के भी पुख्ता सबूत हैं कि स्प्लिसोसोमल इंट्रोन्स हाल ही में विकसित हुए हैं और उनके विकासवादी वितरण में प्रतिबंधित हैं। इसलिए, युवा प्रोटीन के निर्माण में एक्सॉन शफ़लिंग एक प्रमुख भूमिका बन गई।

इसके अलावा, उस समय को अधिक सटीक रूप से परिभाषित करने के लिए जब यूकेरियोट्स में एक्सॉन फेरबदल महत्वपूर्ण हो गया था, इस तंत्र के माध्यम से विकसित होने वाले मॉड्यूलर प्रोटीन के विकासवादी वितरण की जांच विभिन्न जीवों जैसे इशरीकिया कोली, Saccharomyces cerevisiae और अरबीडोफिसिस थालीआना में की गई थी। इन अध्ययनों से पता चला कि जीनोम कॉम्पैक्टनेस और क्रोनिक और दोहराव वाले अनुक्रमों के अनुपात के बीच एक विपरीत संबंध था, और मेटाज़ोन विकिरण के बाद एक्सॉन फेरबदल महत्वपूर्ण हो गया।

माता-पिता के जीनोम के यौन पुनर्संयोजन के दौरान क्रॉसओवर
यूकेरियोट्स का विकास माता-पिता के जीनोम के यौन पुनर्संयोजन द्वारा मध्यस्थ होता है और चूंकि इंट्रॉन एक्सॉन की तुलना में लंबे होते हैं, इसलिए अधिकांश क्रॉसओवर गैर-कोडिंग क्षेत्रों में होते हैं। इन इंट्रोन्स में बड़ी संख्या में ट्रांसपोज़ेबल तत्व और बार-बार अनुक्रम होते हैं जो गैर-समरूप जीन के पुनर्संयोजन को बढ़ावा देते हैं। इसके अलावा यह भी दिखाया गया है कि मोज़ेक प्रोटीन मोबाइल डोमेन से बने होते हैं जो विकास के दौरान विभिन्न जीनों में फैल गए हैं और जो खुद को मोड़ने में सक्षम हैं।

उक्त डोमेन के गठन और फेरबदल के लिए एक तंत्र है, यह मॉड्यूलराइजेशन परिकल्पना है। इस तंत्र को तीन चरणों में विभाजित किया गया है। पहला चरण प्रोटीन डोमेन की सीमाओं के अनुरूप स्थिति में इंट्रोन्स का सम्मिलन है। दूसरा चरण तब होता है जब प्रोटोमॉड्यूल सम्मिलित इंट्रोन्स के भीतर पुनर्संयोजन द्वारा अग्रानुक्रम दोहराव से गुजरता है। तीसरा चरण तब होता है जब एक या एक से अधिक प्रोटोमोड्यूल्स को क्रोनिक पुनर्संयोजन द्वारा एक अलग गैर-समरूप जीन में स्थानांतरित किया जाता है। मॉड्यूलरलाइज़ेशन की सभी अवस्थाएँ विभिन्न डोमेन जैसे कि हेमोस्टैटिक प्रोटीन में देखी गई हैं।

लंबा अंतरित तत्व (लाइन)-1
एक्सॉन शफ़लिंग के लिए एक संभावित तंत्र लंबे समय तक फैला हुआ तत्व (LINE) -1 मध्यस्थ 3' ट्रांसडक्शन है। हालाँकि सबसे पहले यह समझना महत्वपूर्ण है कि LINEs क्या हैं। LINEs आनुवंशिक तत्वों का एक समूह है जो यूकेरियोटिक जीनोम में प्रचुर मात्रा में पाए जाते हैं। LINE-1 मनुष्यों में पाई जाने वाली सबसे आम LINE है। इसे आरएनए पोलीमरेज़ II द्वारा एक एमआरएनए देने के लिए प्रतिलेखित किया जाता है जो दो प्रोटीनों के लिए कोड करता है: ओआरएफ1 और ओआरएफ2, जो ट्रांसपोज़िशन के लिए आवश्यक हैं। ट्रांसपोज़िशन पर, एल1 3' फ्लैंकिंग डीएनए के साथ जुड़ जाता है और गैर-एल1 अनुक्रम को एक नए जीनोमिक स्थान पर ले जाता है। इस नए स्थान का समजातीय अनुक्रम में या दाता डीएनए अनुक्रम के निकट होना आवश्यक नहीं है। इस पूरी प्रक्रिया के दौरान दाता डीएनए अनुक्रम अपरिवर्तित रहता है क्योंकि यह आरएनए मध्यवर्ती के माध्यम से कॉपी-पेस्ट तरीके से कार्य करता है; हालाँकि, केवल L1 के 3' क्षेत्र में स्थित क्षेत्रों को ही दोहराव के लिए लक्षित किया गया है।

फिर भी, यह मानने का कारण है कि यह हर बार सच नहीं हो सकता जैसा कि निम्नलिखित उदाहरण से पता चलता है। मानव एटीएम जीन मानव ऑटोसोमल-रिसेसिव डिसऑर्डर गतिभंग रक्त वाहिनी विस्तार के लिए जिम्मेदार है और क्रोमोसोम 11 पर स्थित है। हालांकि, क्रोमोसोम 7 में एक आंशिक एटीएम अनुक्रम पाया जाता है। आणविक विशेषताओं से पता चलता है कि इस दोहराव को एल 1 रेट्रोट्रांसपोजिशन द्वारा मध्यस्थ किया गया था: व्युत्पन्न अनुक्रम 15 बीपी लक्ष्य पक्ष दोहराव (टीएसडी) द्वारा फ़्लैंक किया गया था, 5 'अंत के आसपास का अनुक्रम एल 1 एंडोन्यूक्लिज़ क्लीवेज साइट और एक पॉली (ए) पूंछ पूर्ववर्ती के लिए सर्वसम्मति अनुक्रम से मेल खाता था। डी 3' टीएसडी। लेकिन चूँकि L1 तत्व न तो रेट्रोट्रांसपोज़्ड सेगमेंट में मौजूद था और न ही मूल अनुक्रम में, सेगमेंट की गतिशीलता को 3' ट्रांसडक्शन द्वारा नहीं समझाया जा सकता है। अतिरिक्त जानकारी ने इस विश्वास को जन्म दिया है कि डीएनए अनुक्रम का ट्रांस-मोबिलाइजेशन एक्सॉन में फेरबदल करने के लिए एल1 का एक और तंत्र है, लेकिन इस विषय पर और अधिक शोध किया जाना चाहिए।

हेलिट्रॉन
एक अन्य तंत्र जिसके माध्यम से एक्सॉन शफलिंग होती है वह हेलिट्रॉन (जीव विज्ञान) का उपयोग है। चावल, कृमि और थेल क्रेस्ट जीनोम के दोहराव वाले डीएनए खंडों के अध्ययन के दौरान पहली बार हेलिट्रॉन ट्रांसपोज़न की खोज की गई थी। हेलिट्रॉन की पहचान सभी यूकेरियोटिक साम्राज्यों में की गई है, लेकिन प्रतियों की संख्या प्रजातियों से भिन्न होती है।

हेलिट्रॉन एन्कोडेड प्रोटीन एक रोलिंग-सर्कल (आरसी) प्रतिकृति आरंभकर्ता (रेप) और एक डीएनए हेलिकेज़ (हेल) डोमेन से बने होते हैं। रेप डोमेन एंडोन्यूक्लियोलाइटिक दरार, डीएनए स्थानांतरण और बंधाव के लिए उत्प्रेरक प्रतिक्रियाओं में शामिल है। इसके अलावा इस डोमेन में तीन रूपांकन शामिल हैं। डीएनए बाइंडिंग के लिए पहला रूपांकन आवश्यक है। दूसरे रूपांकन में दो हिस्टिडीन हैं और यह धातु आयन बंधन में शामिल है। अंत में तीसरे रूपांकन में दो टायरोसिन होते हैं और डीएनए दरार और बंधाव को उत्प्रेरित करते हैं।

हेलिट्रॉन द्वारा जीन कैप्चर के तीन मॉडल हैं: 'रीड-थ्रू मॉडल 1 (आरटीएम1), 'रीड-थ्रू मॉडल 2 (आरटीएम2) और एक फिलर डीएनए मॉडल (एफडीएनए)। आरटीएम1 मॉडल के अनुसार हेलिट्रॉन के 3' सिरे पर प्रतिकृति टर्मिनेटर की आकस्मिक खराबी से जीनोमिक डीएनए का स्थानान्तरण होता है। यह रीड-थ्रू हेलिट्रॉन तत्व और इसके डाउनस्ट्रीम जीनोमिक क्षेत्रों से बना है, जो एक यादृच्छिक डीएनए साइट से घिरा हुआ है, जो डे नोवो आरसी टर्मिनेटर के रूप में कार्य करता है। आरटीएम2 मॉडल के अनुसार दूसरे हेलिट्रॉन का 3' टर्मिनस ट्रांसपोज़िशन के आरसी टर्मिनेटर के रूप में कार्य करता है। यह आरसी टर्मिनेटर की खराबी के बाद होता है। अंत में एफडीएनए मॉडल में जीन या गैर-कोडिंग क्षेत्रों के हिस्से हेलिट्रॉन में होने वाले डीएस डीएनए ब्रेक की मरम्मत के दौरान गलती से टेम्पलेट के रूप में काम कर सकते हैं। भले ही हेलिट्रॉन एक बहुत ही महत्वपूर्ण विकासवादी उपकरण साबित हुए हैं, लेकिन उनके स्थानान्तरण के तंत्र के विशिष्ट विवरण अभी तक परिभाषित नहीं किए गए हैं।

हेलिट्रॉन का उपयोग करके विकास का एक उदाहरण आमतौर पर मक्के में पाई जाने वाली विविधता है। मक्के में हेलिट्रॉन ट्रांसपोज़ेबल तत्वों का उपयोग करके जीनिक और नॉनजेनिक क्षेत्रों में निरंतर परिवर्तन का कारण बनते हैं, जिससे विभिन्न मक्का लाइनों के बीच विविधता आती है।

लॉन्ग-टर्मिनल रिपीट (एलटीआर) रेट्रोट्रांस्पोन्स
लॉन्ग-टर्मिनल रिपीट (एलटीआर) रेट्रोट्रांसपोज़न एक अन्य तंत्र का हिस्सा है जिसके माध्यम से एक्सॉन फेरबदल होता है। वे आम तौर पर दो खुले पढ़ने का खुला फ्रेमओआरएफ) को एनकोड करते हैं। गैग नामक पहला ओआरएफ वायरल संरचनात्मक प्रोटीन से संबंधित है। पोल नाम का दूसरा ओआरएफ एक पॉलीप्रोटीन है जो एसपारटिक प्रोटीज (एपी) से बना है जो पॉलीप्रोटीन को तोड़ता है, एक आरएनएएस एच (आरएच) जो डीएनआर-आरएनए हाइब्रिड को विभाजित करता है, एक रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस (आरटी) जो ट्रांसपोज़न आरएनए की एक सीडीएनए प्रतिलिपि और एक डीडीई इंटीग्रेज बनाता है जो मेजबान के जीनोम में सीडीएनए सम्मिलित करता है। इसके अतिरिक्त एलटीआर रेट्रोट्रांसपोंसंस को पांच उपपरिवारों में वर्गीकृत किया गया है: Ty1/copia, Ty3/जिप्सी, बेल/पाओ, रेट्रोवायरस और अंतर्जात रेट्रोवायरस। एलटीआर रेट्रोट्रांसपोंसों को उनके ट्रांसपोज़िशन चक्र तंत्र में एक आरएनए मध्यवर्ती की आवश्यकता होती है। रेट्रोट्रांसपोन्सन रेट्रोवायरल आरटी से संबंधित रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस का उपयोग करके आरएनए स्ट्रैंड के आधार पर एक सीडीएनए कॉपी को संश्लेषित करते हैं। फिर रेट्रोजीन बनाने के लिए सीडीएनए कॉपी को नई जीनोमिक स्थितियों में डाला जाता है। यह तंत्र एक्सॉन शफ़लिंग के माध्यम से चावल और अन्य घास प्रजातियों के जीन विकास में महत्वपूर्ण साबित हुआ है।

टर्मिनल इनवर्टेड रिपीट (टीआईआर) के साथ ट्रांसपोज़न
टर्मिनल इनवर्टेड रिपीट (टीआईआर) के साथ डीएनए ट्रांसपोज़न भी जीन फेरबदल में योगदान कर सकता है। पौधों में, पैक-टाइप नामक कुछ गैर-स्वायत्त तत्व अपनी गतिशीलता के दौरान जीन के टुकड़ों को पकड़ सकते हैं। ऐसा प्रतीत होता है कि यह प्रक्रिया पड़ोसी पैक-टाइप ट्रांसपोज़न के बीच रहने वाले जेनिक डीएनए के अधिग्रहण और उसके बाद के एकत्रीकरण द्वारा मध्यस्थ होती है।

अवैध पुनर्संयोजन
अंत में, अवैध पुनर्संयोजन (आईआर) एक अन्य तंत्र है जिसके माध्यम से एक्सॉन फेरबदल होता है। आईआर लघु समजात अनुक्रमों या गैरसमजात अनुक्रमों के बीच पुनर्संयोजन है। आईआर के दो वर्ग हैं: पहला उन एंजाइमों की त्रुटियों से मेल खाता है जो डीएनए को काटते हैं और जुड़ते हैं (यानी, डीएनएस।) यह प्रक्रिया एक प्रतिकृति प्रोटीन द्वारा शुरू की जाती है जो डीएनए संश्लेषण के लिए प्राइमर उत्पन्न करने में मदद करती है। जबकि एक डीएनए स्ट्रैंड को संश्लेषित किया जा रहा है, दूसरे को विस्थापित किया जा रहा है। यह प्रक्रिया तब समाप्त होती है जब विस्थापित स्ट्रैंड उसी प्रतिकृति प्रोटीन द्वारा उसके सिरों से जुड़ जाता है। आईआर का दूसरा वर्ग छोटे समरूप अनुक्रमों के पुनर्संयोजन से मेल खाता है जो पहले उल्लिखित एंजाइमों द्वारा मान्यता प्राप्त नहीं हैं। हालाँकि, उन्हें गैर-विशिष्ट एंजाइमों द्वारा पहचाना जा सकता है जो दोहराव के बीच कटौती शुरू करते हैं। फिर दोहराव को उजागर करने के लिए एक्सोन्यूक्लिज़ द्वारा सिरों को हटा दिया जाता है। फिर दोहराव नष्ट हो जाता है और परिणामी अणु की मरम्मत पोलीमरेज़ और लिगेज का उपयोग करके की जाती है।

यह भी देखें

 * दे नोवो जीन जन्म
 * संलयन जीन
 * जीन दोहराव
 * जीनोम विकास
 * क्षैतिज जीन स्थानांतरण
 * मोबाइल आनुवंशिक तत्व