साइटोस्केप

साइटोस्केप विज़ुअलाइज़ेशन (ग्राफ़िक) मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग और जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल और अन्य राज्य डेटा के साथ एकीकरण के लिए एक खुला स्रोत सॉफ्टवेयर जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर मंच है। इस प्रकार अतिरिक्त सुविधाएं प्लग-इन (कंप्यूटिंग) के रूप में उपलब्ध हैं। प्लगइन्स नेटवर्क और आणविक प्रोफाइलिंग विश्लेषण, नए लेआउट, अतिरिक्त फ़ाइल प्रारूप समर्थन और डेटाबेस के साथ कनेक्शन और बड़े नेटवर्क में खोज के लिए उपलब्ध हैं। इस प्रकार प्लगइन्स को किसी के द्वारा साइटोस्केप ओपन जावा (प्रोग्रामिंग भाषा) सॉफ्टवेयर आर्किटेक्चर का उपयोग करके विकसित किया जा सकता है और प्लगइन सामुदायिक विकास को प्रोत्साहित किया जाता है। इस प्रकार साइटोस्केप में Cytoscape.js  नामक एक जावास्क्रिप्ट-केंद्रित सहयोगी परियोजना भी है जिसका उपयोग ब्राउज़र की तरह जावास्क्रिप्ट वातावरण में ग्राफ़ का विश्लेषण और कल्पना करने के लिए किया जा सकता है।

इतिहास
साइटोस्केप मूल रूप से वर्ष 2002 में सिएटल में इंस्टीट्यूट ऑफ सिस्टम्स बायोलॉजी में बनाया गया था। इस प्रकार अब, इसे ओपन सोर्स डेवलपर्स के एक अंतरराष्ट्रीय संघ द्वारा विकसित किया गया है। इस प्रकार साइटोस्केप को प्रारंभ में जुलाई, वर्ष 2002 में सार्वजनिक किया गया था (v0.8); दूसरी रिलीज़ (v0.9) नवंबर 2002 में हुई थी, और v1.0 मार्च वर्ष 2003 में रिलीज़ हुई थी। इस प्रकार संस्करण 1.1.1, 1.0 श्रृंखला के लिए अंतिम स्थिर रिलीज़ है। संस्करण 2.0 प्रारंभ में वर्ष 2004 में जारी किया गया था; साइटोस्केप 2.83, अंतिम 2.xx संस्करण, मई वर्ष 2012 में जारी किया गया था। संस्करण 3.0 1 फरवरी वर्ष 2013 को जारी किया गया था और नवीनतम संस्करण, 3.4.0, मई वर्ष  2016 में जारी किया गया था।

विकास
साइटोस्केप कोर डेवलपर टीम इस परियोजना पर काम करना जारी रखती है और वर्ष 2013 में साइटोस्केप 3.0 जारी किया। इस प्रकार यह साइटोस्केप आर्किटेक्चर में एक बड़े बदलाव का प्रतिनिधित्व करता है; यह सॉफ़्टवेयर का अधिक मॉड्यूलरीकृत, विस्तार योग्य और रखरखाव योग्य संस्करण है।

उपयोग
जबकि साइटोस्केप का उपयोग सामान्यतः जैविक अनुसंधान अनुप्रयोगों के लिए किया जाता है, यह उपयोग के संदर्भ में अज्ञेयवादी है। इस प्रकार साइटोस्केप नोड्स और किनारों (उदाहरण के लिए, सामाजिक नेटवर्क) से जुड़े किसी भी प्रकार के नेटवर्क ग्राफ़ की कल्पना और विश्लेषण कर सकता है। इस प्रकार साइटोस्केप के सॉफ़्टवेयर आर्किटेक्चर का एक महत्वपूर्ण पहलू विशेष सुविधाओं के लिए प्लगइन्स का उपयोग है। प्लगइन्स कोर डेवलपर्स और बड़े उपयोगकर्ता समुदाय द्वारा विकसित किए जाते हैं।

यह भी देखें

 * कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स
 * ग्राफ़ आरेखण
 * जावास्क्रिप्ट ढांचा
 * जावास्क्रिप्ट ढाँचा
 * मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग
 * प्रोटीन-प्रोटीन अंतःक्रिया भविष्यवाणी

बाहरी संबंध

 * https://cytoscape.org/screenshots.html
 * Cytoscape wiki
 * Cytoscape omictools webpage
 * Cytoscape omictools webpage