जीन रिडंडेंसी

जीन रिडंडेंसी जीव के जीनोम में अनेक जीनों का अस्तित्व है जो वही कार्य करते हैं। जिसने जीन रिडंडेंसीय जीन समरूपता के परिणामस्वरूप हो सकता है। इस तरह की समरूपता की घटनाएँ पैरालॉग्स जीन के अनेक समूहों के लिए ज़िम्मेदार होती हैं। जब ऐसे समूह में व्यक्तिगत जीन उत्परिवर्तन या लक्षित जीन नॉकआउट द्वारा बाधित होता है, तब जीन रिडंडेंसीय के परिणामस्वरूप फेनोटाइप पर बहुत कम प्रभाव हो सकता है, जबकि केवल प्रतिलिपि वाले जीन के नॉकआउट के लिए प्रभाव बड़ा होता है। जीन नॉकआउट कुछ अध्ययनों में उपयोग की जाने वाली विधि है जिसका उद्देश्य रखरखाव और फिटनेस प्रभावों के कार्यात्मक ओवरलैप को चिह्नित करना है। मेंटेनेंस के मौलिक मॉडल का प्रस्ताव है कि कार्य उत्परिवर्तन के हानिकारक हानि की आवरण करने की उनकी क्षमता के कारण समरूप जीन को जीनोम में विभिन्न सीमा तक संरक्षित किया जा सकता है। यह मौलिक मॉडल सकारात्मक चयन के संभावित प्रभाव को ध्यान में नहीं रखते हैं। इन मौलिक मॉडलों से परे, शोधकर्ता उन प्रक्रियाओं का पता लगाना क्रियान्वित रखते हैं जिनके द्वारा निरर्थक जीन बनाए रखे जाते हैं और विकसित भी होते हैं।  जीन रिडंडेंसीय को नवीन जीन उत्पत्ति के स्रोत के रूप में लंबे समय से अप्प्रेसिएट किया गया है; अर्थात्, जब समरूप पर चयनात्मक दबाव उपस्तिथ होता है तो नए जीन उत्पन्न हो सकते हैं, जबकि मौलिक जीन को मौलिक कार्य करने के लिए बनाए रखा जाता है, जैसा कि नए मॉडल द्वारा प्रस्तावित है.

निरर्थक जीन की उत्पत्ति और विकास
इस प्रकार के जीन रिडंडेंसीय अधिकांशतः जीन समरूपता के परिणामस्वरूप होते है। जीन समरूपता के तीन अधिक सामान्य प्रक्रिया रेट्रोपोसॉन, असमान क्रोमोसोमल क्रॉसओवर और गैर-होमोलॉगस खंडीय समरूपता हैं। रिट्रोपोजिशन तब होता है जब किसी जीन के एमआरएनए प्रतिलेख को डीएनए में रिवर्स ट्रांसक्रिप्ट किया जाता है और भिन्न स्थान पर जीनोम में डाला जाता है। असमान क्रॉसिंग ओवर के समय, होमोलॉजी (जीवविज्ञान) गुणसूत्र अपने डीएनए के असमान भागो का आदान-प्रदान करते हैं। इससे गुणसूत्र के जीन को दूसरे गुणसूत्र में स्थानांतरित किया जा सकता है, जिससे गुणसूत्र पर दो समान जीन रह जाते हैं और दूसरे गुणसूत्र पर जीन की कोई प्रति नहीं रह जाती है। गैर-समरूप दोहराव, प्रतिकृति त्रुटियों के परिणामस्वरूप होता है जो रुचि के जीन को नई स्थिति में स्थानांतरित कर देता है। फिर अग्रानुक्रम समरूपता होता है, जिससे ही जीन की दो प्रतियों के साथ गुणसूत्र बनता है। चित्र 1 इन तीन प्रक्रियाओं का दृश्य प्रदान करता है। जब जीन को जीनोम के अंदर दोहराया जाता है, तो दो प्रतियां प्रारंभ में कार्यात्मक रूप से निरर्थक होती हैं। इन निरर्थक जीनों को पैरालॉग्स माना जाता है क्योंकि वह समय के साथ परिवर्तन संग्रहित करते हैं, जब तक कि वह कार्यात्मक रूप से भिन्न नहीं हो जाते।

अधिकांश शोध इस प्रश्न पर केंद्रित है कि निरर्थक जीन कैसे बने रहते हैं। निरर्थक जीनों के संरक्षण को समझाने का प्रयास करने के लिए तीन मॉडल सामने आए हैं: जो कि कुछ इस प्रकार है अनुकूली विकिरण, विचलन, और अनुकूली संघर्ष से बचना आदि। विशेष रूप से, समरूपता की घटना के पश्चात प्रतिधारण समरूपता की घटना के प्रकार और जीन वर्ग के प्रकार से प्रभावित होता है। अर्थात्, कुछ जीन वर्ग छोटे मापदंड पर समरूपता या संपूर्ण जीनोम समरूपता घटना के पश्चात रिडंडेंसीय के लिए उत्तम तथा अनुकूल हैं। निरर्थक जीनों के जीवित रहने की अधिक संभावना होती है जब वह सम्मिश्र मार्गों में सम्मिलित होते हैं और संपूर्ण जीनोम समरूपता या बहुवर्ग समरूपता के उत्पाद होते हैं।

एकल जीन समरूप के लिए वर्तमान में स्वीकृत परिणामों में सम्मिलित हैं: तथा जहाँ जीन हानि (गैर-कार्यात्मकता), कार्यात्मक विचलन, और बढ़ी हुई आनुवंशिक दृढ़ता के लिए संरक्षण होते है। अन्यथा, बहुजीन वर्ग ठोस विकास, या जन्म और मृत्यु विकास से निकल सकते हैं। ठोस विकास यह विचार है कि समूह में जीन, जैसे कि जीन परिवार, समानांतर रूप से में विकसित होते हैं। तथा जन्म मृत्यु विकास की अवधारणा यह होती है कि जीन वर्ग शक्तिशाली शुद्धिकरण चयन से निकलता है।

कार्यात्मक विचलन
चूंकि जीनोम अनेक पीढ़ियों तक प्रतिकृति बनाता है, जहाँ निरर्थक जीन का कार्य आनुवंशिक प्रवाह के कारण विकसित होने की सबसे अधिक संभावना है। आनुवंशिक प्रवाह या तो विविधताओं को समाप्त करके या जनसंख्या में भिन्नताओं को ठीक करके आनुवंशिक रिडंडेंसीय को प्रभावित करता है। इस घटना में कि आनुवंशिक प्रवाह वेरिएंट को बनाए रखता है, जीन उत्परिवर्तन संग्रहित कर सकता है जो कि समग्र कार्य को परिवर्तित कर देता है। चूँकि, अनेक निरर्थक जीन भिन्न-भिन्न हो सकते हैं किन्तु सबफ़ंक्शनलाइज़ेशन जैसे प्रक्रिया द्वारा मौलिक कार्य को बनाए रखते हैं, जो समरूप की पूरक प्रतिक्रिया के अतिरिक्त मौलिक जीन कार्य को संरक्षित करता है। जीन में कार्यात्मक विचलन के तीन प्रक्रिया हैं जैसे नॉनफंक्शनलाइजेशन (या जीन हानि), नियोफंक्शनलाइजेशन और सबफंक्शनलाइजेशन आदि ।

इस प्रकार की अक्रियाशीलता, या अध:पतन/जीन हानि के समय, समरूप जीन की प्रति उत्परिवर्तन प्राप्त करती है जो इसे निष्क्रिय कर देती है या जीन को शांत कर देती है। गैर-कार्यात्मकता अधिकांशतः एकल जीन समरूपता का परिणाम होती है। इस समय, जीन का कोई कार्य नहीं होता है और इसे स्यूडोजीन कहा जाता है। आनुवंशिक उत्परिवर्तन के कारण स्यूडोजेन समय के साथ नष्ट हो सकते हैं। नियोफ़ंक्शनलाइज़ेशन तब होता है जब जीन की प्रति उत्परिवर्तन संग्रहित करती है जो जीन को नया, लाभकारी कार्य देती है जो मौलिक कार्य से भिन्न होती है। तथा सबफ़ंक्शनलाइज़ेशन तब होता है जब निरर्थक जीन की दोनों प्रतियां उत्परिवर्तन प्राप्त कर लेती हैं। प्रत्येक प्रतिलिपि केवल आंशिक रूप से सक्रिय होती है; इनमें से दो आंशिक प्रतियाँ मौलिक जीन की सामान्य प्रति के रूप में कार्य करती हैं। दाईं ओर चित्र 2 इस अवधारणा का दृश्य प्रदान करता है।

ट्रांसपोज़ेबल तत्व
ट्रांसपोज़ेबल तत्व कार्यात्मक विभेदन में विभिन्न भूमिकाएँ निभाते हैं। पुनर्संयोजन क्रियान्वित करके, ट्रांसपोज़ेबल तत्व जीनोम में निरर्थक अनुक्रमों को स्थानांतरित कर सकते हैं। इस प्रकार के अनुक्रम संरचना और स्थान में यह परिवर्तन कार्यात्मक विचलन का स्रोत है। जहाँ ट्रांसपोज़ेबल तत्व संभावित रूप से जीन अभिव्यक्ति को प्रभावित करते हैं, यह देखते हुए कि उनमें बड़ी मात्रा में माइक्रो-आरएनए होते हैं।

जीन मेंटेनेंस हैपोथेसेस
निरर्थक जीनों का विकास और उत्पत्ति मुख्यतः अज्ञात रहती है, क्योंकि विकास इतनी लंबी अवधि में होता है। सैद्धांतिक रूप से, जीन को उत्परिवर्तन के बिना तब तक बनाए नहीं रखा जा सकता जब तक कि उस पर चयनात्मक दबाव न हो। इसलिए, जीन रिडंडेंसीय, जीन की दोनों प्रतियों को उत्परिवर्तन संग्रहित करने की अनुमति देगा, जब तक कि दूसरा अभी भी अपना कार्य करने में सक्षम है। इसका अर्थ यह है कि सभी निरर्थक जीन सैद्धांतिक रूप से छद्म जीन बन जाएंगे और अंततः नष्ट हो जाएंगे। वैज्ञानिकों ने दो परिकल्पनाएँ बैकअप परिकल्पना और पिग्गीबैक परिकल्पना तैयार की हैं जिससे वह यह बता सके कि क्यों निरर्थक जीन जीनोम में रह सकते हैं:।

बैकअप परिकल्पना का प्रस्ताव है कि निरर्थक जीन प्रकार की बैक-अप योजना के रूप में जीनोम में रहते हैं। यदि मौलिक जीन अपना कार्य खो देता है, तब निरर्थक जीन कोशिका पर अधिकृत कर लेता है और उसे जीवित रखता है। पिग्गीबैक परिकल्पना में कहा गया है कि जीनोम में दो पैरालॉग्स में कुछ प्रकार के गैर-अतिव्यापी कार्य के साथ-साथ निरर्थक कार्य भी होते हैं। इस स्तिथि में, जीन का निरर्थक भाग उस क्षेत्र की निकटता के कारण जीनोम में रहता है जिसका अद्वितीय कार्य के लिए कोड करता है। जीनोम में निरर्थक जीन के बने रहने का कारण सतत प्रश्न है और हर जगह शोधकर्ताओं द्वारा जीन रिडंडेंसीय का अध्ययन किया जा रहा है। बैकअप और पिग्गीबैक मॉडल के अतिरिक्त अनेक परिकल्पनाएँ हैं। उदाहरण के लिए, मिशिगन विश्वविद्यालय में, अध्ययन यह सिद्धांत प्रदान करता है कि निरर्थक जीन को कम अभिव्यक्ति द्वारा जीनोम में बनाए रखा जाता है।

जीन वर्ग और फाइलोजेनी
किसी प्रजाति की फाइलोजेनी के बारे में जानने के लिए शोधकर्ता अधिकांशतः जीन वर्ग के रूप में निरर्थक जीन के इतिहास का उपयोग करते हैं। जहाँ निरर्थक जीनों को कार्यात्मक विविधीकरण से निकलने में समय लगता है; तथा ऑर्थोलॉग्स के मध्य विविधीकरण की डिग्री हमें बताती है कि दोनों जीनोम कितने निकट से संबंधित हैं। जहाँ जीन समरूपता में वृद्धि को देखकर भी जीन समरूपता की घटनाओं का पता लगाया जा सकता है।

एवोलूशनरी अध्ययनों में जीन रिडंडेंसीय का उपयोग करने का अच्छा उदाहरण पौधों में केसीएस जीन वर्ग का विकास है। यह पेपर अध्ययन करता है कि कैसे केसीएस जीन समरूपता की घटनाओं के माध्यम से पूरे जीन वर्ग में विकसित हुआ था। तथा इस प्रकार की प्रजातियों में निरर्थक जीनों की संख्या शोधकर्ताओं को यह निर्धारित करने की अनुमति देती है कि समरूपता की घटनाएँ कब हुईं और प्रजातियाँ कितनी निकटता से संबंधित हैं।

निरर्थक जीनों का पता लगाना और उनका लक्षण वर्णन करना
वर्तमान में, ज्ञात जीनोमिक अनुक्रम में पैरालॉग्स का पता लगाने की तीन विधियाँ हैं: जो कि कुछ इस प्रकार है सरल होमोलॉजी (एफएएसटीए), जीन वर्ग विकास (ट्रीफैम) और ऑर्थोलॉजी (एगएनओजी v3) आदि। तथा जहाँ शोधकर्ता अधिकांशतः फाइलोजेनी का निर्माण करते हैं और रिडंडेंसीय की पहचान करने के लिए जीनोम की संरचनाओं की तुलना करने के लिए माइक्रोएरे का उपयोग करते हैं। एकाधिक जीनोम की तुलना करने के लिए सिन्टेनिक संरेखण बनाने और ऑर्थोलॉगस क्षेत्रों के विश्लेषण जैसी विधियों का उपयोग किया जाता है। संपूर्ण जोड़ीवार तुलनाओं का उपयोग करके एकल जीनोम को निरर्थक जीन के लिए स्कैन किया जा सकता है। निरर्थक जीनों का अधिक श्रमसाध्य विश्लेषण करने से पहले, शोधकर्ता सामान्यतः खुले पढ़ने के फ्रेम की लंबाई और मूक और गैर-मूक उत्परिवर्तन के मध्य की दरों की तुलना करके कार्यक्षमता का परीक्षण करते हैं। मानव जीनोम परियोजना के पूरा होने के पश्चात से, शोधकर्ता मानव जीनोम की अधिक आसानी से व्याख्या करने में सक्षम हैं। यूसीएससी में जीनोम ब्राउज़र जैसे ऑनलाइन डेटाबेस का उपयोग करके, शोधकर्ता अपनी रुचि के जीन के अनुक्रम में होमोलॉजी को प्रतीत कर सकते हैं।

स्तन कैंसर स्वभाव जीन
समरूपता की वह विधि जिसके द्वारा रिडंडेंसीय होता है, स्तन कैंसर स्वभाव जीनों में वर्गीकरण को प्रभावित करती हुई पाई गई है। सकल समरूपता नैदानिक ​​​​व्याख्या को सम्मिश्र बनाता है क्योंकि यह समझना कठिन है कि क्या वह साथ घटित होते हैं। डीएनए ब्रेकप्वाइंट परख जैसी वर्तमान में ही हुई विधियों का उपयोग अग्रानुक्रम स्थिति निर्धारित करने के लिए किया गया है। तथा इसे परिवर्तित करने में, इन अग्रानुक्रम सकल समरूपता को रोगजनक स्थिति के लिए अधिक स्पष्ट रूप से जांचा जा सकता है। तथा स्तन कैंसर के खतरे के मूल्यांकन के लिए इस शोध के महत्वपूर्ण निहितार्थ हैं।

ट्रिटिसिया घास में रोगज़नक़ प्रतिरोध
शोधकर्ताओं ने निरर्थक जीन की भी पहचान की है जो जीव स्तर पर चयनात्मक लाभ प्रदान करते हैं। तथा जहाँ आंशिक एआरएम1 जीन, आंशिक समरूपता से उत्पन्न निरर्थक जीन, ब्लूमेरिया ग्रैमिनिस, मिल्डेव कवक के प्रति प्रतिरोध प्रदान करने के लिए पाया गया है। यह जीन गेहूं, राई और जौ सहित ट्रिटिसिया जनजाति के सदस्यों में उपस्तिथ होते है।

घ्राण रिसेप्टर्स
मानव घ्राण रिसेप्टर (ओआर) जीन वर्ग में 339 अक्षुण्ण जीन और 297 स्यूडोजीन सम्मिलित होते हैं। यह जीन पूरे जीनोम में भिन्न-भिन्न स्थानों पर पाए जाते हैं, परन्तु केवल 13% ही भिन्न-भिन्न गुणसूत्रों पर या दूर-दूर स्थित लोकी पर पाए जाते हैं। मनुष्यों में ओआर जीन के 172 उपवर्ग पाए गए हैं, जिसमे प्रत्येक का अपना लोकी है। चूँकि इनमें से प्रत्येक उपवर्ग में जीन संरचनात्मक और कार्यात्मक रूप से समान हैं, और एक-दूसरे के समीप हैं, इसलिए यह अनुमान लगाया गया है कि प्रत्येक जीन समरूपता की घटनाओं से निकलने वाले एकल जीन से विकसित हुआ है। जो कि मनुष्यों में उपवर्गों की उच्च संख्या बताती है कि हम इतनी सारी गंधों को पहचानने में सक्षम क्यों हैं।

मानव या चूहों जैसे अन्य स्तनधारियों में जीन के समरूप होते हैं, जो घ्राण रिसेप्टर जीन के विकास को प्रदर्शित करते हैं। गंध बोध की प्रारंभिक घटना में सम्मिलित विशेष वर्ग को संपूर्ण कशेरुकी विकास के समय अत्यधिक संरक्षित पाया गया है।

रोग
समरूपता की घटनाओं और निरर्थक जीनों की अधिकांशतः कुछ मानव रोगों में भूमिका मानी जाती है। तथा जहाँ बड़े मापदंड पर संपूर्ण जीनोम समरूपता की घटनाएं जो कशेरुक विकास के प्रारंभ में हुईं थी, यही कारण हो सकता है कि मानव मोनोजेनिक रोग जीन में अधिकांशतः बड़ी संख्या में निरर्थक जीन होते हैं। जहाँ चेन एट अल. परिकल्पना है कि मानव मोनोजेनिक रोग जीन में कार्यात्मक रूप से निरर्थक पैरालॉग्स प्रमुख हानिकारक उत्परिवर्तन के प्रभावों को छुपाते हैं, जिससे मानव जीनोम में रोग जीन बना रहता है।

संपूर्ण जीनोम समरूपता मानव जीनोम में ट्यूमर उत्पन्न करने वाले कुछ जीनों के बने रहने का प्रमुख कारण हो सकता है। उदाहरण के लिए, स्ट्राउट एट अल दिखाया गया है कि अग्रानुक्रम समरूपता की घटनाएं, संभवतः सजातीय पुनर्संयोजन के माध्यम से, तीव्र मायलोइड ल्यूकेमिया से जुड़ी हुई हैं। एएलएल 1 (एमएलएल ) जीन का आंशिक समरूपता आनुवंशिक दोष है जो कि तीव्र माइलॉयड ल्यूकेमिया वाले रोगियों में पाया गया है।

अग्रिम पठन

 * Genetic Science Learning Center. "Homeotic Genes and Body Patterns." Learn.Genetics 6 April 2016 < http://learn.genetics.utah.edu/content/variation/hoxgenes/ >
 * Guo, H.-S., et al. "Evolution Of The KCS Gene Family In Plants: The History Of Gene Duplication, Sub/Neofunctionalization And Redundancy. " Molecular Genetics And Genomics (2015): 14p. Scopus®.
 * Nowak Ma, Boerlijst Mc, Cooke J, Smith Jm. "Evolution of genetic redundancy". Nature 388, 167-171. (10 July 1997).
 * Nowak Ma, Boerlijst Mc, Cooke J, Smith Jm. "Evolution of genetic redundancy". Nature 388, 167-171. (10 July 1997).