एंडोस्फीयर

कुछ सूक्ष्मजीव, जैसे कि एंडोफाइट्स, पौधे के आंतरिक ऊतकों में प्रवेश करते हैं और एंडोस्फेरिक माइक्रोबायोम का निर्माण करते हैं। अर्बुस्कुलर माइकोरिज़ल और अन्य एंडोफाइटिक कवक एंडोस्फीयर के प्रमुख उपनिवेशक हैं। बैक्टीरिया, और कुछ हद तक आर्किया, एंडोस्फीयर समुदायों के महत्वपूर्ण सदस्य हैं। इनमें से कुछ एंडोफाइटिक रोगाणु अपने मेजबान के साथ बातचीत करते हैं और पौधों को स्पष्ट लाभ प्रदान करते हैं। राइजोस्फीयर और राइजोप्लेन के विपरीत, एंडोस्फीयर अत्यधिक विशिष्ट माइक्रोबियल समुदायों को आश्रय देते हैं। रूट एंडोफाइटिक समुदाय आसन्न मिट्टी समुदाय से बहुत अलग हो सकता है। सामान्य तौर पर, पौधे के बाहर माइक्रोबियल समुदाय की विविधता की तुलना में एंडोफाइटिक समुदाय की विविधता कम होती है। जमीन के ऊपर और नीचे के ऊतकों के एंडोफाइटिक माइक्रोबायोम की पहचान और विविधता भी पौधे के भीतर भिन्न हो सकती है।

पत्तियां और बैक्टीरिया
प्रकाश के संपर्क में आने से पौधे की पत्तियों में प्रकाश संश्लेषण शुरू हो सकता है, जैसे कि पत्तेदार हरे|पत्तेदार-साग, और पत्ती के ऊतकों के भीतर ग्लूकोज जैसे प्रकाश संश्लेषक उत्पादों की सांद्रता बढ़ा सकते हैं। पत्ती की सतहों पर मौजूद बैक्टीरिया उपलब्ध प्रकाश संश्लेषक उत्पादों का जवाब दे सकते हैं और पोषक तत्व एकाग्रता ग्रेडियेंट की ओर कीमोटैक्सिस द्वारा पत्ती के ऊतकों में माइग्रेट कर सकते हैं। एक बार जब बैक्टीरिया पत्ती के ऊतकों के अंदर आ जाते हैं, तो उन्हें धोया नहीं जा सकता है, जिससे उपभोक्ताओं के लिए जोखिम पैदा होता है। इशरीकिया कोली  और साल्मोनेला एंटरिका जैसे कई बैक्टीरिया, पौधों की पत्तियों की सतह पर सूक्ष्म संरचना को संलग्न करने में सक्षम हैं, जैसे  trichome ्स, रंध्र और खांचे, और उन साइटों पर स्थानीयकरण करें जो धोने के पानी और सैनिटाइज़र के लिए सुलभ नहीं हैं। बैक्टीरिया पत्ती की एपिडर्मिस के नीचे दसियों माइक्रोमीटर की गहराई तक पहुंचने के लिए पत्ती की सतह पर उपलब्ध छिद्रों, जैसे रंध्रों, कटों और घावों में घुसपैठ करने में भी सक्षम होते हैं। यह घुसपैठ कच्चे पत्तेदार साग के मानव उपभोग के लिए जोखिम पेश कर सकती है।

प्रकाश ड्राइविंग बलों में से एक है जो पौधों की पत्तियों में रोगजनक बैक्टीरिया की घुसपैठ को बढ़ावा दे सकता है। प्रकाश में बर्फशिला सलाद  के पत्तों पर एस एंटरिका (सेरोवर टायफिम्यूरियम) का उष्मायन खुले रंध्र के पास बैक्टीरिया के जुड़ाव और पत्ती के ऊतकों में घुसपैठ का कारण बना। हालांकि, एक अंधेरी स्थिति के कारण पत्ती की सतह पर बिखरा हुआ लगाव पैटर्न और एक खराब रंध्र घुसपैठ हो गया। पोषक तत्व, जैसे कि ग्लूकोज और सुक्रोज, प्रकाश संश्लेषक रूप से सक्रिय कोशिकाओं द्वारा पत्ती के ऊतकों में प्रकाश के संपर्क के दौरान उत्पादित बैक्टीरिया के लिए आकर्षक होते हैं जो शुरू में पत्ती की सतह पर मौजूद हो सकते हैं। प्रकाश में रंध्रों के खुलने से जीवाणुओं को केमोटैक्सिस के माध्यम से पत्ती के आंतरिक भाग में पोषक तत्वों के ढाल की ओर ले जाने का अवसर मिलता है। बैक्टीरिया की सतह संरचनाओं की धारणा पर रंध्रों को बंद करने के लिए कई पौधों ने रंध्र संबंधी रक्षा मशीनरी विकसित की है, जिसे माइक्रोब-जुड़े आणविक पैटर्न (एमएएमपी) के रूप में जाना जाता है। हालांकि, यह हमेशा सफल नहीं होता है और कुछ मानव रोगजनकों को केमोटैक्सिस और बैक्टीरियल गतिशीलता से जुड़ी प्रक्रिया के माध्यम से पत्ती के अंदरूनी हिस्से में घुसने के लिए दिखाया गया है।